我们每个人的肠道中都生活着数以万亿计的微生物，它们本该为我们的健康保驾护航，然而因为我们只顾自己的感受而忽略它们所做的每一种选择，都可能使它们“反目成仇”，最终成为导致我们疾病的元凶。这就是肠道菌群失调。
肠道菌群失调会削弱我们保护自己免受疾病侵袭的能力。越来越多的证据表明，肠道菌群失调与肠道及肠外疾病的发生有关。肠道疾病包括炎症性肠病（比如克罗恩病和溃疡性结肠炎）、肠易激综合征和乳糜泻等，而肠外疾病包括过敏、哮喘、肥胖、糖尿病、肝脏疾病、心血管疾病、精神健康问题以及皮肤问题等。
当胃肠道内出现异常细菌时，会导致：
消化酶失活，从而导致消化和吸收不良，最终导致营养不良；
维生素B12和某些氨基酸的吸收减少；
肠道黏膜的破坏，这可导致肠漏综合征；
酵母菌/真菌过度生长的发生、寄生虫感染或致病菌大量繁殖；
肠易激综合征和炎症性肠病的发生；
……
由于肠道菌群失调，各种病原体在我们的肠道内大量繁殖，从寄生虫到病毒，再到真菌和细菌。虽然其中一些“不速之客”已经早就存在于我们的胃肠道中，但是数量很少，肠道菌群失调会在让它们有机会大量繁殖，壮大自己的队伍，达到导致健康状况不佳的水平。当宿主的免疫能力减弱时，其它一些“不速之客”就会趁机进入胃肠道并扎营生根。
小肠细菌过度生长
细菌遍布整个消化道，然而，小肠内的细菌水平通常相对较低。细菌在小肠内的过度生长通常是食物通过消化系统的速度减慢的结果，这可能是由于一系列的因素所引起。
小肠细菌过度生长的原因：
甲状腺功能低下
乳糜泻
压力
药物，包括免疫抑制剂和质子泵抑制剂
糖尿病
衰老
……
小肠细菌过度生长的症状：
胀气
营养物质吸收不良
皮肤问题
纤维肌痛
肠易激综合征
……
寄生虫
在我们肠道中所有潜在的生长物中，人们最厌恶的是寄生虫。所谓寄生，是指两种生物在一起生活，其中一方受益，而另一方受害。寄生虫就是那些生活在宿主体内或附着于宿主体外以获取维持其生存、发育或者繁殖所需的营养或者庇护的有机体，它们通常会对宿主造成损害。已知的感染人类肠道的寄生虫包括蠕虫和单细胞生物。感染寄生虫也比人们想象的要容易得多，当肠道菌群失调时，我们更容易受到寄生虫的感染。
寄生虫感染的主要来源：
水/食物污染
旅行
宠物
很多时候，即使有各种各样的健康问题，我们可能也意识不到自己有寄生虫感染。以下是寄生虫感染最常见的一些症状：
腹痛、恶心/呕吐、便秘/腹泻
关节和肌肉疼痛
皮疹、湿疹
慢性疼痛
疲劳
发痒
不明原因的发热
原因不明的消瘦
真菌
尽管许多酵母和真菌存在于我们的天然肠道环境中，但是它们通常处于健康肠道菌群的控制之中，不会对我们造成伤害。当它们过度生长并引起症状时，问题就出现了。这可能发生在由于饮食、压力或药物治疗导致肠道菌群失调，从而导致免疫防御降低之时。
真菌感染的原因：
抗生素
类固醇激素的使用，比如可的松、强的松等
避孕药和激素替代疗法可能会导致这一问题
通过吸入或皮肤接触到霉菌
真菌感染的症状：
疲劳
脑雾
腹部症状，比如恶心、呕吐、便秘、腹泻和腹胀等
胃食管反流病
抑郁、情绪波动和其它精神疾病
偏头痛和头痛
皮疹，湿疹，牛皮癣
哮喘或其它呼吸问题
皮肤、口腔和阴道的酵母感染
化学物质过敏症
病毒
当我们想到病毒时，大多数人都会想到感冒和呼吸道感染。然而，有许多不同类型的病毒可以引起各种症状，其中一些是致命的。病毒通过鼻、口或皮肤破裂传播。虽然病毒比细菌小，但它们的可怕之处在于一旦进入体内就能迅速复制。它们通过一个叫做“裂解循环”的过程来做到这一点。病毒利用宿主细胞的化学机制进行自我复制。在许多严重的肠道菌群失调病例中，病毒感染、自身免疫和食物敏感通常同时存在。
病毒感染的症状：
性传播疾病
肠胃炎
胰腺炎
皮肤感染
感冒/流感/肺炎
眼睛感染
细菌
细菌是一种单细胞生物，在地球上几乎无处不在。它们存在于环境、土壤和水中。它们也存在于植物和动物中，包括人类。我们的肠道和皮肤上都生活着各种各样的细菌。虽然有许多有益的细菌物种，但也有一些是致病性的，可以引起疾病。细菌感染发生时，我们通常认为是来自外部的细菌所导致的，但其实，生活在我们体内的一些通常无害的细菌物种也可能过度生长并造成问题。抗生素和其它一些药物以及不良的饮食习惯和生活方式选择，都可能助长这类细菌的过度生长。
细菌过度生长或细菌感染的原因：
空气中的细菌接触
皮肤接触
水/食物污染
抗生素和抑酸药物的使用
宠物
细菌过度生长或感染的症状：
皮肤感染
腹痛、恶心、呕吐、便秘及腹泻
胃食管反流病
呼吸系统症状，比如鼻炎/鼻窦炎、喉咙痛、肺炎、咳嗽等
排尿疼痛
阴道感染
牙龈炎
疲劳
综上所述，当肠道菌群失调时，病原体可以找到人体菌群失调的肠道环境作为理想的安家之地。食物和生活方式的选择可以为这些“不速之客”创造一个完美的环境。一旦细菌环境和平衡发生变化，变得有利于寄生虫、病毒、致病菌、酵母或真菌的过度生长，它们就可以在一定程度上影响我们对食物的选择。所有这些“不速之客”都需要能量，而保证它们生存的最简单的能量形式就是糖，所以患有肠道菌群失调的人往往渴望精制碳水化合物和糖。不良的饮食选择又会进一步导致肠道细菌平衡被破坏，所以将我们带入一个恶性循环，一步一步让我们走向疾病的深渊。健康的饮食和生活方式也是打破这一恶性循环的关键。
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