1、 桓玄志大才疏失人心
新野人庾仄，是殷仲堪的党徒，听闻桓伟死，桓石康未至，于是起兵袭击雍州刺史冯该于襄阳，击走冯该。庾仄有军众七千，设坛，祭七庙，说打算征讨桓玄，江陵震动。桓石康至州，发兵攻襄阳，庾仄败，投奔秦国。
高雅之上表南燕主慕容备德请讨伐桓玄说："纵未能廓清吴、会，亦可收江北之地。"
中书侍郎韩范也上疏说："如今晋室衰乱，江、淮南北，户口无几，戎马单弱。再加上桓玄悖逆，上下离心；以陛下神武，发步骑一万临逼，彼必土崩瓦解，兵不留行了。得而有之，秦、魏不足敌。拓地定功，正在今日。失时不取，彼之豪杰诛灭桓玄，更修德政，怎么会只有建康不可得，江北亦无望。"
慕容备德说："朕因为旧邦覆没，想要先定中原，乃平荡荆、扬，故未南征。其召集公卿商议。"因讲武城西，步卒三十七万人，骑五万三千匹，车万七千乘。公卿皆以为桓玄新得志，未可图，才停止。
冬，十月，楚王桓玄上表请归藩，又让皇帝作手诏固留他。又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，用来为自己受命之符。又以前世皆有隐士，耻于自己当政时独无，求得西朝隐士安定皇甫谧六世孙皇甫希之，给其资用，使隐居山林；征为著作郎，又让皇甫希之固辞不就，然后下诏旌礼，号称高士。时人称之为"充隐。"
桓玄又想要废钱用谷、帛及复肉刑，制作纷纭，志无一定，变更回复，卒无所施行。生性又贪鄙，人士有法书、好画及佳园宅，必假借蒲博而强取；尤爱珠玉，未尝离手。
2、桓玄称帝
乙卯，魏主拓跋珪立其儿子拓跋嗣为齐王，加位相国；拓跋绍为清河王，加征南大将军；拓跋熙为阳平王；拓跋曜为河南王。
丁巳，魏将军伊谓率骑兵二万袭击高车余种袁纥、乌频；十一月，庚午，大破高车人。
下诏楚王桓玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之制作禅诏，让临川王司马宝逼皇帝书写。司马宝是司马晞的曾孙。
庚辰，皇帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，皇帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王司马德文皆徙居司徒府。百官到姑孰劝进。
十二月，庚寅朔，桓玄筑坛于九井山北，壬辰，即皇帝位。册文多非溥晋室，有人劝谏他，桓玄说："揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！"大赦，改元永始。任命南康之平固县封皇帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王司马德文为石阳县公，武陵王司马遵为彭泽县候。追尊桓温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封儿子桓昇为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。
戊戌，桓玄入建康宫，登御坐，而床忽然陷下，群下失色。殷仲文说："将由圣德深厚，地不能载。"桓玄大悦。梁王司马珍之男臣孔朴奉司马珍之逃奔寿阳。司马珍之，是司马晞的曾孙。
戊申，燕王慕容熙尊燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏，慕容熙的慈母。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
辛亥，桓玄迁皇帝到寻阳。
燕以卫尉悦真为青州刺史，镇新城；光大夫卫驹为并州刺史，镇凡城。
癸丑，纳桓温神主于太庙。桓玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多得原放；有干舆乞者，时或抚恤。其好行小惠如此。
这一年，魏主拓跋珪开始命有司制冠服，以品秩为差。然法度草创，多不稽古。
元兴三年甲辰，公元404年
春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙。桓玄以其祖桓彝以上名位不显，不再追尊立庙。散骑常侍徐广说："敬其父则子悦，请依故事立七庙。"
桓玄说："礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足效仿！"
秘书监卞承之对徐广说："若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长了。"徐广是徐邈的弟弟。
桓玄自即皇位，心常不自安。二月，己丑朔，夜，涛水入石头，流水杀人甚多，欢哗震天。桓玄听闻后，惧，说："奴辈作妖！"
桓玄生性苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠擿，以示聪明。尚书答诏误书"春蒐为"春菟"，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案停积，不能得知。又天性好游畋，或一日数出。迁居东宫，更缮宫室，土木并兴，督迫严促，朝野骚然，思乱的人特别多。
（桓玄在代晋的过程中，考虑了王家为首的世家，谢家在这件事上回避了，没有什么人任要职。王谧是王导的后人，世为晋臣，同居公辅之位，这次手解安帝玺绶以授桓玄，为桓玄佐命元臣，位居司徒，此亦华歆、郗虑这样的人。义兵起，桓玄逃走，晋社以复，王谧厚着脸皮以玄司徒复率百官而奉迎安帝，此诚豺虎不食、有北不受之匪类啊。刘毅诘之，逃奔曲阿，正王法以诛之，当无俟安帝之复辟。而刘裕念畴昔之私好，追还复位，公然鹄立于百僚之上，则其崇奖奸顽以堕天下之廉耻也，唯恐不夙。）
3、刘裕起兵反桓
桓玄遣派使都加益州刺史毛璩散骑常侍、左将军。毛璩执留桓玄使者，不受其命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分命诸将戍三巴以防备。毛璩传檄远近，列桓玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破桓希等人，仍率众进屯白帝。
刘裕跟从徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。桓玄对王谧说："刘裕风骨不常，盖是人杰。"每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。桓玄皇后刘氏，有智鉴，对桓玄说："刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。"
桓玄说："我方平荡中原，非刘裕莫可用的人；俟关、河平定，然后别议这件事。"
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
刘裕与何无忌同舟还京口，密谋兴复晋室。刘迈弟弟刘毅家住在京口，亦与何无忌谋划讨伐桓玄。何无忌说："桓氏强盛，其可图乎？"
刘毅说："天下自有强弱，苟为失道，虽强易弱，正患事主难得耳。"
何无忌说："天下草泽之中非无英雄。"
刘毅说："所见唯有刘下邳。"
何无忌笑而不答，还以告刘裕，于是与刘毅定谋。
当初，太原人王元德及弟王仲德为苻氏起兵攻燕主慕容垂，不克，来晋投奔，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说："自古革命诚非一族，然而如今这些起兵的人恐不足以成大事。"
平昌人孟昶为青州主簿，桓弘使孟昶至建康，桓玄见而高兴，对刘迈说："素士中得一尚书郎，卿与其州里，宁相识否？"
刘迈一向与孟昶有矛盾，对答说："臣在京口，不闻孟昶有异能，唯闻父子纷纷更相赠诗。"桓玄笑而止。
孟昶听闻而恨之，既还京口，刘裕对孟昶说："草间当有英雄起，卿有没有听闻？"
孟昶说："今日英雄有谁，正当是卿啊！"
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶及刘裕弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪诸葛长民、河内太守随西辛扈兴、振威将军东莞童厚之，相与合谋起兵。刘道规为桓弘中兵参军，刘裕让刘毅和刘道规及孟昶于江北，共同杀了桓弘，占据广陵；诸葛长民为刁逵参军，让诸葛长民杀刁逵，据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之在建康，使他们聚众攻桓玄为内应；刻期齐发。
孟昶妻周氏富于财，孟昶对她说："刘迈毁我于桓公，使我一生沧陷，我决当作贼。卿幸早离绝，脱得富贵，相迎不晚。"
周氏说："君父母在堂，想要建非常之谋，岂妇人所能劝谏！事之不成，当于奚官中奉养大家，义无归志。"孟昶怅然久之而起。
周氏追孟昶坐，说："观君举措，非谋及妇人者，不过想要得财物罢了。"
借机指怀中小儿说："此儿可卖，亦当不惜。"遂倾赀以给之。孟昶弟弟孟顗妻，周氏的堂妹，周氏绐之说："昨夜梦殊不祥，门内绛色物宜悉取以为厌胜。"妹信而与之，遂尽缝以为军士袍。
何无忌夜于屏风里创作檄文，其母，刘牢之姐姐，登榆密窥到，哭泣说："我不及东海吕母很明显。汝能如此，我还有何恨！"问所与同谋的人，说："刘裕。"母尤喜，因为言桓玄必败，举事必成之理以劝他。
乙卯，刘裕假托以游猎，与何无忌收合徒众，得百余人。丙辰，诘旦，京口城开，何无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓修以徇。桓修司马刁弘率文武佐吏来赴，刘裕登城对他说："郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，今日贼桓玄之首已当枭枭于大航。诸君非大晋之臣乎？今来欲何为？"刁弘等人相信，收众而退。
刘裕问何无忌说："如今急须一府主簿，何由得之？"
何无忌说："无过刘道民。"
刘道民是东莞刘穆之。刘裕说："我亦识他。"即驰信召焉。这时刘穆之听闻京口欢噪声，晨起，出陌头，属与信会。刘穆之直视不言很久，既而返室，坏布裳为袴，前往见刘裕。
刘裕说："始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其选？"
刘穆之说："贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，略当无见逾者。"
刘裕笑着说："卿能自屈，我事济了。"即于坐署主簿。
孟昶劝桓弘其日出猎，天未明，开门出猎人；孟昶与刘毅、刘道规率壮士数十人直入，桓弘正在啖粥，当即被斩。借机收众渡江。刘裕让刘毅诛刁弘。
一开始，刘裕遣同谋周安穆入建康报刘迈，刘迈虽酬许，意甚惶惧。周安穆担心事泄，于是驰归。桓玄任命为刘迈为竟陵太守，刘迈想要马上到郡。是夜，桓玄与刘迈书信说："北府人情云何？卿近见刘裕何所道？"
刘迈以为桓玄已知其谋，晨起，报告。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。既而嫌刘迈不执周安穆，使得逃去，又杀了他，全部诛杀了王元德、扈兴、厚之等人。
众推刘裕为盟主，总督徐州事，任命孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募的，刘裕全都使郡主簿刘钟统之。丁巳，刘裕率二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长尼已据历阳。
桓玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请亟遣兵击刘裕，桓玄说："彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成而吾事去了；不如屯大众于覆舟山以待。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见大军，必惊愕；我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走，此策之上。"
桓谦等人固请出击，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上。桓玄忧惧特甚。有人说："刘裕等人乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深！"
桓玄说："刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！"
4、刘裕拼死相斗，桓玄总想着跑路
南凉王秃发傉檀畏秦之强，于是去年号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王姚兴说："车骑献款称藩，而擅兴兵造大城，岂为臣之道乎？"
关尚说："王公设险以守其国，先王留下的制度。车骑僻在遐藩，密迩勍寇，盖为国家重门之防，不图陛下忽以为嫌。"姚兴善之。秃发傉檀求领凉州，姚兴不同意。
当初，袁真杀朱宪，朱宪弟弟朱绰逃奔桓温。桓温克寿阳，朱绰则发袁真棺，戮其尸。桓温怒，将杀他，桓冲请求而免之。朱绰事桓冲如父，桓冲薨，朱绰呕血而卒。
刘裕克京口，任命朱绰儿子朱龄石为建武参军。三月，戊午朔，刘裕军与吴甫之遇于江乘。将战，朱龄石进言于刘裕说："朱龄石世受桓氏厚恩，不想要以兵刃相向，乞在军后。"刘裕义而同意。
吴甫之是桓玄的骁将，其兵甚锐。刘裕手执长刀，大呼以冲击，众皆披靡，即斩吴甫之，进至罗落桥。皇甫敷率数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。刘裕进战弥厉，皇甫敷围之数重，刘裕倚大树挺战。皇甫敷说："你想要作何死！"拔戟将刺之，裕瞋目叱之，皇甫敷辟易。刘裕党俄至，射皇甫敷中额而踣，刘裕援刀直进。
（大多数的时候，人的运气难以言说，刘裕做出了要反桓玄，就是只有以死相斗一条路。这里不能排除皇甫敷放水的可能性。）
皇甫敷说："君有天命，以子孙为托。"刘裕斩了他，厚抚其孤。刘裕任命檀凭之所领兵配参军檀祗。檀祗是檀凭之的养子。
桓玄听闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣说："朕其败乎？"
吏部郎曹靖之对答说："民怨神怒，臣实惧焉。"
桓玄说："民或可怨，神何为怒？"
对答说："晋氏宗庙，飘泊江滨，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒吧。"
桓玄说："卿为何不劝谏？"
曹靖之对答说："辇上君子皆以为尧、舜之世，臣何敢言！"桓玄默然。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
己未，裕军食毕，全都弃其余粮，进至覆舟山东，使羸弱登山，张旗帜为疑兵，数道并前，布满山谷。桓玄侦候兵还，说："刘裕军四塞，不知多少。"
桓玄越加忧恐，遣武卫将军庾赜之率精卒副援诸军。桓谦等士卒多北府人，一向畏伏刘裕，莫有斗志。刘裕与刘毅等分为数队，进突桓谦所设大阵；刘裕以身为先，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，借纵火焚之，烟炎慓天，鼓噪之音震动京邑，桓谦等人诸军大溃。
桓玄这时虽遣军拒止刘裕，而逃走的心意已决，暗中让领军将军殷仲文具舟于石头；听闻桓谦等人败，率亲信数千人，声言赴战，遂将其子桓昇，兄长儿子桓浚出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚劝谏说："如今羽林射手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，想在哪里安家！"桓玄不对，但举策指天，借机鞭马而走，西趋石头，与殷仲文等人浮江南走。经日不食，左右进粗饭，桓玄咽不能下，桓昇抱其胸而抚之，桓玄悲不自胜。
刘裕进入建康，王仲德抱王元德儿子王方回出来等候刘裕，刘裕于马上抱王方回与王仲德对哭。追赠王元德给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕到桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，刘裕屯军石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追桓玄，尚书王嘏率百官奉迎乘舆，诛桓玄宗族在建康的人。
刘裕派臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，刘裕问臧熹："卿得无想要这些东西吗？"
臧熹正色说："皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。"
刘裕笑着说："聊以戏卿。"臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌，桓玄的司徒王谧与众议推刘裕领扬州，刘裕固辞，于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧推刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
5、刘裕治理得人心
刘裕刚开始至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。刘裕于是托以腹心，动止咨询；刘穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。当时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众人莫能遵从。刘穆之斟酌时宜，随方矫正；刘裕以身范物，先以威禁；内外百官皆肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改。
当初，诸葛长民至豫州，失期，不得发。刁逵抓住诸葛长民，槛车送桓玄。至当利而桓玄败，送人共破槛放出诸葛长民，还逼历阳。刁逵弃城逃走，为其下所抓，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其三弟给事中刁骋。刁逵故吏藏匿其弟子刁雍送洛阳，秦王姚兴任命为太子中庶子。
刘裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟独王谧奇而贵他，对刘裕说："卿当为一代英雄。"
刘裕曾与刁逵樗蒲，不时输直，刁逵缚之马枊。王谧见了，责刁逵而释放刘裕，代之还直。于是刘裕深憾刁逵而德王谧。
萧方等人说：蛟龙潜伏，鱼虾亵之。所以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘的仇呢！如今王谧为公，刁逵亡族，醻恩报怨，何其心胸狭獈！
（这种就像今天的白左，站着说话不腰疼。）
尚书左仆射王愉及儿子荆州刺史王绥谋袭刘裕，事泄，族诛，王绥弟弟儿子王慧龙为僧彬所匿，得免。
魏因为中土萧条，诏县户不满百数的撤罢。
丁卯，刘裕迁镇东府。
6、桓玄领袖包袱太重
桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，桓玄逼皇帝西上，刘毅率何无忌、刘道规等诸军追击。桓玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。桓玄于道中自作《起居注》，叙述讨刘裕的事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，以致奔败。专覃思著述，不暇与群下议时事。《起居注》既成，宣示远近。
（这就是贵族包袱，总觉得自己高人一等，到哪里都要证明自己伟大正确。）
丙戌，刘裕称受皇帝密诏，任命武陵王司马遵承制总百官行事，加侍中、大将军，借机大赦，惟桓玄一族不宥。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，谋杀南燕主慕容备德，推司马休之为主。慕容备德任命刘轨为司空，甚宠信之。高雅之想要邀刘轨同谋，刘敬宣说："刘公衰老，有安齐之志，不可告。"高雅之却还是告诉，刘轨不从。谋颇泄，刘敬宣等人南走，南燕人收捕刘轨，杀之，追及高雅之，又杀之。刘敬宣、司马休之至淮、泗间，听闻桓玄败亡，遂来归，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听闻桓玄败，命北地王慕容钟等人将兵欲取江南，碰上慕容备德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王司马遵入居东宫，内外毕敬；迁除百官称制书，教称令书。任命司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅，桓玄挟皇帝至江陵，桓石康接纳他。桓玄改署置百官，任命卞范之为尚书仆射。自认为奔败之后，恐威令不行，于是改增峻刑罚，众人越加离怨。殷仲文劝谏，桓玄怒道："如今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚；而群小纷纷，妄兴异议！方当纠之以猛，未可施之以宽。"
荆、江诸郡听闻桓玄播越，有上表奔问起居的，桓玄皆不受，改令所在贺迁新都。
当初，王谧为桓玄佐命元臣，桓玄那次受禅，王谧手解皇帝玺绶；现在桓玄败，众人认为王谧宜诛，刘裕特保全他。刘毅曾借朝会，问王谧玺绶所在。王谧内不自安，逃奔曲阿。刘裕笺白武陵王，迎还复位。
桓玄兄长儿子桓歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之率诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
桓玄使武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率数千人就何澹之等共守湓口。何无忌、刘道规至桑落洲，庚戌，何澹之等人引舟师逆战。何澹之常所乘舫羽仪旗帜甚盛，何无忌说："贼率必不居此，想要诈我，宜亟攻之。"
众人说："何澹之不在其中，得之无益。"
何无忌说："如今众寡不敌，战无全胜，何澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻他，必得；得到这个船，则彼势沮而我气倍，因而薄之，破贼必矣。"
刘道规说："善！于是前往攻而得，借机传呼说："已得何澹之了"。何澹之军中惊扰。何无忌之众亦以为然，乘胜进攻何澹之等人，大破之。何无忌等人克湓口，进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏还京师。
晋加刘裕都督江州诸军事。
桑落之战，胡藩所乘舰为官军所烧，胡藩全铠入水，潜行三十多步，才得登岸。这时江陵路已绝，于是还豫章。刘裕一向听闻胡藩为人忠直，引参领军军事。
桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，桓玄再次帅诸军挟皇帝东下，任命苻宏领梁州刺史，为前锋；又使散骑常侍徐放先行，劝说刘裕等人说："若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。"
刘裕任命诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑从弟悦代大那谋杀社仑，不克，奔魏。
燕王慕容熙于友腾苑起逍遥宫，连房数百，凿曲光海，盛夏，士卒不得休息，渴死者大半。
西凉世子吕谭卒。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉率众自寻阳西上，五月，癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。刘毅等人兵不满万人，而玄桓战士数万，众人忌惮，想要退还寻阳。刘道规说："不可！彼众我寡，强弱异势，如今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！桓玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众多。"因麾众先进。
刘毅等人跟从。桓玄常漾舸于舫侧以备败走，于是众莫有斗心。刘毅等人乘风纵火，尽锐争先，桓玄众人大溃，烧辎重夜遁。郭铨到刘毅处投降。桓玄故将刘统、冯稚等人聚党四百人袭破寻阳城。刘毅遣建威将军刘怀隶讨平之。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟皇帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在桓玄舰上，求出别船收集散卒，借机叛桓玄，奉二皇后奔夏口，于是还建康。
己卯，桓玄与皇帝入江陵。冯该劝他改而下战，桓玄不能从，想要奔汉中就桓希，而人情乖沮，号令不行。庚辰，夜中，处分要发，城内已乱，于是与亲近腹心百余人乘马出城西走。至城门，左右于暗中斫桓玄，不中，其徒更相杀害，前后交横。桓玄仅得至船，左右分散，惟卞范之在侧。
辛巳，荆州别驾王康产奉皇帝入南郡府舍，太守王腾之帅文武为侍卫。
桓玄将到汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩之弟弟儿子，诱桓玄入蜀，桓玄听从。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，卒于官。毛璩派其兄长的孙子毛祐之及参军费恬率数百人，送毛璠丧归江陵，壬午，遇桓玄于枚回洲。毛祐之、费恬迎击桓玄，矢下如雨，桓玄嬖人丁仙期、万盖等人以身蔽桓玄，皆死。
益州督护汉嘉冯迁抽刀，前要攻击桓玄，桓玄拔头上玉导给他，说："你是何人，敢杀天子！"
冯迁说："我杀天子之贼！"于是斩杀，又斩桓石康、桓浚、庾责之，抓桓昇送江陵，斩于市。乘舆返正于江陵，任命毛修之为骁骑将军。甲申，大赦，诸以畏逼从逆的人一无所问。戊寅，奉神主于太庙。刘毅等传送桓玄首，枭于大桁。
7、桓家的反扑
刘毅等人既战胜，以为大事已定，不急追蹑，又遇风，船未能进，桓玄死几近一旬，诸军犹未至。这时桓谦藏匿于沮中，扬武将军桓振蒇匿于华容浦，桓玄故将王稚徽戍巴陵，遣人报桓振说："桓歆已克京邑，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退。"桓振大喜，聚党得二百人，袭击江陵，桓谦亦聚众响应。闰月，己丑，再次攻陷江陵，杀王康产、王腾之。桓振见皇帝于行宫，跃马奋戈，直至阶下，问桓昇所在。听闻其已死，瞋目对皇帝说："臣门户何负国家，而屠灭若是！"
琅邪王德文下床对他说："此岂是我兄弟想要的！"
桓振想要杀皇帝，桓谦苦禁，才下马，敛容致拜而出。壬辰，桓振为桓玄举哀，立丧庭，谥称武悼皇帝。
癸巳，桓谦等人率群臣奉玺绶于皇帝说："主上法尧禅舜，如今楚祚不终，百姓之心重亲归于晋了。"任命琅邪王司马德文领徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史，皇帝侍御左右，皆桓振心腹。
桓振少年时薄行，桓玄不以子妷齿。至是，叹息说："公当年不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定了。今独作此，安归乎？"遂纵意酒色，肆行诛杀。桓谦劝桓振引兵下战，己守江陵，桓振一向轻桓谦，不从其言。
刘毅至巴陵，诛王稚徽。何无忌、刘道规进攻桓谦于马头，桓蔚于龙泉，皆击破。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想要乘胜直逼江陵，刘道规说："兵法屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群下皆为竭力；桓振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。"何无忌不从。桓振逆战于灵溪，冯该以兵会击，何无忌等人大败，死者千余人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘裕任命刘毅节度诸军，免其青州刺史。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听闻桓玄死，自白帝进军，至枝江，听闻何无忌等败于灵溪，亦引兵退，俄而罗述、甄季之皆病，柳约之到桓振处伪降，想要谋袭桓振，事泄，桓振杀了他。柳约之司马时延祖、涪陵太守文处茂收其余众，保涪陵。
六月，毛璩遣将攻汉中，斩桓希，毛璩自领梁州。
秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
燕苻昭仪有疾，龙城人王荣自言能治疗。昭仪卒，燕王慕容熙立王荣于公车门，支解而焚烧。
八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
魏置六谒官，准古六卿。
九月，刁骋谋反，伏诛，刁氏遂亡。刁氏一向富有，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之，弥日不尽。时州郡饥弊，民赖之以济。
乞伏乾归及杨盛战于竹岭，为杨盛所败。
西凉公李暠立儿子李歆为世子。
魏主拓跋珪临昭阳殿改补百官，引朝臣文武，亲加铨择，随才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。其品第一至第四，旧臣有功无爵者追封，宗室疏远及异姓袭封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀异、武官堪为将帅者，其品亦比第五至第九；百官有阙，则取于其中以补之。其官名多不用汉、魏之旧，仿上古龙官、鸟官，谓诸曹之使为凫鸭，取其飞之迅疾；谓候官伺察的人为白鹭，取其延颈远望；余皆类此。
卢循入寇南海，攻番禺。广州刺史濮阳人吴隐之拒守百余日。冬，十月，壬戌，循卢夜袭城而攻陷，烧府舍、民室俱尽，抓住吴隐之。卢循自称平南将军，摄广州事。聚烧骨为共冢，葬于洲上，得髑髅三万馀枚。又使徐道覆攻始兴，抓住始兴相阮腆之。
刘容领青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。桓玄兄长儿子桓亮自称江州刺史，寇豫章，刘敬宣击破他。
刘毅、何无忌、刘道规再次自寻阳西上，至夏口。桓振遣镇东将军冯该守东岸，扬武将军孟山图据鲁山城，辅国将军桓仙客守偃月垒，众合万人，水陆相援。刘毅攻鲁山城，刘道规攻偃月垒，何无忌遏中流，自辰至午，二城俱溃，生擒孟山图、桓仙客，冯该逃走石城。
辛巳，魏大赦，改元天赐。筑西宫。十一月，魏主拓跋珪临西宫，命宗室置宗师，八国置大师、小师，州郡亦各置师，以辨宗党，举才行，如魏、晋中正之职。
燕王慕容熙与苻后游畋，北登白鹿山，东逾青岭，南临沧海而还，士卒为虎狼所杀及冻死者五千余人。
十二月，刘毅等人进克巴陵。刘毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕再次任命刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，屯西陵；文处茂击破他，桓放之走还江陵。
高句丽侵燕。
戊辰，魏主拓跋珪如豺山宫。
这一年，晋民避乱，襁负之淮北者道路相属。
解读：刘裕是看透了这些世家的表面假大空，其实虚弱的本质。桓玄诛北府兵，高雅之、刘敬宣等人逃往胡人处当个降人，唯有刘裕光明正大地去京口，见桓玄，桓玄老婆建议诛刘裕，桓玄却不能诛。
刘裕与桓玄的决战，全都是桓玄自己软弱导致兵败如山倒，刘裕正好相反，出战就是斗到死的决心。桓家经营了那么多年的荆州地区又有什么用？世家子弟遇到刘裕，就现了原形，王家投降派四处投资，刁家的为富不仁，最后被灭族。可叹。
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