陈潮祖教授在学术上强调全面继承，大胆创新，始终坚持以论明理，以案实论。临床方面，于杂病诊治积累了十分丰富的辩证、遣方、用药经验。作为方剂学专家，对方剂学的突出贡献是选收医方，以临床常用、疗效突出、结构独特为原则，纠正了重经方、轻时方，重书刊方、轻民间方的偏见；编撰方书，以五脏生理为依据，系统研究其发病机理、治疗法则、组方规律，将理、法、方、药融为一体，体现以五脏病机为纲、异病同治的辩证方法，与内科等以病名为纲、同病异治的辩证方法构成一经一纬的辩证体系，为中医理法研究和辩证体系的完善都做出了杰出的贡献；辨析方义，注重方剂结构、用法、特殊性的疑点、难点、要点分析，把方理研究推上了“有形入神”的高度；阐明方用，强调方随法施，法因证立，证系于五脏，把理、法、方、药融为一体；并集古今灵机巧变之实例、当代科研成果以及临床心得，对众多医方的临床运用，作了切合临床实际的充分发挥，筛选保存了一大批宝贵方药遗产。