8-跟着science学习宏基因组-从宏基因组中提取16S序列分析3-barrnap提取核酸序列-组装注释

全部样本

全部样本混合拼装

mkdir ./assemblyall/

megahit --continue --out-dir ./assemblyall/megahit/ -m 0.9 -t 6 --k-list 33,55,77,99,127 -1 ./trimming/R1.fastq.gz -2 ./trimming/R2.fastq.gz -r ./trimming/singular.fastq.gz

准备扩增子分析：barrnap-细菌核糖体基因位点注释

barrnap.fasta:扩增子序列

barrnap --threads 6 --reject 0.1 ./assemblyall//megahit/final.contigs.fa > ./assemblyall//megahit//barrnap.gff 
 2> ./assemblyall//megahit/barrnap.log
# 根据位点提取核糖体序列
bedtools getfasta -fi ./assemblyall//megahit/final.contigs.fa -bed ./assemblyall//megahit/barrnap.gff -fo ./assemblyall//megahit/barrnap.fasta

单个样本

单个样本megahit；定位核糖体基因barrnap ；序列回帖bamm

megahit --continue --out-dir ./megahit_per_sample/SUBERR793608/ -m 0.9 --max-read-len 302 -t 6 -1 ./trimming/SUBERR793608_1.fq.gz -2 ./trimming/SUBERR793608_2.fq.gz -r ./trimming/SUBERR793608_unpaired.fq.gz 2> ./megahit_per_sample/SUBERR793608/megahit.log

mkdir ./megahit_per_sample/
for i in ./rawdata_0.01/*_1.fq.gz
do
base=$(basename $i _1.fq.gz)
echo $base

megahit --continue --out-dir ./megahit_per_sample/${base}/ -m 0.9 --max-read-len 302 -t 6 -1 ./trimming/${base}_1.fq.gz -2 ./trimming/${base}_2.fq.gz -r ./trimming/${base}_unpaired.fq.gz 

gzip -c ./megahit_per_sample/${base}/final.contigs.fa > ./megahit_per_sample/${base}/final.contigs.fa.gz

done

# 单个样本核糖体基因的注释
barrnap --threads 6 --reject 0.1 ./megahit_per_sample/SUBERR793608/final.contigs.fa > ./megahit_per_sample/SUBERR793608/barrnap.gff 2> ./megahit_per_sample/SUBERR793608/barrnap.log 

# 组装结果和序列文件比对
coverm make -r ./megahit_per_sample/SUBERR793608/final.contigs.fa.gz -c ./trimming/SUBERR793608_1.fq.gz ./trimming/SUBERR793608_2.fq.gz -o ./bamm/SUBERR793608 -t 6

批量计算

for i in ./rawdata_0.01/*_1.fq.gz
do
base=$(basename $i _1.fq.gz)
echo $base
barrnap --threads 6 --reject 0.1 ./megahit_per_sample/${base}/final.contigs.fa > ./megahit_per_sample/${base}/barrnap.gff 2> ./megahit_per_sample/${base}/barrnap.log 

# 组装结果和序列文件比对
coverm make -r ./megahit_per_sample/${base}/final.contigs.fa.gz -c ./trimming/${base}_1.fq.gz ./trimming/${base}_2.fq.gz -o ./bamm/${base} -t 6

done

根际互作生物学研究室简介

根际互作生物学研究室是沈其荣教授土壤微生物与有机肥团队下的一个关注于根际互作的研究小组。本小组由袁军副教授带领，主要关注：1.植物和微生物互作在抗病过程中的作用；2 环境微生物大数据整合研究；3 环境代谢组及其与微生物过程研究体系开发和应用。团队在过去三年中在 isme J， Microbiome， PCE，SBB，Horticulture Research等期刊上发表了多篇文章。欢迎关注微生信生物公众号对本研究小组进行了解。

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