“疾病本质的性质判定”是医学界争论的焦点。按系统论思想，疾病本质是功能性的，该思想主要体现在中医系统论的功能性原理上。
何谓功能性原理
功能性原理是中医系统论的第五原理，揭示、总结了人结构与功能的复杂特性。该原理表述为：人的生命是物质、能量、信息运化的系统，运化功能是根本属性，它形成并调控结构，人的病变在本质上首先是功能性的。
还原论医学注重器质性病变
人的疾病既有功能性的，也有器质性的，此两者间必然有客观内在关系，但是，中医“辨证”与西医“辨病”却几乎处于“各执一端”的状态。
西医在还原论、实体中心论、实体主义的影响下，认为实体是本原的，实体结构异常是病变的基础，这种异常引起机能的异常，故把注意的中心放在人的实体病变上，病理研究以解剖为基础，强调疾病本质上是器质性的，以器质性异常解读功能性病变，认为功能异常是器质性病变的产物。代表性观点有三：一、多数已知疾病均属器质性疾病。二、功能性疾病根于器质性病变。三、功能性疾病将完全归结为器质性改变。
上述观点集中反映了西医学对功能性疾病与器质性疾病间关系的基本理解，反映了西医病理学的主要倾向和特点。
中医学注重功能性病变
中医病理学的倾向和特点，与上述西医学观点几乎完全相反。
中医的功能病理学
中医病理学是以功能为基础的功能病理学，这与西医以解剖为基础的病理学有着重大差别。中医的功能病理学理论以气化学说为基础，借气的运化机制解读人体功能，从气形转化来说明形态结构的发生和维持，把认识疾病的基点放在气化过程的正常与否，提出阴阳失调、气机失常、正邪交争三大病机。
功能病理以气化学说为基础
中医认识功能病理以气化学说为基础，即《素问·举痛论》所载：“余知百病生于气也。”
气机失常首先表现为细微的功能异常，病势迁延后可引起脏腑、经络、阴阳、气血的功能异常，呈现为不同程度的疾病态，所谓“气始而生化，气散而有形，气布而蕃育，气终而象变”，“始动而生化，流散而有形，布化而成结，终极而万象皆变”，即是把形态的生、结、育、变过程，理解为气的始、流、布、终的表现或结果，把结构理解为气化的“过程流”。
从气行失序来认识形质失宜
中医学在元气论指导下，把人的生命活动理解为气化过程，气化维系着人的结构，气化过程是解剖形态的发生学基础，气化过程异常是器质性病变的发生学基础。人的病变首先是功能性的异常，在一定条件下可发展为器质性病变，但在亦可不发展为器质性病变而呈现为“纯功能性”病变，有临床表现但查不到器质性改变的根据。气的运化失常可有不同程度，初可为虚、为乱，继可为郁、为滞、为陷、为逆，甚可为瘀、为阻、为痹、为结，发展为器质性病变。
辨证论治体系是功能病理的基本内容
“证”是对人的功能性疾病的全面反映，辨证论治即是对人的功能异常进行识别与干预。无论人的疾病是否发展到了器质程度，治疗的基本原理和途径都是功能性调理。中医的辨证论治体系构成了功能病理学的基本内容，各种辨证方法，所辨的都是症状、体征等功能要素的不同组合所反映的功能机制，反映的是功能性病变，而不是器质性病变。
人的结构与功能的复杂性难题
中西医对疾病理解的分歧，集中于对器质性病变与功能性病变间关系的判别上，反映了中医之“证”与西医之“病”间差异的内在本质。“辨证与辨病相结合”的困难，实际上就是这两种病理观点之间的“格拒”。结构性病变与功能性病变的关系问题，也是整个病理学研究尚未解决好的一个问题。
受实体中心论影响，医学界一般沿用西方传统的结构概念及对结构与功能关系的理解，把“结构”理解为“形态结构”或“解剖结构”“解剖形态”，结构与功能的关系主要是“形态结构与机能活动”的关系，认为“结构产生并决定机能，机能反作用于结构”。
现代科学的发展证明，事实似乎并非如此，更为深刻的复杂现象和规律被发现，对“结构”及“结构与功能的关系”提出了全新的认识：结构的本质是相互作用关系。结构是由要素之间及要素与系统之间的相互作用关系形成，没有相互作用关系就没有组织和结构。结构具有多样性。由于参与相互作用的要素（有实体性的也有非实体性的）和相互作用的关系（有空间的、时间的、功能的等）具有多样性，此两者形成的结构也是多样的。一个系统可以同时包含多种不同结构。有的系统只有单一结构，有的系统较复杂，往往同时包含多种结构，既有空间的、时间的，又有功能的以及以功能为基础的“功能—时间—空间”结构。人是世界上最复杂的系统，在整体上是以功能为基础的“功能—时间—空间”结构，同时又包含着较典型的时间结构(如生物钟)、空间结构(如解剖形态)、功能结构(如各种“功能轴”)等。这些新认识更符合人的结构与功能关系的复杂情况。
中西医结合研究要在“辨证”与“辨病”相统一上有所突破，就要接受并掌握现代科学的新理论，更深入地研究和理解人的结构与功能的复杂关系。
人身体中存在多个复杂的功能子系统，如五脏、经络等，这些系统都是非实体性存在。系统科学强调，对于“系统”的理解，要从根本上冲破机械论仅把系统理解为“硬邦邦”的实体性结构的观点，充分认识和理解“软”系统的客观存在，这种系统是由非实体性的“软”要素组成的，其结构和“组分”是“软”(无实体形态)的。非实体系统的突出特点不具有解剖学特征。它可以是一个独立的系统，也可以是母系统中的一个子系统，这种子系统具有相对独立性，但不能用解剖的方法把它从母系统中分割出来单独研究，故也称“概念性单元”。
以功能为基础发展新的病理研究
疾病在本质上首先是功能性的
这里讲“本质”，是指从人病变的全局、发病的基本规律而言，不是指在每一具体情况下。所谓“首先是”，是从发生学的观点看病变的全过程，相对于器质性病变而言，功能性病变处于先驱的地位。（见下图）
功能性原理强调：器质性病变只是人的多种病变中的一大类，是功能A异常发展到特定阶段或被外因所乘的产物或表现。
学界在处理功能性病变与器质性病变关系时面临的各种困难，很大程度上是受解剖学局限所致。按解剖学观点来理解人的结构，及结构与机能的关系，从结构解释功能，忽视甚至无视结构内在的发生学过程；按病理解剖的观点理解人病变的本质，及器质性病变与功能异常的关系，从器质性病变解释功能性病变，忽视甚至无视器质性病变的功能异常基础，其结果，必然是忽视甚至无视器质性病变之外的功能性病变的存在，不能全面深入地认识功能性病变与器质性病变的辩证关系。
要克服这种困难，必须冲破解剖学的局限，走向解剖学之外。器质性病变是一种真实的客观存在，把它“化解”为功能性病变是不应该的。非器质性、功能性病变同样是客观存在的，将其归结为器质性病变亦属不当。“把不同性质、不同类别的疾病统一到一种更为宽广的认识视野内，将西医以器质性病变为主的病理学与中医以功能性病变为主的病理学统一起来，发展为更加完备的新的病理学”是未来病理学研究的方向。一是要研究器质性病变的发生学过程，二是要研究“功能A”异常的具体内容，三是要研究“功能A”怎样引起器质性病变，四是要研究“功能A”与外来因素对器质性病变的作用关系，五是要研究“功能A”异常的基础和机制。此外，还需要向“器质性病变之外”开拓，因为非器质性病变更加普遍，如人的系统质异常、功能子系统的功能异常、相互关系或关系网异常、时间型结构的异常、“亚病态”或“未病态”、心理性病变等。
中医病理研究的特色和不足
中医对病的研究以临床为基础，其视野焦点是临床证候，不是人的解剖形态和器质性改变；其视界从未病到已病，从非器质性疾病到器质性疾病，从“功能A”异常到“功能B”异常，较为广泛地反映了临床所见疾病的各个方面。其不足在于未能对认知作细致梳理，以揭示这些病变过程的具体机制和相互关系的各种细节。辨证论治所辨的各种“证”，如实地反映了中医的认识视野的特征。
西医病理研究的特色和不足
西医病理学的研究以解剖学为基础，以生理生化知识为支柱，其视野的焦点是解剖结构的器质性病变和物质成分改变，以器质性病变为中心展开对疾病的认识，从“结构决定功能，功能反作用于结构”的观点来解释器质性病变与功能性病变的关系；其视界主要集中于器质性病变和由其引起的“功能B”异常，以及可从这种关系解释的一些病变。
扩大病理研究的视界
新的病理研究的视野应当更加完备，聚焦于功能性病变与器质性病变的相互关系上，或放到功能性异常上，把结构性、器质性病变理解为功能异常发展到一定阶段的产物。其视界当以人的正常生命活动为“起点”，以病变的各种临床表现为“终点”，把“起点”与“终点”之间发生的各种异常变化都收入眼中，如实地把病变视作一种由内在机制和规律支配着的“过程流”，从病变的“全程”进行考察和调节，而不是把病变理解为由外来作用造成的一种偶然伤害事件，孤立地对其进行处理。
把中医之“证”与西医之“病”统一到新的视野中
这种新研究所要解决的一个重大问题，是如何正确理解中医之“证”与西医之“病”的关系，将两者统一到新视野中。
实践证明，“辨证”与“辨病”的统一，绝不可能在中医和西医现有的病理观点和病理知识的基础上直接实现，也绝不可能把中医之“证”与西医之“病”一一对应地“结合”起来。需要发展新的研究，全面揭示人的功能性病变与器质性病变的复杂情况，形成一种更加完备的疾病图景。在那里，“证”有自己独立的特性和位置，“病”有自己独立的特性和位置，“证”与“病”的差异客观地显示出来，“证”与“病”的各种联系也揭示出来。
这种新研究的理论成果必然建立起新病理学，把“证”的特定性、“病”的特定性、“证”与“病”之间的差异、“证”与“病”之间的联系，以及对于“证”和“病”之外的许多新认识，都统一到新的病理理论体系中。(祝世讷 马淑然 薛公佑)
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