著者：［英］埃德·扬
微生物视野下的生命图景全纪录
2020年 新话题
2020年4月，国内新冠疫情尚紧张时，三联生活周刊的主题故事选择了“重新看待亲密关系”这个话题，不过它关注的是人与人之间的“亲密关系”；而《我包罗万象》这本书，在2019年出版，仿佛预言家一般，提醒人们要重新审视人类与微生物的关系——别急着把细菌与病毒划到敌人阵营，它们不仅仅是“我”的一部分，更是地球进化史中极其重要的一部分：没有它们，就没有人类——这不是夸大其词，想想线粒体吧，细菌与古菌在20亿年前的那一次概率极小的结合，造就了一切植物、动物（包括你、包括我）。
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在圣迭戈动物园，穿山甲“巴巴”正等着研究人员擦拭它的皮肤，收集它身上的微生物。就像我们每一个人一样，巴巴也是一个微生物的集合体。
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作者埃德·扬为了写这本书，走访了世界各地的实验室，与超过100位科学家沟通，并阅读了大量的前沿研究论文，最后把这些研究结果写成生动有趣的科学故事，从微生物发现史到生物演化史，从不同生物间的共性到个体间的微妙差异，从研究技术的革新到人们观念的更新，力图使读者以一种全新的眼光来看待世界。
作者本人最着迷的是微生物塑造的自然发育史，比如与费氏弧菌共生而能发光的夏威夷短尾乌贼，在实验室的控制条件下，刚出生的小乌贼是无菌的，当它们接触到带荧光标记的费氏弧菌时，出现了先物理过程再化学反应的变化，最后的结果是，费氏弧菌之外的其他细菌都被清除了，而乌贼的身体形态也相应得变得适宜费氏弧菌的定植。而在后续的研究中，人们发现这种“塑型”是细菌表面的两种分子主导的，这些分子通常被视为唤醒动物免疫系统的致病物质，但在这里，它们引导动物走向正常的发育与成熟。
对于小型动物，细菌除了可以影响其发育，还可以诱导它们选择适宜的生存环境，甚至可以操纵它们的雌雄比例；而对于人类来说，最受关注的依然是健康与疾病。如今我们都知道肠道里住着一些“好细菌”，我们可能也意识到了生病时服用抗生素会“不分敌我”地杀死很多细菌，但我们不知道的是，当一些“好细菌”被杀死以后就再也恢复不了了。我们习惯了使用抗菌牙刷、84消毒液和碗筷消毒柜，但科学家的研究越来越支持一个假说：“接触更广泛的微生物种群可以改变生物体内的微生物组，并抑制过敏性炎症。”换个更浅白的说法就是“吃得脏，不生疮。”（呃，还是要视具体情况而定）
对人体微生物组的研究结果显示，为了获得适宜健康的微生物组，自然分娩是很好的开端，而剖腹产的孩子也可以通过母乳喂养获得弥补，家养宠物能从外界给我们带回来丰富的微生物种群，而日常食物的多样化和去精细化，则能帮助维持肠道微生物的多样性。过去我们熟知的“一种疾病——一种微生物”的模式已经转为身体“生态系统”失调导致的多方关联，比如在新冠疫情中离世的患者，多数是本身的基础疾病导致的全身性并发症。
在个体层面上，微生物的差别可以影响到同一种疾病必须采用不同的疗法，比如粪便移植法治疗治疗艰难梭菌患者（喂，成都有哪家医学机构收粪便呀？）。在物种层面上，菌种随现代社会的快速流动则有可能造成众多物种的灭顶之灾，比如臭名远扬的蛙壶菌，已经让两栖类动物学家陷入恐慌。在进化层面上，对肠道微生物的研究揭示，哺乳动物中的肉食性动物是早于草食性动物出现的，而微生物不仅能造成物种生殖隔离，还可以帮助设计出新的转基因物种（这里的基因来源是自然界本身存在，只是被加快了进化的步伐）。
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在这只十三年禅体内，一种名为霍奇金菌的细菌分开了原本同属于一种物种的生物。
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尽管书里大部分例子都在颠覆人们对微生物的负面印象，但作者也多次强调，与微生物的“共生”不是一个确定的“好”关系，“你和它们之间不是一段美妙的姻缘，只是一幕纯粹的生物学戏剧”。微生物的生存同样需要能量，有自己的利益目标，甚至经常与宿主发生冲突，如果肠道微生物抑制了我们的免疫系统，它们会蓬勃生长，我们却罹患疾病。所以“共同生活”更像是一种中立的关系，“只有通过适当的规则加以约束以及精心调节，才能保持互利状态”；然而在真实的演化中，即使结果符合双方的利益，最和谐的关系也会绑上导致冲突的定时炸弹。自然界如此，人类历史、现实社会、各个国家、各个群体之间，也是如此。
17世纪70年代，列文虎克首次通过显微镜看到了细菌，打开了看世界的另一扇门；19世纪中叶，巴斯德证明了细菌致病论，促成卫生条件的改善，但这种对微生物充满敌意的认识直到今天也是主流。全世界都在奋力研发新冠疫苗，但病毒的变异速度有可能使疫苗法的效果大为减弱；在与传染病斗争的历史中，迄今为止有且只有天花这一种，是通过隔离与疫苗，从世界上完全清除了；人类和微生物的关系，既不能简单地“你死我活”，也无法用“非黑即白”来概括；有相当程度不确定性的共生，恐怕才更接近本质。
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安东尼·范·列文虎克的显微镜，看着像是被打磨光亮的门铰链，但确实是他同时代最好的观察器材。也正是通过这台显微镜，列文虎克成为第一个观察到细菌的人。
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不过，从敌对到中立，并不需要一个世纪那么久，这中间，只有31万字或者237页（不含参考文献和致谢）的距离；跨过它，我们可能只需要10天的时间（每天一章妥妥的）。
作者：飞羽
编辑：lici
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