2020年12期我们谈到，决定农民合作社在农业产业组织体系中的角色、地位和作用的关键因素是其在所处的特定的农业产业或农业产区中的“生态位”。一方面，生态位更为不利的小农户亟待提高组织化程度，合作社无疑是理想的组织形式；另一方面，就整体而言，我国农民合作社的生态位并不理想，运营水平较低，正处在建设和发展并重的关键时期。
应明确指出，在市场经济情境中，农民合作社与农业产业组织体系中其他主体的关系在本质上是市场契约关系，必然按照市场规则（而绝非别的什么规则）进行交易、竞合。因此，尽管农业的产业性状决定了合作社普遍存在于农业领域有其客观必然性，但是，并非任何产业、任何产区、任何时期都必然“以合作社为中心”，合作社更非农业产业组织体系中的唯一组织选择。而且，在农业产业组织体系背景下，当前中国大多数运营正常的农民合作社或多或少地具有合作制属性，是产业化和制度性色彩鲜明的股份合作制的改进型（且为过渡型）中间组织，但并非许多人指责的异化或“假”合作社。
在合作社与其他相关主体的交易关系中，既有技术性关系（譬如合作社与其他相关主体在生产经营技术上有着怎样的上下游关系、相互依赖性），也有业务性关系（譬如合作社与其他相关主体是如何进行交易的），更有利益性关系（譬如合作社与其他相关主体是如何分配利益增值的）。
农业产业组织体系中的交易关系和治理机制，既是具体产业（或产区）技术性、市场性、农户性、社区性及其合作性的基本特点使然，又是具体产业和产业组织转型发展的重要标志。一般而言，短期重复式的交易关系及其相应的一般市场治理机制，往往与传统、分散和小规模的生产经营方式相关联；而战略联盟式的交易关系及其相应的产权与正规契约治理机制，往往与相对规模化、组织化和现代化的生产经营方式相关联；至于关系治理机制运用的普遍性，则与该产业的农户性与社区性特征密切相关。因此，市场、关系、契约和产权多种治理机制会以不同组合方式出现在合作社与其他主体的交易关系中，一般而言，市场机制是基础，关系机制是手段，契约机制是保证，产权机制是深化。而且，合作社往往在关系机制的作用发挥上起着催化与强化的作用，成员股份分红的特性也使产权机制发挥共同利益导向的作用。
同样必须认真地指出，尽管连接农业产业上下游交易关系的中间组织有多种形式，但合作社仍是其中最重要的组织形式。因为真正的合作社，一定是农户为寻求出路，自发、主动组建起来的，因而也一定是代表了农户的意愿和利益。然而，合作社的中国实践与理想型合作社普遍发生不同程度的偏移，因此，对合作社功能的考察不能从理想主义的眼光出发。农民合作社的载体化特性决定了合作社的功能表现为合作化/产业化/社会化的混合性功能。在微观农户层面，合作社内部成员异质性也决定了成员间的合作具有典型的非对称特征。因此，合作社对成员农户的福利改进更多表现为“帕累托改进”（即比以前好，但不是最理想的），而且，合作社的功能还表现在对非成员农户的外部溢出效应。
如今，在乡村振兴战略的背景下，我国大多数农民合作社都是富于中国本土特色的创新组织形态，而且必将于农业农村现代化、农业供应链管理、乡村治理和社会发展、扶贫开发等广阔视野中进一步展现其独特的制度魅力和组织功能。
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