天然玻璃是指在自然条件下形成的玻璃，属于非晶质体。在宝石学中主要包括火山玻璃（黑曜岩、玄武玻璃）以及玻陨石。
黑曜岩
黑曜岩是酸性火山熔岩快速冷凝的产物。其化学成分以SiO2为主，可达75%，含Al2O3、FeO、Fe2O3等，可含有少量石英、长石等矿物的斑晶或骸晶。折射率在1.49-1.52左右。颜色以黑色为主，也有灰、黄、红、蓝和绿褐色等，可呈斑状或条带状分布。由于初始结晶，在黑曜岩的玻璃机质中含有许多圆形、棒形和扭曲发状的小雏晶。有些黑曜岩中存在圆形或鱼雷形平行排列的气泡。
雪花黑曜岩
雪花黑曜岩
由于气泡和雏晶的存在，在黑色的背景下显示出“雪花”效应。
彩虹黑曜岩
具深灰色背景，从不同方向观察可见从内部包体反射出的各种颜色的晕彩。
黑曜岩猫眼
绿色、金黄色和银灰色的黑曜岩显银白色、浅黄色和紫色晕彩，可含平行发状的孔洞，从而显示出猫眼效应。
玄武玻璃是玄武岩浆喷发时快速冷凝而成。成分上SiO2在40%-50%之间，氧化物占比较大，可含长石和辉石等矿物微晶。折射率在1.58-1.65左右。颜色通常为带绿色调的褐色、蓝色。
玻陨石
玻璃陨石简称为玻陨石，是一种富SiO2的玻璃状天然形成物。对于它的成因历来有两种解释：一种认为它是富石英质陨石坠入大气层后剧烈燃烧并快速冷却而成；另一种认为是地外物体撞击地球，使地表岩石熔融冷却后形成。折射率为1.49左右。颜色通常为透明的绿色、绿棕色或棕色，表面具有特征的高温熔蚀结构（凹凸不平的褶皱表面），内部常见高明显性的圆形或拉长气泡及搅混糖浆状流动构造。
莫尔道玻陨石
1787年发现于捷克波西米亚的莫尔道河附近的玻陨石又称为莫尔道玻陨石。在其内部常见旋涡状条纹，外部为高温熔蚀表面。
雷公墨
产于中国海南岛的黑色玻陨石称为“雷公墨”。
我们生活中所常见的玻璃是一种人工非晶质材料，大多数的主要成分为SiO2，通常还加有Na2O、CaO、PbO及一些致色元素。由于二氧化硅的熔体过于粘稠以致冷却时化学单元来不及有序排列而只能形成玻璃态。
人造玻璃
用做宝石仿制品的玻璃其折射率在1.45-1.70之间，也有超出范围的，通常含有气泡和旋涡纹。商业化生产的玻璃包括冕牌玻璃，主要用作玻璃窗以及铅玻璃，用于切磨饰品和各种光学棱镜。
水晶的化学成分为SiO2，纯净的二氧化硅为无色透明，当含微量元素Al、Fe等杂质元素时呈现出不同的颜色。同样都是以SiO2为主要成分，但是水晶是一种晶质体，其组成矿物的离子、原子等可按照一定规则重复排列而形成具有特殊晶体结构的固体，因此它可以具有规则的几何外形。
水晶晶体
而玻璃是一种非晶质体，其内部二氧化硅的熔体过于粘稠以致冷却时化学单元来不及有序排列而只能形成玻璃态。即内部的离子、原子等呈不规则排列，不具有格子构造，从而不具备规则的几何外形。
晶体（a）与玻璃（b）中质点平面分布示意图，据潘兆橹等，1993
因此，相比于玻璃而言，水晶及其它以SiO2为主要成分的宝玉石更具有宝石学意义的原因就在于大自然赋予它们独特而神奇的生长规则，以及它们特有的晶体结构。
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