走进寺院山门，有钟、鼓楼对峙，中轴线之主体建筑依次是大雄宝殿、法堂、大雁塔、玄奘三藏院。钟鼓楼前的高台上，是大慈恩寺的主殿---大雄宝殿。殿内正中供奉的是佛祖的法身像和迦叶、阿难两大弟子。东西两侧供奉有文殊、普贤菩萨像，两侧墙壁上则供奉着十八罗汉像。
大殿后门额上书：天人欢喜，内塑佛祖降生图。传说，太子悉达多从母亲右腋下降生。太子降生即能行走，他向东南西北各走七步，步步生莲，并一手指天，一手指地说：“天上地下，唯我独尊。”时有九条神龙飞至太子头顶，口吐香水，为太子洗浴，诸天护俱来守护。
大雄宝殿的西侧是云水堂，又称众寮，是专门接待四方僧侣云游参学的机构。东侧是客堂，客堂为寺院日常工作的管理中心，负责宾客、居士的接待和各殿堂的管理。
大雄宝殿北面是兜率宫。堂内供奉着一尊阿弥陀佛像，是明代铜铸鎏金佛像，陈列着玄奘供奉的佛座、玄奘负笈图等，藏有玄奘曾翻译的经卷。
在大雄宝殿与藏经楼之间，西配殿依次有先觉堂、示现殿、观音殿，先觉堂为供奉大慈恩寺历代往生住持灵位的场所，示现堂内以天然彩玉雕刻佛祖释迦牟尼弘法利生的一生，观音殿内供奉着千手观音。
东配殿 与西配殿对称布置有伽蓝殿、甘露台、财神殿，伽蓝殿内供奉是福、禄、寿三星，甘露堂是为斋主诵经、祈福、消灾、超度亡者之处，财神殿供的是财神爷。
兜率宫后面，就是大雁塔。大雁塔原称慈恩寺浮图，玄奘法师为了妥善保存从印度带回的大量佛经和佛舍利，于公元652年附图表上奏，经朝廷批准，在大慈恩寺西院，建造5层佛塔。每层皆存舍利，共一万余粒。玄奘法师亲自参加建塔劳动，搬运砖石，历时两年才建成。
