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Conda是一款可以帮助我们轻松安装几乎所有的生物信息学软件的工具，说Conda目前分为Anaconda和Miniconda两个版本。Anaconda和Miniconda的关系就好比QQ正式版和QQ轻聊版的关系一样，使用Anaconda预装了很多软件包，而Miniconda为Anaconda的缩小版仅仅包括conda和 Python。Anaconda的大小大约500+MB，而Miniconda只有几十MB，对于我们的笔记本以及小型服务器而言，推荐安装Miniconda。
图1
安装步骤
第一步：Miniconda的下载
Windows版本下载：
在浏览器输入网址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html找到最新的Windows版本下载
Linux版本下载：
wget-c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载Linux版本的Miniconda
Mac版本下载：
curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-
x86_64.sh
第二步：Miniconda的安装
Windows版本：下载后双击运行安装
Linux安装：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给miniconda软件包可执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装Miniconda
图2
一路输入Enter，然后再根据提示输入yes，安装成功。
第三步：启动Conda
如果没有改变安装位置的话，Conda应该安装在home/目录下，我们找到miniconda3/这个文件夹。
图3
输入cd命令进入到miniconda3中bin的目录
图4
可以看到bin/目录下包括一个activate的文件，我们继续输入以下代码
chmod 777 activate #给activate文件可执行权限
source activate #启动conda
等终端出现（base）时候说明conda已经成功启动！
图5
启动了conda 我们需要给conda添加channel才能安装软件，channel推荐使用官方的channels和清华的channels。
#官方channels
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#清华的channels
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
Conda安装软件的步骤非常简单，只需一行命令即可安装软件。例如我们安装软件Muscle（一款序列比对的软件）可以输入以下命令
conda install muscle #安装muscle
图6
等安装完成后输入下面代码可以查看已安装软件。
conda list
图7
conda deactivate
图8
conda env list#查看当前存在哪些虚拟环境
conda update conda #检查更新当前conda
conda create -n your_env_name #创造虚拟环境
source activate your_env_name#激活环境
source deactivate#退出环境
conda remove -n your_env_name#删除环境
conda remove --name your_env_name package_name#删除环境中的某个包
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