然而正是宗教权力的高度发展，而使中世纪时期宗教音乐与世俗音乐之间产生了一种微妙的关系。上文中已经提及基督教对西方音乐的高度重视，而正是因为宗教权利的高度发展以及基督教对音乐作用的高度重视而使得基督教对音乐的“蛮横垄断”。他们认为音乐必须为宗教服务，为增加宗教情感服务。只有在教堂里才能体会这种教义与神的思想，而没有歌词的音乐是没有作用的，人们听这种音乐所体会的快感是“欲望”作祟。因此，基督教极力反对器乐作品。这样，在某一方面讲，基督教限制了西方音乐的发展。
从文艺复兴时期开始，人们反封建、反宗教思想的斗争四起，人文主义思想要求各类艺术形式反映人的感情而不仅仅是传递宗教情感的媒介。人们开始怀疑“永生”的说法，反对“来世”“禁欲”“神秘”，提倡冒险与探索。开始致力于科学研究，牵起了“文艺”高潮，对世俗音乐的发展起到了推波助澜的作用。
当教会音乐发展到巴洛克时期，教会音乐与世俗音乐间的关系有了天翻地覆的变化，虽然教会音乐仍然处于统治地位，但是，世俗音乐对基督教音乐的影响在这一时期才是最为重要的历史现象。社会发展到此时，“教会”已经无法再掩饰音乐自身的美。人们对音乐抒发情感以及音乐的娱乐性有了高度的认识。世俗音乐的发展壮大使得教士们恐慌不已，可是却无法阻挡世俗音乐发展洪流的侵蚀。这一时期的教会音乐更多的朝宗教音乐方向发展而非礼仪音乐（礼仪音乐是指与教会礼仪密切联系的圣乐，宗教音乐泛指具有宗教情感的音乐）。
但是，即便是宗教音乐也赋予了时代感与世俗情怀。例如：亨德尔的清唱剧《弥赛亚》，体现了作者极为虔诚的宗教情感，体现他对救世主的渴望与赞扬。但是同样的，在他的作品中无处不见亨德尔的个人情感，《哈利路亚》大合唱正是体现了英国民众的斗争以及与自身命运的抗衡。另外，巴洛克时期已经涌现了众多的非宗教音乐家，并且很多的作曲家致力于世俗音乐的创作。例如亨德尔就从未为教会礼仪作过曲。这一时期欧洲宫廷几乎成了音乐文化的中心，当时，几乎清一色的是宫廷音乐。著名的德国作曲家巴赫就曾受雇于德国爱森纳赫城。这一时期，各种音乐的陈述形式一涌而出，音乐的创作技巧也从原先的教会调式转变为调性、和声取代了对位法。
总之，自巴洛克时期开始世俗音乐已经进入了蓬勃发展的时期，它不仅与教会音乐分庭抗礼，并逐渐的占据了主流位置。随着时间的推移，教会音乐与世俗音乐在不停息的相互倚靠、相互制约的发展着。当音乐发展至古典主义、浪漫主义时期时，世俗音乐发展的更为迅速，各种表达方式、创作手法层出不穷，音乐的情感表现力成为西方音乐乃至所有音乐的灵魂。
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