科研：SD大鼠肺动脉解剖，RNA测序生信分析部分代码

网上关于SD大鼠解剖的图片，不堪入目。

还是我的好看！

找点学习资料，比登天难！

SD大鼠，为什么叫SD大鼠？因为SD是Shi Duo的缩写。

执行命令：enter键

1.下载数据：# prefetch SRR15859344 &

SRR15859344是基因组名称，在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/查询

2.数据转换（SRA文件转换为fastq文件）：# ls /public/project/RNA/sra/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ ${id} &); done

ls /home/zhangshasha/SRR15859344/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ ${id} &); done

/home/zhangshasha/SRR15859344/

文件位置：/home/zhangshasha/SRR15859344/。这里要修改，不能复制，不同的文件，位置不同。

或者：ls /home/zhangshasha/SRR15859344/SRR15859344.sra|while read id;do(fastq-dump --split-3 $id);done

3.FastQC安装：在linux环境下运行命令conda install fastqc

4.建立文件存数据： mkdir 01raw 02clean 03alin 04count

5.打开FastQC

打开FastQC：fastqc

6.使用FastQC分析数据质量：fastqc 文件位置

比如：fastqc /home/zhangshasha/SRR15859344_2.fastq.gz

/home/zhangshasha/SRR15859344_2.fastq.gz是文件位置，点击右键，点击copy file path

程序在分析，但是没有结果，最终failed，不知道为什么。

也可以：fastqc 文件名

比如：fastqc SRR15859344_1.fastq.gz

最终failed，不知道为什么。

也可以两个文件同时搞

R1=SRR15859344_1.fastq.gz

R2=SRR15859344_2.fastq.gz

fastqc $R1 $R2

终于TMD成功了。

如果一份文件被分成N份，那就是N份一起搞，要不然搞不了。

陈翔六点半：友情提示，一定要警惕背部问题！

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