CHIP

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研究蛋白与蛋白的相互作用的方法有拉下实验（pull-down）、coIP (immunoprecipitation, 免疫沉淀)；
研究蛋白与RNA相互作用的方法有RIP（RNA结合蛋白免疫沉淀）；
研究蛋白与DNA相互作用的方法有CHIP（染色质chromatin免疫共沉淀）。

以上几种研究方法共用一个原理——免疫沉淀。即，抗原蛋白A与B(蛋白、RNA、DNA)相互作用，使用bead结合抗体A，把抗原A沉淀下来，然后在沉淀中检测B的存在。

coIP和pull-down比较简单，直接用抗体B检测沉淀物即可，而RIP和CHIP则要用检测RNA和DNA的方法，测序或者PCR，今天介绍CHIP。

CHIP
什么蛋白与DNA相互作用？
（1）组蛋白，结合牢固，很好检测；
（2）转录因子，结合较松散，检测有难度；
（3）辅助转录因子，很难检测，检测位点经常被掩盖。

实验流程

CST有两款CHIP试剂盒，一种酶解法，一种超声法，主要的区别在于染色质片段化的处理过程，一种主要用酶，一种主要用超声；酶解法更稳定，适合小白，超声法，有经验者，结果更好。
预实验摸好条件后，严格按照protocol来，即可。

CHIP实验结果的影响因素
（1）样品
a，单组实验最少要有400万个细胞，DNA浓度可达到100ng左右；还有阴性、阳性对照两组；
b，甲醛处理时间要合适，不同细胞需要预实验摸索；
c，酶消化和超声处理，要使DNA处理到150-500bp最佳，预实验摸索，这部很关键。

（2）免疫沉淀过程
严格按照protocol，主要是抗体选择，说明可以做CHIP的抗体，如果是测序分析DNA，还要选择测序级别的抗体；浓度1：100-200一般为最佳；

（3）DNA分析
qPCR是很好的方法检测可能的结合位点；
引物设计主要在启动子区域，一般针对基因前100-500bp，设计涵盖启动子区域的多个引物，常用的软件有MEME、ECRBrowser。

CHIP用时较久，一般要3天，中间步骤复杂，得到好的结果不容易，需要反复预实验。