汉元帝时，把政事交给石显，石显因此得势。
石显善于探察汉元帝的心思，十分狡诈，以权谋私，结党营私，与萧望之对立。
石显等人诬陷萧望之，要求进入案件审理流程，汉元帝当时还不知道这就是逮捕的意思，就直接接纳了石显等人的上奏。后来有人告诉汉元帝，萧望之已经入狱，汉元帝大惊，就责问石显等人，放了萧望之。
汉元帝十分器重萧望之，石显等人则公开站在萧望之的对立面，又开始诽谤萧望之，请求再次逮捕萧望之。萧望之的门生劝他自尽，萧望之服毒自尽。
汉元帝听说之后，饭也不吃了，痛哭不止，又把石显等人找来责问，石显等人谢罪不迭，但过后也就不了了之了。
石显等人又开始诬陷周堪等人。汉元帝本来很器重周堪，这下难以决断。杨兴平时总是夸奖周堪，于是汉元帝就去询问杨兴。但杨兴也是个投机的人，误以为汉元帝对周堪不满，就开始说周堪的坏话。汉元帝于是对开始怀疑周堪，最后将周堪降级。
之后，汉元帝又觉得周堪、张猛被冤枉了，又重新任命了二人。但二人仍不能摆脱石显势力的控制，最后周堪病死，张猛自杀。
汉元帝喜欢修改汉宣帝的政策，匡衡上书劝谏。
京房建议设立官员考核制度，很多大臣认为这样会造成互相监督，但汉元帝认为可行。
一次，京房问汉元帝，周幽王、周厉王为什么会做错事？汉元帝说，他们使用了奸臣。京房又问，为什么使用奸臣呢？汉元帝说，是因为认为奸臣有才能。京房又问，那我们今天怎么会知道那些人是奸臣呢？汉元帝说，现在我们看到当时局势混乱，就会判断出来。京房又问，齐桓公、秦二世也知道周幽王、周厉王的事，但他们自己为什么也不能避免呢？汉元帝说，这需要君王能通过历史看到未来。京房听了就跪下说，陛下登基以来，局势逐渐混乱，您看现在是治世还是乱世？汉元帝说，已经很乱了。京房又问，那您现在用的是什么样的人？汉元帝说，这些人不错啊。京房说，前面说过的那些君王，也是这么想的。汉元帝沉默了半天，问，现在的奸臣是谁？京房说，您应该知道。汉元帝说不知道。京房说，就是您最信任的人，掌握大权的人。汉元帝说，我明白你说的是谁。但汉元帝却无所行为。
石显等人嫉恨京房，建议把京房调出京城，汉元帝竟同意了。京房仍不断上书，规劝汉元帝。
不久，京房竟被收押入监，最后被处死。
石显威势更加强大，大臣们十分惧怕。石显与牢梁、五鹿充宗狼狈为奸，依附他们的人都得到了官位。百姓为此编成了歌谣：“牢家人！石家人！五鹿家人！官印不绝，绶带不断！”
石显深怕有人控告自己，积极向汉元帝表白自己。而汉元帝不仅把举报奏折给石显看，还重重赏赐石显，赏赐加上石显接受的贿赂加起来上亿。民间传说石显杀死了萧望之，于是石显收买大臣，为自己制造舆论。
匈奴郅支单于十分狂妄，甘延寿、陈汤将其剿灭，上书称：“明犯强汉者，虽远必诛！”
匈奴呼韩邪单于表示愿意做汉朝的女婿，汉元帝把王嫱（王昭君）赐给了他。
汉元帝喜欢刘康，常想改立刘康为太子。汉元帝喜欢音乐，有时把鼓放在大殿下面，自己从楼上投掷铜球击鼓，也能敲出节奏，而周围的人都做不到，只有刘康能做到。于是汉元帝就夸奖刘康有才能。史丹对汉元帝说，才能是指聪明好学、善于领会，如果用音乐才能去考量人，那么那些乐师就可以去管理国事了。汉元帝听了，尴尬地笑了。
汉元帝病重的时候，仍想改立刘康为太子，史丹流泪叩头劝谏，终于感动了汉元帝，太子的位置才算稳定下来。
汉元帝去世后，太子即位，就是汉成帝。
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