北平，一座风华绝代的城，在古今更替的节点处，充满了黑暗血腥的厮杀，莺歌燕舞的旖旎，风波诡谲的变幻，小小北平少年因一场变故，成长为一个，战斗值爆表，国际范加身的英雄，再回故土，临近七七事变的爆发，形形色色的人穿梭在北平城里，明枪暗箭扑面而来，《邪不压正》的故事开始拉开序幕。
在黑暗时代的夜里，一切显得更加幽诲，一场中国人与日本人的对话，在静谧雪地里布满阴谋和诡异，朱潜龙(廖凡饰演）与根本一郎，正在做一场叛家叛国的交易，此时朱潜龙的师父，在大堂里高坐，忙着促成小徒弟李天然，和自己女儿的婚事。
本是良辰美景结良缘的时刻，朱潜龙和根本一郎两个不速之客，将夜晚的黑暗带进明亮的大堂里，他表明来意，希望师父让出地盘来，为日本人种植鸦片，师父听见如此大逆不道的话，愤然拒绝，紧接着迎来的，就是一连串刺耳血腥的枪声，本还在其乐融融谈话的一家人，此刻都已变成了冰冷的尸体。
只剩李天然一人还在挣扎，然而令人没想到的是，在这命悬一线的时刻，李天然竟然可以躲开，连发如闪电，并且直击面门的子弹，但手无寸铁终究无法反转，被打中背部之后的李天然，和师父一家的尸体躺在一处，朱潜龙一把火放完，信步离去。
美国医生亨德勒，开车经过雪地时，一个耀眼的火人出现在了他的面前，李天然背部受火，一双眼里满是怨气，停在车前不愿离去，他在求救。
1937年初 美国纽约，长大后的李天然(彭于晏饰演），正迎着安宁的阳光和轻柔的风慢跑，那些线条中间都攒着露水般晶莹的汗水，不时发出有频有率的喘息，这让男人女人都无法拒绝的完美体格，是英雄形象的标配，等了这许多年，他终于接到受命，带着接应接头人的暗语，重回北平。
“七七事变”之前，这座文化之都，早已经不复当年的繁华安宁，在这暗无天日的年代，北平城内鱼龙混杂，黑白颠倒，日本人、法国人、美国人，都在这片土地上谋取利益，就连许多麻木的中国人，都走上叛国通敌的汉奸之路，而这时的朱潜龙，已经成为了北平警察局的局长，权势滔天，身后又有日本人在暗中相助，一时间风光无比。
李天然回国后，化名小亨德勒医生，身份为一名妇产科大夫，他与亨德勒爸爸，住在前朝武人蓝青峰(姜文饰演）的宅子里，在此期间，他见到了由许晴扮演的唐凤仪，这是一个颠覆了传统女性标准的女人，她姿态美艳，明晃晃地展示着前凸后翘的身形，旗袍下的秀腿裸露出来，话语中带着十足的调情，这是个风情万千的女人，并且有点婀娜得放肆了，她的来意，是寻求不会让美人衰老的美颜针，针要打在臀上，她就享受这种抚摸和针效，放浪无比。
而就是这样的女人，正合了朱潜龙的胃口，她是朱潜龙的小老婆，李天然找到了一个中间人，与此同时，李天然的行迹也已经引起朱潜龙的怀疑，朱潜龙暗中与蓝青峰做了个交易，他要李天然的命，而蓝青峰则要根本一郎的命。
同样怀有复仇之心的关巧红，(由周韵饰演)，与李天然在一个误会下相识，她与唐凤仪不同，她心中装有大义，有一股隐隐约约的英气，但同时又带着传统女性温淑，有种刚柔并济的魅力。
在关巧红的怂恿下，李天然闯进根本一郎的学堂，偷出他的印章和佩剑，并将印章印在了唐凤仪的臀上，这是赤裸裸地发出挑战，朱潜龙看见后大发雷霆，却不料唐凤仪咬死不说章印从何而来。
随即他在法国餐厅组了个宴席，想邀李天然入局，但亨德勒为了保住自己的养子，并未带其出席，朱潜龙由此心生不满，对亨德勒起了杀心，谁知李天然竟已悄悄混入法国餐厅，试图杀死朱潜龙，亨德勒发现后急中生智，让餐厅中的法国人介入，导致宴席极其混乱不堪，在这样的场面下，父子俩才有一线生机，逃出生天。
然而，早在朱潜龙准备动手之前，蓝青峰就已经再次和根本一郎做了交易，在蓝青峰杀死亨德勒后，根本一郎会提供投降日本的汉奸名单，宴席结束后，心有余悸的亨德勒正好去找蓝青峰理论，但蓝青峰反手一推，将其掀下城楼，兑现了他对朱潜龙的承诺，并伪造了亨德勒畏罪自杀的证据，把自己摘得干干净净。
紧接着，他说出了当年他和亨德勒一起救人的事实，让李天然认自己为父，亨德勒的死将影片推向了高潮，在亨德勒去世之后，李天然听命于蓝青峰，他被派去钟楼上敲钟，目的是藏身于此处，避免受到朱潜龙的迫害。
有了几次三番的挑衅，朱潜龙加大了搜寻力度，他将蓝青峰软禁起来，逼问李天然的下落，李天然得知消息后，去蓝府打探，这时蓝青峰暗示他转移朱潜龙的注意力，自己好想办法脱身，从蓝府离开后，李天然径直奔向了日本的鸦片库，一把大火点起，顷刻之间，大批的鸦片消失在火光里，这下根本一郎与李天然的矛盾达到了极点。
根本一郎与朱潜龙联合起来，把不肯亮底牌的蓝青峰关进一片漆黑的墙洞里，五天之后，蓝青峰见情势已经没有转机，终于决定来个鱼死网破，他将李天然这个最后的筹码给赌上，和朱潜龙、根本一郎共同设局，准备一场精心策划的谋杀，他负责带李天然去北海琼岛，而为了让其相信这不是个陷阱，他要求朱潜龙和根本一郎撤掉一部分人马，这样的做法，看似在为他们二人精心布局，实则是在给自己留下机会，突破口。
就在朱潜龙人马遣散的几个地方，蓝青峰转而把自己的人，安排在那里，朱潜龙告诉了唐凤仪自己的计划，本是想给她示威，但对李天然暗生情愫的唐凤仪选择将消息传递给关巧红，让她前去解救李天然。
在去往北海的路上，蓝青峰选择摊牌，把出卖李天然的事告知了他，李天然知晓计划的原委后，明白这是一场真正的厮杀，胸怀复仇之心的他，此刻的已经不再动摇，他决定与那两个逍遥法外的恶人正面决斗，恰好，关巧红骑的摩托车赶上了蓝青峰的车，蓝青峰趁此机会把李天然放走，自己和其他人手留下来对付朱潜龙。
关巧红将李天然送到了根本一郎的府邸，向其发出决斗战书，选择留在琼岛的蓝青峰则被朱潜龙给抓住，被带回去之后，他受到了严酷的刑罚，惨不忍睹。
收到战书的根本一郎如约赴战，他本以为可以一刀解决这个年轻人，谁知根本一郎早已经不是李天然的对手，他被其打伤，口中还不放弃地念叨着援军的名字，李天然恍然大悟，自己中了日本人的圈套，但随即，他听到了不远处传来的日军哀嚎，原来，关巧红早已经埋伏在远处，与自己的手下，击毙了这群援军。
受了重伤的根本一郎被李天然带回府邸，李天然设了个局，正等待第二个仇人的到来，此时朱潜龙正在对蓝青峰疯狂拔牙，他准备联系根本一郎，询问那边的消息，谁知电话那头传来的答音，只有一句重复的摩西摩西，朱潜龙无奈之际，决定亲自去一趟根本府，临走之前还不忘吩咐，把蓝青峰的牙给拔干净。
到了根本府后，迎接他的，是穿着日本大褂的李天然，他俩本是师出同门，如今，却要用相同的招式决一死战，他们打了无数回合，一直决不出胜负，两人一同长大，一招一式全在一块练，如同照镜子一般，根本找不出对方的破绽，于是两个人都选择用招数以外的方式决斗，朱潜龙本来占了上风，但李天然在生死之际，踩蹋了房顶，与朱潜龙共同跌落在地。
而此时的根本一郎已经拿起剑站在他的面前，准备一刀刺死李天然，身形敏捷的李天然在刀锋即将入心之前，闪身躲过，那把锋利的日本刀，最终插在了朱潜龙的身上。
事成之后，李天然从朱潜龙的口中知晓，蓝青峰杀死亨德勒的真相，他是疑惑不解的，但最后，接住自己那句暗语的，结果是蓝青峰，他们的终极任务，就是要拯救能够扭转局面的张将军，而这位张将军，指的其实就是张自忠。
《邪不压正》不像其他历史体裁那样严肃，整体基调是幽默诙谐的，演员的台词功力都很强，能够将许多隐藏的含义给暗示出来，引人深思，姜文式的电影，需要慢慢品味，整个故事脉络看起来好像是李天然的复仇，其实远不止如此，影片蕴含了很多更加深刻的含义，蓝青峰被关在墙洞中时说过一句话：这么黑，我哪知道，哪天是哪天，在这里，我们已经体会到，故事发生的背景，是怎样一个昏暗无明的社会。
从朱潜龙杀死养育自己的师父开始，我们就能看出，在那个暗黑时代，人心已经被蒙蔽，朱潜龙选择将自己的良知摒弃，要在这乱世中闯出一番天地，这从侧面反映了，其实寻常百姓的生活是百般痛苦的，吃不饱穿不暖，不断遭到列强和政府的欺压，整个国家都是一派民不聊生的景象。
影片中的人物形象很饱满，比如蓝青峰，他为了自己的利益，几次三番出卖自己人，但他的两个儿子皆为国牺牲，自己也在暗中追查投降的汉奸，并拼死保护可以和日军抗衡的张将军，所以他是一个既自私又伟大的人，没有好坏之分，还原了真实的人性，蓝青峰的历史原型，其实是电影原版小说作者的父亲，张子奇，张子奇曾到过日本俄国考察，武昌起义时，刚刚十六岁的他跟着阎锡山闹革命，1993年，担任冯玉祥察哈尔抗日同盟军的交际处处长，解放前又曾任天津电话局局长和副市长，但不管是在历史上还是电影里，他都是一个争议很大的复杂人物。
再来看看女性人物，唐凤仪生在乱世，唯一能依靠的只有朱潜龙，但作为小老婆的她，无法决定自己生命的去留，她不断地打针，想要留住青春美貌，早日成为正房，这样就可以逃脱陪葬的命运，在打针的过程中，她结识了满身正气的李天然，并芳心暗许，一次次地暗中保护他，奈何李天然心中早已爱上关巧红，拒绝了她一起私奔去大洋洲的邀约，最后，她的命运还是没有办法改变，在朱潜龙死后，她身着单衣，不复当初的美艳，带着满心的绝望，跳下城楼，结束了自己在乱世中的命运，她是一个时代的悲剧，也是战争的牺牲品。
而另一位女性关巧红的历史原型，其实是当年因刺杀孙传芳而名震四方的施剑翘，电影中的关巧红，最后选择放弃与李天然的诚挚爱情，继续背负着复仇的使命，默默离去，，在两位女性角色中，唐凤仪代表了依附，关巧红代表了独立，而对于那个时代的女性来说，这是最难做的选择，因为不管是依附还是独立，都并不是一条好走的路，没有生在正确的时代，幸的也许能存活，但不幸的，也只能做战争的陪葬罢了。
电影接近尾声时，李天然选择宽恕蓝青峰，但蓝青峰却不想再做他的父亲，他说：“你该去找一个自己的儿子了。”这是全片的点睛之笔，李天然的命运，何尝不是那个时代的命运，在清政府的无能统治下，我们的领土任人宰割，对列强的无理要求，只能听之任之。
李天然杀的两个人，一个是汉奸，一个是日本人，这其实是从点及面，暗示的是中华民族，最终会除去汉奸，会打败日本人，会结束列强的侵略，我们凭借自己的努力，建立了一个全新的中国，如今祖国的繁荣富强，已经告诉了世人一个永恒的真理:邪不压正！
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