宏基因组分析专题（1）：生物信息学的开始-Linux系统的安装教程

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写在前面

什么是宏基因组测序以及分析？

   简单来说就是提取我们样品中总DNA并进行二代测序，测序后需要对测序后的数据进行降噪(去除干扰项)和降维（出图和表）。下面是宏基因组测序的流程。首先分享的是Linux操作系统的安装，后面会继续分享，软件商店conda安装和使用，fatsqc进行质控，megahit进行宏基因组组装，以及metaphlan进行宏基因组分类。

图1

图2

（参考文献：Protein Cell：A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data, 2020）

主要内容

一、为什么安装Linux？

    Linux以其免费、稳定、高效成为生物信息学分析不可缺少的操作系统，目前大量的生物信息学软件都是围绕着Linux系统开发，可以说安装linux系统是生物信息的开始。

二、如何在自己的电脑上安装linux？

第一步：安装VirtualBox

  VirtualBox 是一款开源虚拟机软件，由于我们的电脑一般用的都是windows操作系统，想在Windows系统里面使用Linux操作系统需要给电脑创造一个独立虚拟环境来运行Linux，让Windows和Linux这两个操作系统之间相互不受影响。

VirtualBox的软件及linux系统镜像的下载

VirtualBox软件的安装：

图3

 一直点击下一步，直到安装成功。

图4

第二步：安装Linux（ubuntu）的系统的镜像

  首先点击新建，输入名称和选择linux系统镜像的存放地址，版本选择Ubuntu（64-bit）

 图5

  设置虚拟机的运行内存大小，注意最低不要低于1024MB！

 图6

  选择已有虚拟硬盘文件，选择你网盘下载并解压后的名称为QIIME-1.9.1-amd64.vdi的文件。

图7

第三步：挂载共享的文件夹，

   为什么要挂载共享文件夹？我们可以把要处理的数据放到共享文件夹中，这个文件夹Linux和我们的windows系统都可以访问，方便进一步通过Linux系统对自己电脑上的数据进行生信分析。

 图8

  启动Ubuntu，点击启动，找到终端(terminal)，输入ls可以看到share这个文件夹。

 图9

 图10

  再输入下面代码，share文件夹颜色变为绿色表示文件夹成功挂载

sudo apt-get update #更新所有的软件列表

sudo apt-get install virtualbox-guest-utils #安装virutalbox增强工具

sudo mount -t vboxsf qiime /home/qiime/share #挂载共享的文件夹

图11

恭喜你已经成功安装Linux系统！

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