皂苷的提取分离
皂苷部分极性较大，首先应该附集皂苷部位，通常可用正丁醇萃取或是大孔树脂得到总皂苷部位。
对于具体皂苷的分离，若使用硅胶柱层析，一般以氯仿：甲醇：水进行洗脱
氯仿：甲醇：水一般为9：1：0.1，8：2：0.3，7：3：0.5
同时，应注意要加大柱层析硅胶的装柱量，减少样品的上样量；
另外，也可使用反相柱。
此外，有些皂苷类成分极性较大容易含有一些色素，不易结晶，可使用Sephedex LH-20去除色素，进而使皂苷结晶。
类似物的HPLC分离注意的问题
HPLC时生物碱对流动相的pH值很敏感。
三萜皂苷的提取与分离
（1）提取：
三萜皂苷常用醇类溶剂提取，若皂苷含有羟基、羧基极性基团较多，亲水性强，用稀醇提取效果较好。提取物先用石油醚脱脂，然后再用正丁醇萃取，萃取物再经大孔吸附树脂，得粗皂苷。
（2）分离：
采用分配柱色谱法要比吸附柱色谱法好，常用硅胶为支持剂，以氯仿-甲醇-水为或乙酸乙酯-乙醇-水为洗脱剂。
氨基酸的分离
将氨基酸分离成酸性氨基酸，碱性氨基酸，中性氨基酸和芳香族氨基酸。取酸水解氨基酸液适量通过阳离子交换的层析柱，碱性氨基酸就保留在层析柱上；而中性氨基酸和酸性氨基酸的混合液则进入滤液中。再将滤液通过阴离子交换的层析柱，一切酸性氨基酸就保留在层析柱上；而中性氨基酸就进入滤液中。吸附在阳离子交换层析柱上的氨基酸，用2N HAc洗脱；吸附在阴离子交换层析柱上的氨基酸，用0.5 NNaOH洗脱。
黄酮类化合物的分离
黄酮类化合物在硅胶上的吸附较多，可以采取减压硅胶柱或者中压硅胶柱，上样量稍大一些（这样可以减小吸附量），将样品分段，然后，采用Sephadex LH－20进行细分。采用Sephadex LH－20时，最好选择一个比较合适的水与甲醇的比例（样品不会毫无保留），进行等度洗脱。因为水甲醇梯度洗脱很容易产生气泡。个人认为经过硅胶和Sephadex LH－20后，黄酮和多糖应该能够分开。
生物碱的提取：
由于各种生物碱的结构不同，性质各异，提取分离方法也不尽相同，主要是根据生物碱的溶解度而定。生物碱大都能溶于氯仿、甲醇、乙醇等有机溶剂，除季铵碱和一些分子量较低或含极性基团较多的生物碱外，一般均不溶或难溶于水，而生物碱与酸结合成盐时则易溶于水和醇。基于这种特性，可用不同的溶剂将生物碱从中药中提出，常用的提取溶剂有下列3种：
（1）非极性溶剂：
样品先用10%氢氧化铵溶液湿润，使中草药中与酸结合成盐的生物碱呈游离状态，然后用氯仿或乙醚等提取，一些与酸结合比较稳定的生物碱盐类和鞣酸盐或碱性较强的生物碱盐等，氢氧化铵不能将其完全分解，可用碳酸钠、碳酸氢钠、氢氧化钙或氧化镁，甚至氢氧化钠碱化，这个方法的缺点是不能提出水溶性生物碱。
（2）极性溶剂：
极性较大的生物碱可用中性甲醇、乙醇、酸性甲醇、乙醇、酸水（常用0.1%～1%盐酸、硫酸、乙酸、酒石酸等）以及缓冲液等进行提取，该方法较简便，但提出的杂质较多，需进一步净化。
（3）混合溶剂：
用不同极性的溶剂按不同比例混合，可以较好地进行提取，如麦角用氯仿：甲醇：氢氧化铵（90:9:1），百部、粉防已用乙醚：氯仿：乙醇：10%氢氧化铵溶液（25:8:25:1）等。
水溶性生物碱还可采用与生物碱沉淀试剂如雷氏盐（硫氰化铬铵）、磷钨酸等生成不溶的复盐而从水溶液中析出。生物碱与雷氏盐生成的沉淀可溶于丙酮，再通过阳离子交换树脂，用氢氧化铵洗脱即得游离的生物碱，生物碱与磷钨酸生成的沉淀可与固体碳酸钾研磨使干燥，再用无水乙醇热提。实际上，每种分析法的建立都要对上述三类溶剂作比较，以优选出最佳提取溶剂。
生物碱的提取方法，常用的有冷浸、渗漉、超声波、索氏提取、热回流提取，由于中药分析所涉及到的大部分内容是有机化合物微量分析，故需要的样品量很少，因此，实际上是少量样品与大量提取溶剂，加上样品又经粉碎过筛，常常冷浸提取液中被测组分浓度与提取液中粉碎的样品内所含被测组分相当，即能提取完全。为了使提取更完全，也常常对上述方法进行组合如冷浸-渗漉，冷浸-超声波，冷浸-索氏提取，冷浸-热回流提取，因冷浸、冷浸-超声波提取操作简便，故使用较多，必要时，要对上述方法作比较，以优选出最佳提取方法。
分离
1. 净化
上述方法得到的总生物碱中常含有大量杂质，在分离之前一般需净化。净化的方法常依据提取方法及含有的杂质而定。
水或酸水提取液的净化
1）离子交换树脂法
2. 将生物碱粗分为弱碱性生物碱、中强碱性和强碱性生物碱、水溶性生物碱三部分，再根据结构中是否有酸性基团（主要指酚羟基），分为酚性和非酚性两类。
3. 生物碱单体的分离
利用生物碱碱性的差异进行分离
即，在不同pH条件下进行分离——pH梯度法，有两种操作：
1.方法1
2. 方法2
得到的缓冲液加碱碱化，用有机溶剂萃取，回收溶剂，即得到不同碱度的生物碱。采用pH梯度法分离前，通常先用多缓冲纸色谱法对总碱中各生物碱的碱度强弱作初步了解，据此调节pH值。
利用生物碱或生物碱盐溶解度的差异进行分离
生物碱以及生物碱盐在不同溶液的溶解度可能存在明显的差异，可用于分离。
如：氧化苦参碱是苦参碱的氮氧化物，极性稍大，不溶于乙醚。而苦参碱溶于乙醚，于两者的氯仿液中加入乙醚，氧化苦参碱即可析出。如：麻黄碱草酸盐在水中的溶解度比伪麻黄碱草酸盐的溶解度小，可以自水溶液中先行析出。
利用生物碱特殊功能基不同进行分离
氯仿萃取水相乳化怎么办？
1.加入低分子溶剂，如楼上提到的乙醇，甲醇都可以。具体的量在1～2mL/100mL就有比较好的效果了。以前我做实验时，常常以为加入其他低分子溶剂后，改变了溶液的组成，萃取出来的东东可能不一样了，其实不然。现在我在一家比较大型的提取车间干过，知道了其实工业上的萃取过程不可能象实验室一样的精确，我们用70％乙醇提取的溶液，经过减压浓缩后，在乙醇含量还有3～5％的情况下就进入下一道工序：萃取。其实最后产品的收率还是挺高的。
2.冷冻和加热相比，加热快速，容易实现，在我们公司采用加热较多，也很有效。一般我们将混合液加热到60～70census，能够很好分层。
3.如果你是实验室小量操作，轻轻的颠倒7～8次就好了，没有必要象作鸡尾酒一样用力，否则自讨苦吃哦！
4.如果你的乳化层在水相和氯仿层中间，久久不散，你还可以将分液漏斗平放，小心超声振荡一会儿，会有较好的效果。
5.还有，你可以用事先配制的、用水饱和的氯仿代替直接使用氯仿，乳化现象会有所好转。
（文章来源：网络）
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