在植物学研究中，暗环境的根部生长在形态学，遗传学，生理学研究中都有着重要作用。今天我们介绍一下如何利用图像处理插件进行根部形态学分析。
SmartRoot是一个半自动化的图像分析软件，它简化了复杂根系的根系生长和结构的量化。该软件将根系对象的矢量表示与强大的跟踪算法相结合，可适应各种图像来源和质量。该软件支持对根系图像进行基于采样的分析，用户可根据具体的研究要求选择有限的根进行详细的信息采集。SmartRoot是一个独立于操作系统的免费软件，基于ImageJ，采用跨平台标准（XML、SQL、Java）与数据分析软件进行通信。要求电脑Java 1.5或以上，ImageJ 1.44或更高，至少1024M的内存
SmartRoot功能特点
可测参数
根长根部直径
根部插入角横向密度
各支间距离增长
根部方向
操作系统
windows, mac, linux
是否需要注册
免费
自动程度
半自动
植物材料要求
幼苗或成熟植株
导出格式
sql, csv
具体操作方法如下
首先电脑需要安装imageJ和SmartRoot插件https://smartroot.github.io/SmartRoot-Installation/。接下来，按照实验要求在平面培养基上培养幼苗根部。
例：
（来自https://bio-protocol.org/e1460）
之后，使用扫描仪扫描平板，并转换成黑白图片。如下图。
黑白图片
之后打开imageJ，在Plugin中找到SmartRoot-SR explorer。
打开想要分析的图片。此时回到主界面发现多了四个选项，分别是主根，侧根，标记，添加标定点选项
选择第一个工具可以开始手动选择你的主根，也可以按住Alt让软件自动选择。注意，图片要放大足够倍数才能选择上并且给跟进行命名。
在主根上右键，Find laterals功能可以帮你找到其他侧根。
得到结果需要手动进行修改。
之后回到SR explorer界面，可以找到你所命名的根及其数据。
数据可以根据需要进行导出不同格式。
参考文献
1.Guillaume Lobet,Loïc Pagès and Xavier Draye. A Novel Image Analysis Toolbox EnablingQuantitative Analysis of Root System Architecture. 2011 Plant Physiology, Vol.157
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