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羊肚菌的人工栽培由多年的愿望已变成现实，利用异株原生质体细胞融合技术已获得了优良纯菌株，能栽培出大量的子实体，生物效率达80～90％。但也有很多栽培者失败，失败的原因主要是虫害和杂菌感染，现将病虫害种类、发生根源及防治措施介绍如下：
一、主要病虫害种类
杂菌类
1、细菌：最常见的有枯草杆菌粘液变种、蜡状芽孢杆菌粘液变种，这两种细菌为格兰氏阳性好气细菌，繁殖很快，在适宜条件下半小时可繁殖一代。有异味，使菌丝酸败。
2、放线菌：主要以链霉菌为普遍，有白色链霉菌、湿链霉菌、链霉菌。常出现在培养基中或表面，呈白色粉状斑点，能产生土腥味，造成羊肚菌丝不长或消失。
3、酵母菌：红酵母、橙色红酵母、黑酵母。这三种酵母菌对羊肚菌的菌丝体危害很大，出现不长或死亡。
4、霉菌；羊肚菌的菌丝最容易被霉菌危害，最常见的有白边青霉、白青霉、木霉，也有烟曲霉、黄曲霉和毛霉、根霉。
虫害类
1、小杆线虫，主要潜伏在培养基中吃菌丝，还有一种菌蛆专门吃子实体内部。
2、菇蚊是食用菌的大敌，对羊肚菌的菌丝生长危害严重。
3、螨类：螨虫有很多种类，最常见的有腐食酪螨、食菌穗螨、蘑菇长头螨。螨虫很小，一般肉眼不易发现，集中在一起像灰尘一样，专吃羊肚菌的菌丝，是一种毁灭性的灾害。
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二、病虫害发生原因
1、本身抵抗力姜。羊肚菌的菌丝体本身有一种特殊的香味，所含营养丰富，再加上本身菌丝体生命力很弱，抵抗力差，很容易被各类杂菌感染和虫害吞食。
2、环境卫生差。羊肚菌栽培中的病虫害感染往往是环境卫生条件差带来的，特别是一些老菇房、老菌种厂、牲畜活动及肮脏潮湿不通空气的地方最容易发生。
3、外因条件不造宜。在羊肚菌栽培中，温湿度掌握不当也直接影响病虫害的发生。一般是温度越高，对杂菌和虫害的繁殖就越有利，但有些杂菌和虫害在低温下也同样繁殖。但是在低温低湿条件下杂菌的虫害有明显减少，
4、菌龄的差距。羊肚菌的菌龄差距与培养代数也是导致杂菌和虫害感染的关键。羊肚菌本身有生命力弱，抵抗力差，寿命短的特点，在培养菌龄方面若时间太长或传代过多，就会出现退化、变异、生霉等可能性。
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三、病虫害的防治搭施
1、预防为主。羊肚菌栽培时，首先要做到预防病虫害的发生。预防的方法：一是要选择优良健壮传代少的菌种；二是要求菌龄期不超过40天；三是选择和处理好原材料的灭菌杀虫工作；四是掌握好栽培季节，要求在每年11～12月份为宜；五是做好温湿度等管理；六是要求环境清洁卫生；七是保持空气新鲜；八是建议在培养基中加入0.5％的保菇灵药品；九是在栽培周围喷洒灭菌灭虫药品。
2、药物灭菌。药物灭菌方法可分为两次进行。第一次可加在培养基中；第二次可在周围和培养基表面喷洒。常用的几种药品有0.5％保菇灵。0.2％克霉灵、0.3％多菌灵、0.1％高锰酸钾、0.2％苯菌灵、0.2％托布津、0.2％消毒剂、0.2％消毒灵，从这几种药品对比中，保菇灵是羊肚菌栽培中最理想的灭菌药品，既能彻底灭菌，又不影响羊肚菌的菌丝和子实体生长。
3、药物杀虫。常用的杀虫药有“六六六粉”、“敌敌畏、“敌百虫”、“毒杀灵”、“杀蚁灵”、“灭螨灵”等，根据不同的害虫使用不同的药品，但必需避免各种药害对菌丝体和子实体的影响。
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