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慧眼识珠!AI首次独立发现超强抗生素

  人工智能“慧眼识珠”,首次独立发现了一种强大的新型抗生素!

美国麻省理工学院(MIT)科学家在最新一期《细胞》杂志撰文称,他们新研制出的一种深度学习人工智能(AI),鉴定出一种全新抗生素。

实验室测试表明,这种抗生素能有效杀死多种世界上最麻烦的致病细菌,包括一些对所有已知抗生素耐药的菌株。

英国《自然》杂志网站在20日的报道中指出,研究人员表示,这种名为halicin的抗生素是首个由人工智能发现的抗生素。尽管科学家以前曾使用AI辅助发现抗生素,但此次是AI首次在没有任何人类假设的情况下,从头发现全新抗生素。

美国匹兹堡大学计算生物学家雅各布·杜兰特评论道,这项研究非常出色,研究团队不仅确定了候选抗生素,还在动物实验中验证了有潜力的分子。此外,该方法还可用于发现治疗癌症、神经衰退性等疾病的药物。

无需假设

自发现青霉素以来,抗生素已成为现代医学的基石,但在全球范围内,细菌对抗生素的耐药性正急剧上升。《自然》杂志的报道称,研究人员预测,如果不尽快研发新药,预计到2050年,每年将有一千万人因耐药菌感染而丧生。

但在过去几十年,新诞生的抗生素寥寥无几,且结构上与过去已有抗生素大同小异。此外,当前用于筛选新抗生素的方法成本高昂,且耗费大量时间。最新研究负责人、MIT合成生物学家吉姆·科林斯说:“人们不断发现相同的分子,我们需要具有新颖作用机理的新型化学物质。我们希望开发一个平台,能借助人工智能的力量,开创抗生素药物发现新时代。”

为寻找新型抗生素,研究团队开发出了一个神经网络模型,这是一种受大脑结构启发的AI算法,可逐个原子学习分子的结构特性。

据MIT网站2月20日报道,在研究中,柯林斯团队使用约2500个分子来训练他们的神经网络模型,以发现能抑制大肠杆菌生长的分子。这些分子包括约1700种已获批的药物(其中300种获批抗生素)以及800种来自植物、动物和微生物的天然物质。

最新研究联合负责人、MIT计算机科学与人工智能实验室(CSAIL)电气工程与计算机科学教授雷吉娜·巴兹莱表示,该算法不需要任何药物工作原理方面的假设,也无需对化学基团进行标记,就可以预测分子功能,“因此,该模型可以学到人类专家未知的新模式。”

该模型训练完毕后,研究人员用它筛选一个名为“药物再利用中心”(Drug Repurposing Hub)的分子库,该分子库包含约6000种科学家正在研究、用于治疗人类疾病的分子。他们让该模型预测哪种分子能有效抑制大肠杆菌,并仅向他们展示看起来与常规抗生素不同的分子。

扫描电子显微镜照片中呈绿色的大肠杆菌细菌 图片来源:英国《自然》杂志网站

从得到的结果中,研究团队选择了约100个分子开展物理测试,其中一种是正研究用于治疗糖尿病的分子。结果表明,它是一种具有很强抗菌活性的抗生素,且化学结构与任何现有抗生素不同。研究人员为致敬经典科幻片《2001太空漫游》,将该分子命名为“halicin”(电影里的人工智能系统名为HAL 9000)。此外,研究人员还借助使用其他机器学习模型发现,该分子可能对人体细胞具有较低毒性。

实验室测试表明,除铜绿假单胞菌(一种难以治疗的肺病原体)外,halicin对包括艰难梭菌、结核分枝杆菌和鲍曼不动杆菌等在内的多种病原体具有活性。

为测试halicin在活体动物身上的功效,研究人员用其治疗感染鲍曼不动杆菌的小鼠。鲍曼不动杆菌具有“超级耐药性”,能耐受已知所有抗生素,世界卫生组织已将其定为最需要优先处理新抗生素的病原体之一,人类迫切需要新抗生素来对付它。

研究表明,在感染了鲍曼不动杆菌的小鼠身上,halicin再次显现出神奇效果:含有halicin的软膏在24小时内,就彻底清除了感染。

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