通州清真寺位于北京市通州区县城清真寺街1号及回民胡同1号，创建于元代，明、清、中华民国年间曾予修茸并扩建，金元时期，此处在通州城南垣中段外侧，因首都中都、大都先后设于燕京蓟城，潞河得到开竣为大运河起首河道，大批信仰伊斯兰教者或因漕运、或以脚夫、或由从商、或源放牧，于此定居，于元延佑年间建朝真寺，以满足穆斯林需求，明正德十四年、明万历二十一年重修，易称清真寺，清康熙间，圣祖曾至此寺，遂有邦克楼门额楷书“万寿天疆”大木匾，清康熙四十七年，增建礼拜殿敞轩两侧入殿过道亭，清道光年间，办“义学”增建房舍，清光绪元年增修，中华民国二十年重修，中华民国二十二年春，一股日寇侵入运河东畔，炮轰县城，炸毁清真寺礼拜殿一、二卷，起火殃及北教长室，旋即修复，且开办清真寺大学，中华民国三十四年再修，解放前，曾在寺内开设穆光小学校，教授回民子女，解放后因之，易称“回民小学”，对古代建筑有所拆改，“文革大革命”间，此寺易作通县残疾人福利厂，破坏严重，寺坐西朝东，形制恢宏，屋顶形式多样，现仅存主要建筑有影壁、垂花门、礼拜堂（北殿）、讲堂、六角攒尖井亭、宣礼楼等建筑，礼拜堂（北殿）为四券棚勾连搭形式，内发五券，面阔三十四米，进深三十米，寺南、北均有清水脊瓦房与寺相连，配房墙壁嵌有碑记三块，碑上有精细雕刻，2006年北京市人民政府拨款进行全面修缮，现为通州区第一批通州区重点文物保护单位北京市第五批北京市重点文物保护单位。