分析一：收到建设单位预付款应该如何缴税？
依据《财政部税务总局关于建筑服务等营改增试点政策的通知》（财税[2017]58号）文件规定，建筑企业预收款交税政策作了重大调整，建筑企业收到预收款（备料款）不再认定为增值税纳税义务发生，而是将其并入预交的范畴。
纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照规定的预征率预缴增值税。适用一般计税方法计税的项目预征率为2%，适用简易计税方法计税的项目预征率为3%。按照这个规定，案例中的施工企业应按照2%的预征率计算并预征增值税。具体计算公式如下：
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+9%)×2%
分析二：按照预交增值税如何向建设单位开具发票？
既然增值税纳税义务并未发生，施工单位不应按照9%计算缴纳增值税，也不应向建设单位开具正式发票。但实务中常常遇到甲方强行要求开具发票的情况，国税总局针对这种情况允许建筑企业收到预收款开具特殊形式发票——不征税发票。
这类发票在开具的过程中需要注意并不是零税率，而是使用“未发生销售行为的不征税项目”编码，发票税率栏应填写“不征税”。
未来等施工企业和建设单位结算时如果到了增值税纳税义务发生时间，应向甲方开具正式增值税发票，但前面已经开具的不征税发票是否需要收回冲红呢？这个问题各地税务机关一直争议不断，我们的意见是这就属于特殊性质的收据，无需冲红，当然，从管理的需要，收回较好。
分析三：已经向甲方开具了正式9%增值税发票怎么办？
如果已经开具正式增值税发票，从增值税纳税义务发生的角度来讲，“开具发票的，纳税义务为开票的当天”，因此就应当正式申报缴纳增值税。但问题来了，企业的会计处理和所得税处理是否也应当确认收入呢？
按照会计的原则，预收款不符合会计准则确认收入的条件，因此应确认为预收账款，待未来符合收入确认条件再转入主营业务收入。会计上通常使用完工百分比作为计算收入的基本原则，这里不再赘述。
对建筑企业而言，企业所得税确认收入的原则同会计基本相同，都是要求采用完工百分比法，因此这里完工进度为0，当然不应当确认企业所得税收入。但很多建筑企业财务人员认为这就出现了一个矛盾，也就是说增值税收入申报同企业所得税收入申报就出现了不一致，会不会给企业引发涉税风险呢？
我的观点是很明确的，每个税种对于收入确认的规定都是不同的，如果按照税法要求，即使不一致也没有问题，如果不按照税法要求，即使一致也可能有风险。因此作为财务人员，不应简单粗暴的将增值税收入和所得税收入强行理解为一致，而要根据行业和企业具体业务情况区分对待。
案例分析总结
1、施工企业收到预收款，会计上应作为预收账款处理，所得税也未到确认收入的时间；
2、施工企业增值税情况稍有不同，尽管未到纳税义务发生时间，但需要按照要求预征增值税；
3、如果建设单位要求可以开具不征税发票，但尽量不要开具正式发票，避免预先交税。即使开具正式发票，也不能将会计、所得税和增值税确认收入标准混为一谈，避免造成更大的混乱和风险。
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