1618年，努尔哈赤统一女真后开始攻打明朝。后金和明都想联合朝鲜。由于明曾帮朝鲜击退倭寇，对明朝颇为不满的光海君还是在萨尔浒之战中派兵支援明朝。1623年，仁祖反正即位后，开始执行更公开的助明打后金的策略。但由于李适造反，仁祖需在汉阳部署重兵以维护首都稳定，导致防卫北部边疆军力不足。1627年，皇太极鉴于向西进攻受挫，决定派阿敏带领3万部队攻打朝鲜，并清剿败退到朝鲜的明将毛文龙，史称“丁卯胡乱”。虽然双方最后议和订立“兄弟国的盟约”，但朝鲜亲明的立场并没有改变。
努尔哈赤朝服像
签订条约后双方的关系依然矛盾不断，皇太极经常派人向朝鲜勒索钱财，时不时指责对方减少纳贡的礼物。两国围绕着边境贸易以及越境采参、打猎等问题更是磨擦不断，后金内部一直有人鼓吹要再次使用武力解决彼此的分歧。而攻打皮岛的呼声也此起彼伏，例如尚可喜于1634年（明崇祯七年）初来降后，曾经上书皇太极建议拿下皮岛，由于拥有孔有德、耿仲明、尚可喜这些熟悉皮岛情况的带路者，后金胜算极高。
清太宗文皇帝朝服全身像
然而，皇太极还是犹豫不决，没有向这两个近在咫尺的地方动手，原因之一或许是与经济贸易问题有关。众所周知，关外的特产人参与貂皮等物，最大的倾销地区是关内各省。然而辽东战火连绵，明朝断绝了与后金的一切贸易往来，使这个国家在很长一段时间内只能够通过朝鲜、皮岛与某些鞑靼部落为中介，秘密将人参、貂皮等特产销往明朝。由于有利可图，朝鲜人愿意从后金收购货物转售明人。而部分贪赃枉法的皮岛将士也“私通外番”，暗中与后金国内之人勾勾搭搭，同时也转售从朝鲜得来的人参。有鉴于此，皇太极在与林丹汗争夺辽河河套与宣大边外的控制权时维持朝鲜与皮岛的现状，在一定时期内确实有利于打破明朝的经济封锁。但是，有利益，自然会产生纠纷。就拿朝鲜来说，这个国家常常在边境贸易中压低后金人参的价格。
然而，随着后金把林丹汗从鞑靼右翼地盘驱逐出去，情况逐渐又起了新的变化。皇太极暗中操纵原鞑靼右翼领袖顺义王卜失兔的儿子鄂木布，让他重返归化一带，在宣府、大同地区与明朝互市，由此获得了直接向关内各省倾销参、貂等物的新通道。故此，朝鲜与皮岛这两个地方的重要性也随之下降。而皇太极使用武力摧毁这两个地方也是指日可待的事了。
而朝鲜不惜冒着与后金决裂的危险仍旧站在明朝一边，不仅有明曾帮朝鲜击退倭寇的原因，也有经济上的原因。朝鲜国内的不少日用品需要依赖明朝的供给，而后金根本没有能力生产这些东西。由于后金国内的生产能力很低，这也是被朝鲜看不起的原因之一。这个落后的国家只能生产“丝麻”，稍好一点的布匹与衣服要从明朝方面夺取。皇太极与朝鲜结为“兄弟之盟”后，不但不能向朝鲜提供布、缎等纺织品，反而想从朝鲜国王那里索取一些明朝生产的上等“缎匹”，可是朝鲜国王经常以明朝禁售为理由而拒绝。
随着清朝的成立，这个新兴的朝廷在法理上已经和明朝形成分庭抗礼之势。野心勃勃的皇太极决心解决困扰已久的朝鲜问题，他如今已不满足仅和朝鲜国王李倧订立“兄弟之盟”，而想用“君臣之盟”取而代之。
到了1636年（明崇祯九年），皇太极正式称帝一事终于激化了双方积蓄已久的矛盾，使之成了战争重新爆发的导火线。朝鲜举国上下反对皇太极称帝，不但无礼对待皇太极派来通告的使者，而且朝鲜两个使臣在皇太极的称帝大典上态度傲慢，他们拒绝参拜，不行大礼，在回国时又把皇太极给朝鲜国王的信故意留在国界上扬长而去。皇太极为此恼怒不已，针锋相对地拒绝看朝鲜国王的来信，他鉴于朝鲜国王拒绝交出一个儿子作为人质，知道两国关系已经无可挽回，遂决定使用武力解决一切分歧。朝鲜君臣敢于顶撞皇太极与低估八旗军的实力有关。、
从表面上看，八旗军自从皇太极继位后虽然在经略漠南蒙古时取得了较大的进展，但与明军作战时获得的土地却远不及努尔哈赤主政时期。这支军队长期被阻于宁锦防线，在通往山海关之路上步步维艰，即使取得大凌河之战的胜利，疆土的面积也未能因此得到大幅度的扩张，而在围绕着关内的滦州等四城的争夺战中，这支军队也是以失败而告终，导致此后入关作战不敢再久占城池。
皇太极称帝之前由于连年对外作战，在一定程度上减少了国家的人口数量，也阻碍了国内的经济建设，但若有人因这些表面现象得出八旗军实力下降的结论，却与事实相去甚远。皇太极称帝之后很快就用实际行动来维护八旗军的声誉。他准备征伐朝鲜，但为了避免明军从背后骚扰，而采取先发制人的措施，对明朝进行一次新的打击，从而让朝鲜的战事又推迟了几个月。如果明军能在即将开始的这一战中重创清军，那么皇太极稍后入侵朝鲜的计划就会泡汤。而这样的结果，朝鲜肯定求之不得。可惜，事态却向相反的趋势发展，腐朽的明朝又一次让附庸国的期望落了空。
清朝完成了打击明朝的既定计划之后，就着手准备出征朝鲜。皇太极下令在兵部办事的岳托等人，要求每个牛录提供五十名骑兵，十名步兵，七名护军与三十二副盔甲。而石廷柱所统的汉军，每名甲士需准备十五支箭，每两名甲士需准备一杆长枪，每两个牛录需准备一架云梯、一个挨牌。另外攻城凿墙所用的斧、钻、锹、镢等一应俱全。所有的马匹要烙印与系牌，所有的军械要写上记号，以免遗失。每个参战人员要携带半月行粮，于十一月二十九日集合。
1636年（明崇祯九年）十二月一日，清军与应召而来的蒙古各部齐集于盛京，号称十万，他们在皇太极、代善、多尔衮、多铎、岳托、豪格、杜度等人的指挥下于次日出发，而济尔哈朗留守盛京，阿济格驻于牛庄、阿巴泰驻海城，以防明军骚扰。这个出征阵容比起前不久阿济格率领的侵明部队要豪华得多，显示清朝意图一劳永逸地解决朝鲜问题。
清军经过七天的行军，到达了鸭绿江边与朝鲜隔岸相对的镇江。朝鲜君臣深知战争不可避免，盼望明朝发兵来救。可惜明朝的国势已是江河日下，而且刚刚遭受清军的打击，根本没有能力像四十多年前“抗倭援朝”那样派出雄师前来支援，只派出一个名叫黄孙茂的监军来视察一下防务，说了几句冠冕堂皇的话，仅此而已。
十二月十日，清军分为左右两翼如猛龙过江一般扑过来。右翼军在多铎、岳托、硕托、尼堪、罗托与博和托等宗室的率领下迅速占领郭山、定州等地，而提前过江的三百名先头部队已于十四日杀到了平壤。朝鲜各地守军仍旧不堪一击，纷纷逃走。然而，朝鲜国王李倧没有像上次那样逃往江华岛，而是企图坚守首都王京（今汉城）一带地区。清军对此求之不得，前锋很快推进到汉城之外，一下子就把李倧逼退到汉城以东四十里的南汉山城里面，多铎、岳托、硕托所部随后而至，立栅将城围困起来，先后在城周围的不同地点击溃一万八千、五千与五百等三股朝鲜援兵。率领主力渡过汉江的皇太极迅速攻占了汉城，于二十九日参与围攻南汉山城。
到了1637年（明崇祯十年）正月初七，三顺王所部携带着火器赶来参战，让实力增强的清军胜算在握。可一系列的战斗也让八旗军付出了一定的代价，其中开国元勋扬古利战死沙场，事情的起因是朝鲜全罗、忠清两道巡抚总兵于正月初三一齐来援，驻营于南汉山城之外，皇太极让扬古利跟着多铎一起领军退敌，当时天下大雪，阴晦不明，登山督战的扬古利冷不防被一名潜伏于石窟之内的朝鲜败卒用鸟铳击中，伤重而亡，时年六十六岁。
多尔衮、豪格等人率领左翼军经宽甸路进入长山口，攻克了昌州、安州等地，并多次击败朝鲜黄州援军的阻拦，于正月初七日到达南汉山城。其后，多尔衮奉皇太极之命率兵三万与数十艘战船向朝鲜王室贵族与官僚大臣避难的江华岛进军。八旗军所乘的船当中有一些是黑龙江赫哲人所造，它“具有飞翼轻小，旋转速快”的特点，在战斗中的表现胜于行动缓慢的朝鲜巨舟，很快就击溃由三十艘战舰组成的敌军水师，成功登岛，然后歼灭守岛的千余鸟铳手，一举俘虏了在此地避难的李倧王妃、儿子与部分大臣。
龟缩入南汉山城的李倧终于弄清楚清军的真正实力，自知无路可走，遂于三十日出城，亲自前往清军大营投降，接受了清朝苛刻的条件，具体有：不再承认明朝为宗主国，与之断绝一切往来，并协助清军攻明，转奉清朝为宗主国，还要每年进贡，同时，承诺让两个王子以及诸大臣之子常驻盛京做人质，另外还要惩办主张抗清的大臣。最终达到成略目标的皇太极于二月二日撤军，此后：两国确立了“君臣之盟”。
南汉山城的守御将台（皇太极攻打朝鲜期间朝鲜仁祖曾避居于此）
皇太极借此向朝鲜索要大量财物，掠夺朝鲜人口，并让朝鲜在三田渡建立颂扬清太宗的大清皇帝功德碑。仁祖两位王子李和李淏入清作人质。朝鲜从此断绝与明的藩属关系成为清的藩属。
朝鲜仁祖向皇太极行三跪九叩之礼
朝鲜仁祖之后的孝宗曾试图联合南明、三藩割据势力、台湾郑氏政权等反清势力北伐灭清，但最终因财政困难而计划搁浅。清控制中原后开始逐渐与朝鲜交好，送还被扣作人质的朝鲜王子，消减贡物要求，还两次邀请朝鲜与八旗军队结联军北上讨伐侵扰中国东北边境的沙俄军队，史称“罗禅征伐”。随着清朝进入“康乾盛世”，朝鲜文人对清朝的态度也发生变化，出现了倡导向清人学习的北学派。在1637年至1881年之间，朝鲜先后161次接待清朝敕使。朝鲜每年四次向清朝进贡（1644年后改为每年一次），直到甲午战争清朝战败为止。而在甲午战争清朝战败之后，迎恩门被拆毁，改建独立门。（本文作者：古籍大家）转载请注明出处
1636年清军攻击朝鲜路线
清朝征服朝鲜，是继灭亡察哈尔之后在战略上获得的又一个重大胜利，从此不但彻底解决一个后顾之忧，而且还可以更方便地从这个新征服的地方榨取财富物资，以壮大国力。
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