法国方面最初要求处死仇外最凶的陈国瑞将军以及天津知府和知县,清朝方面派出直隶总督曾国藩来调查并与法国方面交涉,当时朝廷中的官员多数认为不要对其退让,不惜一战,情势紧张。曾国藩考量当时局势,不愿与法国开战,首先对英国、美国、俄国作出赔偿以使最后能单独与法国交涉。
同治九年(1870年)六月初十日一曾国藩到天津,立即发布《谕天津士民》,对天津人民多方指责。随后经他调查之后,确认育婴堂并无诱拐伤害孩童之事,于是在法国的要求下,商议决定最后处死为首杀人的18人(马宏亮、崔福生、冯瘸子等,行刑之日是10月19日),充军流放25人,并将天津知府张光藻、知县刘杰被革职充军发配到黑龙江,赔偿外国人的损失46万两银,并由崇厚出使法国道歉。李鸿章也认为“冀终归于一命一抵了案”。而法国因随后发生了普法战争,无暇注意东方事务,因此接受了这个条件。