DNA甲基化孟德尔随机化分析思路

基因可以作为孟德尔随机化的暴露，miRNA可以作为孟德尔随机化的暴露，DNA拷贝数据也可以作为孟德尔随机化的暴露，那么DNA甲基化数据可以作为孟德尔随机化的暴露吗？当然是可以的，DNA甲基化位点完全可以作为孟德尔随机化的暴露。今天就分享一下如何利用DNA甲基化位点来做孟德尔随机化分析。

首先，第一步需要下载DNA甲基化位点数据（mQTL），然后对数据进行id转换

直接从数据库上下载的mQTL数据是没有SNP名字的，没有办法进行孟德尔随机化分析

经过转换后就可以得到具有SNP名字的SNP，可以用来做孟德尔随机化

然后根据自己选题依据，提取自己需要研究的DNA甲基化位点来做孟德尔随机分析

接下来就是下载好自己的结局数据，对这些DNA甲基化位点数据进行过滤、剔除连锁不平衡、进行批量孟德尔随机化

最后，自己整理一下结果就可以发文章了。整一个流程还是比较简单的，比较难的地方就是数据的整理，其他分析跟之前的孟德尔随机化都是一样的。对DNA甲基化孟德尔随机化感兴趣的小伙伴可以自己摸索一下。本文只分享思路，剩下的细节问题需要大家自己摸索。