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一个多世纪以来，科学界一直认为胎盘通常情况下是无菌的。直到现在，人们还普遍认为胎儿是无菌的，最初的微生物接触发生在出生时。人类胎盘被认为是一种屏障，可以选择性地防止母体抗体、有毒分子和微生物转移到胎儿的血液中，从而维持胎儿的“无菌”。
然而，最近的发现挑战了这种“无菌”的观点，多种微生物群落可能存在于人类的精液和子宫中。
此外，还有其他许多研究表明，在正常的胚胎发育过程中，亲代的微生物种群可能会定植在胎盘、羊水和脐带血中，这表明，对于发育中的胎儿，存在从母亲到子代的宫内初始微生物的选择性定植。新生儿的第一次大便-胎粪中存在一种短暂的微生物群落，进一步支持了子宫定植的存在。
微生物组垂直传播（母婴传播）的另一个主要阶段发生在出生时。在顺产的时候，新生儿通常会暴露于阴道微生物，其中乳酸菌和普氏菌占主导地位。相比之下，剖腹产出生婴儿的微生物组与阴道分娩不同，主要由葡萄球菌、棒状杆菌和丙酸杆菌所主导，这类似于皮肤的微生物群落。
产后负责在母婴间传播微生物的是初乳和母乳。初乳和母乳提供了婴儿肠道中的共生菌和益生菌，每天供应多达8×10(4)～8×10(6)个细菌，再加上母乳中大量的脂质，增加了婴儿肠道菌群的多样性和功能性，这反映在生命的第一周，胎粪转变成了更复杂的粪便微生物群落。有趣的是，每个母亲的乳汁似乎都有其独特的微生物模式，这可能表明了一种个性化的母婴（母亲到婴儿）微生物印记。相比之下，配方奶喂养则可能会大大改变婴儿的肠道微生物群落组成。
在婴儿开始添加膳食补充剂、固体食物和断乳后，从母体获得的微生物群落变得越来越复杂、逐渐成熟，并且越来越像典型的杂食动物。值得一提的是，双歧杆菌在微生物组中占主导地位，最适合加工乳寡糖，但会随着固体食物的引入而减少。微生物群落从婴儿到功能更成熟的肠道菌群的逐渐转变，与免疫系统的快速发展，以及饮食摄入的显著变化相一致。这种转变被认为需要花费长达3年的时间，并在菌群的相对丰度上发生了巨大的变化。在这一关键时期进行抗生素治疗可能会改变这个过渡阶段以及儿童期微生物组的组成。
参考文献：Cell 2017;171:1481-1493
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