多次人流容易损伤子宫内膜，因吸刮时最容易损伤子宫内膜基底层组织，所以导致子宫穿孔的也不乏其例。
在子宫内膜与功能层基底层组织之间的正常组织被破坏以后，子宫内膜很容易向基底层或肌层组织内生长，形成子宫肌腺症或腺肌瘤，导致月经过多、不孕、腹痛等症状。
在施行人工流产手术中，有少数妇女出现恶心、呕吐、头晕、胸闷、气喘、面色苍白、大汗淋漓、四肢厥冷、血压下降，心律不齐等，严重者还可能出现昏觉、抽搐、休克等一系列症状，医学上将其称之为“人流综合征”。
因为妊娠被突然中断， 会打乱正常女性激素的生理功能，如激素水平骤然降低，正发育着的乳腺会突然停止生长，细胞变小、腺泡消失、乳腺复原。但这种复原通常是不完全的，并且很容易造成乳腺疼痛，有的还会诱发乳腺小叶增生、乳腺炎等乳房疾病。
无痛人流手术会使女性朋友的肌体遭到显性的和隐性的损伤，从而使各方面的功能慢慢减退，出现早衰。
