伴腺上皮特征的良性病变
肾源性腺瘤（化生）
肾源性腺瘤（化生）相对并不常见，其形态学表现宽泛。最典型的情况下，为局限于黏膜固有层、类似肾小管的小管。低倍镜下，肾源性腺瘤的结构和透明细胞腺癌结构相同，一般为管状囊性及乳头状结构混杂、伴有靴钉样细胞核，但罕见实性及弥漫性。并无明显细胞核多形性，具体如细胞核增大、深染，核分裂罕见。
透明细胞腺癌与肾源性腺瘤的形态学存在重叠，是诊断困难的原因之一。还有研究发现透明细胞腺癌中部分区域会类似肾源性腺瘤，主要为管状及乳头状结构而并无显著细胞学非典型。这种情况下的鉴别一般是通过检查肿瘤的其他区域、发现透明细胞腺癌的更显著恶性特征来做出。
图7.透明细胞腺癌中，局灶类似肾源性腺瘤，可见弥漫性的细胞核深染表现。
有研究对7例肾源性腺瘤样透明细胞腺癌和12例经典型透明细胞腺癌、10例肾源性腺瘤的组织形态学及免疫组化表现进行了比较，希望可以确定相关诊断标准。肾源性腺瘤样透明细胞腺癌在结构上几乎完全符合肾源性腺瘤，因为整个病变主要为管状、囊性及乳头状结构；但有少部分肾源性腺瘤样透明细胞癌中有局灶的实性区域，且有弥漫靴钉样形态，而这些都不支持肾源性腺瘤的诊断。肾源性腺瘤样透明细胞癌的关键诊断特征是存在细胞学非典型，常表现为弥漫的细胞核深染、增大。免疫组化方面，肾源性腺瘤表达PAX-8heAMACR，不表达尿路上皮标记（GATA-3和p63）。核分裂计数及相应的Ki-67阳性率升高、p53呈克隆性细胞核表达，都可以辅助用于肾源性腺瘤样透明细胞腺癌和肾源性腺瘤的鉴别。
肾源性腺瘤样透明细胞腺癌中的小管内坏死、血管侵犯，也并不是肾源性腺瘤的特征。另一个也有助于鉴别、但一般在切除标本中更为明显的特征，是肾源性腺瘤样透明细胞腺癌会有深部浸润；与此相反，肾源性腺瘤一般仅累及黏膜固有层，罕见情况下会有局灶浅肌层的侵犯。就预后来说，数据表明大部分肾源性腺瘤样透明细胞腺癌预后欠佳，类似经典型透明细胞腺癌。
子宫内膜异位症
宫腔外存在子宫内膜组织的情况罕见，发生于尿道的这种情况发生率不足3%。这类病变中的腺体类似非活动性、或增生性表现的子宫内膜腺体，而间质成分也类似正常子宫内膜间质。累及平滑肌的情况非常常见。免疫组化有助于确定相关组织为子宫内膜异位：上皮成分表达ER、PR、CK7、CA125；间质成分表达CD10，且是特异性的，有助于鉴别诊断。
前驱病变-绒毛状腺瘤
绒毛状腺瘤在膀胱是少见的腺性肿瘤性病变。组织学上，这类病变和发生于结肠者相同，也是假复层柱状排列的产黏液性杯状细胞、呈绒毛状凸起，细胞核拥挤，偶有显著核仁，染色质深染。绒毛状腺瘤一般与恶性肿瘤有关，尤其脐尿管腺癌。不过，单发的绒毛状腺瘤似乎预后极好。该病种免疫组化表达CK7、CK20、CDX2，说明免疫组化在原发绒毛状腺瘤和结直肠腺癌继发累及的鉴别方面作用有限。
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