张家族人生活在关外，蒙古族进入中原后也就是中国的元朝时期是他们活动最少的时期，直到明中期才重新开始出来活动。
张家十分庞大，有极为严格的族规，精通风水以及盗墓，长寿是他们的一个特点。在祖辈的活动中他们发现一个极为重大秘密（长生？），并且守护着这一贯穿中国历代的秘密，而秘密的实际内容只有族长才能知道，选为族长继承人即选为“张起灵”。历任族长都有一个共性：血液极其特殊。这种血液可能是一种隐性遗传，只有少数拥有这种血液且效果强者才能当族长，族长夫人也是如此，为保证家族的体系不被破坏以及隐藏秘密，他们实行族内通婚，使这种血液特性一直遗传下去，但也造成一种遗传性病症——失忆症。
张家世代繁盛强大具有很大的势力，因此会建造家族墓群，这个墓群一向建立在风水极佳之地，且因时势变化大规模迁徙过，为防止盗墓贼进入，保证家族秘密不外泄，他们创造出极为严密的模块式机关随迁徙而将机关整体移走，清晚期时，著名建筑设计工匠家族“样式雷”为张家设计出新的墓葬群即“张家古楼”，张家人把它修建在广西巴乃大山中，里面封存了张家历代祖先的棺材以及时代守护的终极秘密。
在民国中期，正好是中国封建社会彻底分崩离析的时候，各种意识形态的革命兴起，张家随之迅速衰败，有一小支族人离开开始在东北活动，在战争中迁往当时关内盗墓大本营长沙，但是并未带走家族的秘密。就在这一时期，所谓的“老九门”形成，这支分离出来的张家族人后代中的张大佛爷成为老九门之首。
张大佛爷后来进入政界，成为举足轻重的人物，开始想找出张家族人长寿的秘密，开启了“张起灵计划”寻找战乱中不知所踪的张家族长，之后聚集老九门，更强的政界力量暗中参与，在四川四姑娘山开启“史上最大盗墓活动”，但因这股力量领导者身体状况不乐观，未等到成熟时机便急匆匆开启活动，导致活动失败，老九门损失惨重，并且分离成两派，一派质疑张起灵权威性，另一派以霍老太太一门为首力挺张起灵，吴邪爷爷“吴老狗”萌生退意，不想再有人再为无意义的事而死，也支持张起灵，而张起灵在这次活动中受重伤再次失踪。这次活动虽然失败，但在石壁上的洞穴内发现的战国帛书破译出来给后面的活动提供了很多重要线索。
在这次盗墓活动之前，张起灵带着张家守护多年的的秘密出现，张家祖训一直以留存为最大的目标，守住张家群葬以及这个秘密，而这个秘密有个关键的时间节点，现在这个节点到来，张家最后留存的希望即将破灭，张起灵希望借助老九门的义务共同承担这项义务使这个秘密不要被世人发现，但是老九门中没有一个履行誓言，张起灵大概也没准确说明这个秘密，不然张大佛爷也不会想去四川找答案。
在这次“史上最大盗墓活动”后，老九门势力纷纷被削弱，又经历文革等许多事，本以为这股力量已经平息，但没想到这股力量的继承者早已在暗中培养老九门的第二代继续未完的计划，于是产生老九门的第二次集结——张家古楼的送葬（被送的尸体是当初那股政治势力的领者？）。
“张起灵计划”再次挑选出来的张起灵参与进这支伪装的“考古队”。老九门的反击在这次活动中从解九爷奇谋的第一步开始。
进入张家古楼后考古队几乎全军覆没，新的张起灵被强碱粉腐蚀皮肤变成“鬼影”，陈文锦等少数几个在地下勘探幸免于难的人回到地面上被解九的队伍接管（盘马破坏了这支队伍，但是那几个幸免于难的人上岸之后重新回到队伍中，损失的重要成员被替换掉，所以盘马以为考古队“复活”了）。解九的队伍把要下葬的棺木焚烧，铁水封住尸体，毁掉所有资料，带着尸体逃亡，到了长沙求助吴老狗，当时吴三省正假借扩修店铺为名占据南宋皇陵上方的土地，吴老狗顺势买下周边农民房把棺木藏在地下。
解九一方面将队伍化整为零混入领导势力“它”组织内部，破坏相关资料，杀掉或替换关键人员，另一方面想找回失踪的张起灵。这时新组成的假考古队接到西沙命令，真文锦将考古队中假文锦掉包，又找来吴三省一起进入这支假考古队，同时解九爷的内线把在格尔木的张起灵调出疗养院。裘德考从破解战国帛书的大金牙金万堂出拿到部分帛书以及关键信息，并在很多年前骗去吴老狗的帛书，也早已去长沙镖子岭附近进行过一系列的考古活动，解连环为了获得更大的支持联系裘德考获得西沙的资料，也加入考古队。于是这支假队伍中陈文锦、假霍玲、张起灵、吴三省加上后进入的解连环成为接下来故事的主角，其中还暗含一个关键人物齐羽。
解连环一开始对于吴三省的出现很纳闷，所以也混入队伍中，想趁机找人替换掉吴三省，但被吴三省识破，不得已和吴三省合作，两人合谋毁掉组织核心层即张大佛爷后裔。解连环带上吴三省面具，设了一个“吴三省害死解连环”的局，编了一套故事，吴三省用禁婆香迷倒众人，两人设计将所有人送还组织，又运到疗养院，切断疗养院与外界联系。文锦与霍玲等人在此期间运用大量得到的机密信息猜测塔木陀一定是一个关键所在，想办法逃出了疗养院后，无法相信任何人，于是为寻找真相建立录像带机制，开始探秘，吴三省与解连环失去她们消息。这时解连环被追捕，躲在吴三省的铺子地下守护棺木，等待一个日期的来临——组织势力“它”最后一个领导人、知情者的死亡。自此之后，吴三省变成两个人。
文锦一行人发现长白山的线索决定前往，在长白山看到“终极”，在塔木陀经过沼泽、雨林、鸡冠蛇的袭击成功进入西王母国，文锦如自己所说没有随队伍进去，所以没看到最后西王母的主棺室内巨大陨石，霍玲她们或许也没确切找到这里，但在其他地方找到丹药（这些丹药似乎与汪藏海有关，他曾出使西王母国，并且发现古代有长生不死之术，穷极一生想要练出这种丹药，但是并不完善，变成禁婆的西王母便是如此），之后离开，但她们所有人的身体因误食丹药发生奇怪变化，于是回到疗养院，用录像带监视所有人的变化：霍玲不停的梳头，最后尸化成“禁婆”，“吴邪”在地上爬来爬去（“吴邪”难道就是齐羽？但两人相貌为何一模一样？），文锦暂时还没有开始尸化，但是保持青春没有变老。之后“它”的力量慢慢变弱，霍老太太开始受到关于女儿霍玲的录影带，而且知道女儿自从西沙回来之后就变了一个人，其实真霍玲已死，但霍老太太并不知情，这些录像带实际是“它”通过这种方式威胁霍老太太找到真正的张家古楼，即出去水底一小部分外隐藏在大山中真正隐含了张家秘密的那几层，于是霍老太太开始收集“样式雷”设计的张家楼图纸。
张起灵失忆，回到广西巴乃，陈皮阿四发现他把他带回，吴三省与解连环发现他十分惊讶，并且讶异与他尽然没有变老！于是用当年考古队从张家古楼里取出的黑金古刀试探他，发现他完全失忆，吴三省开始调查当年考古队这些人，发现这群神秘的人可以说几乎完全没有背景！
吴三省从吴邪手里发现战国墓地图决定去盗墓，从七星鲁王宫开始，吴三省开始逐步探寻当年组织“它”与考古队的事，他带上了吴邪，表面看是吴邪硬要跟去，但实际上吴三省早已打算在自己无力承担时让吴邪接替他的位置，吴邪从小就被吴三省安排练习当年失踪的齐羽的笔迹、行事技巧，以让吴邪出现后混淆“它”的视线。七星鲁王宫内吴三省、吴邪、张起灵、潘子、大奎一行人遇到胖子，众人七星疑棺上发现鲁殇王借阴兵以及鬼玺的记载，并且在这里第一次见到青铜铃铛。在整个过程中，“闷油瓶”张起灵的血展现神奇的威力，可以让一切尸蹩虫子落荒而逃，可以命令一具粽子立即离开，而吴邪不知是误食尸体腰带上一片印有“阴西宝帝”的甲片还是怎样竟然也获得和小哥相似的“麒麟血”。吴三省时时事事对闷油瓶保持戒心，并且怀疑闷油瓶在脱离队伍的过程中早已自己开过主棺。吴邪在裘德考先前队伍中一个死去美国人皮带钢印上发现数字：02200059，打开墓中拿出的紫金盒子，得到第一条蛇眉铜鱼。
这个鲁殇王当时是盗墓的，从一些古墓中以及手下铁面书生处得知一些长生不老之术，于是修建了这坐陵墓，让自己躺进玉佣等待新生，而铁面书生明显是个厉害角色，他把鲁殇王拖出，自己进入了玉俑。青铜铃铛应该也是与当时一些祭祀或信仰崇拜有关，之后许多墓葬中都有出现。紫金盒子中蛇眉铜鱼的出现说明汪藏海曾到过这个墓，并在铜鱼上留下一些想让后人看到的关于一个古老秘密的亲身经历。裘德考的02200059是从战国帛书上破译出，并作为自己公司的注册号，显然，裘德考也暗中受“它”的影响了解许多资料，但他只是知道这些地方有东西，却不知到底是什么。
到了怒海潜沙篇，阿宁所在的裘德考公司再次根据资料去西沙考古兼盗墓，并骗去吴邪胖子闷油瓶一行人，吴邪见到当年“吴三省杀死解连环”的骗局，但并不知真相，闷油瓶的记忆开始恢复，想起当年第一次下西沙海底的事，但他所见到的也只是个骗局。西沙海底墓是元末明初汪藏海的墓穴，这里，吴邪拿到第二条蛇眉铜鱼，并从壁画中发现长白山云顶天宫的存在。真正的谜团开始发展。
第三卷秦岭神木其实是与整体没有太大关联的一个故事，不过它使吴邪的能力又有进一步的锻炼，并且青铜铃铛再次出现与青铜神树相互佐证。
长白山，云顶天宫。吴邪确实引起了“它”以及裘德考的注意，来到长白山，同行的还有胖子、闷油瓶、潘子、以及得到消息混入队伍的陈皮阿四一行人。吴邪一心要救三叔，路上遇到阿宁队伍，变暗中开始比速度。他们进入一个遇到“尸胎”进入汪藏海设计的“假地宫”中，从壁画上获得万奴王与汪藏海被迫到此完善云顶天宫的信息，从陈皮阿四得到的第三条蛇眉铜鱼上获得汪藏海想让后世知道的信息，之后又陷于奇门遁甲，遇蚰蜒、人面鸟身的怪鸟，历经辛苦救到三叔，吴邪、胖子终于见到长白山底，号角声响，巨大的青铜门开启，张起灵对他们一笑，混于阴兵进入青铜门内，就在那扇青铜门后，就是他所要守护的“终极”……
从云顶天宫回来后，三叔住院，这个过程中吴邪开始整理思路：汪藏海是明朝时期官员，懂风水盗墓之事，且极善于建筑机关的设计。在进入鲁殇王墓、长白山修筑云顶天宫、出使西王母国等过程中，他逐渐了解许多长生不老之事，并终极一生想要练出此丹药，但并未成功，他把这些经历部分刻在三条蛇眉铜鱼上放在三个地方，留给世人。三叔醒后，吴邪问所有事情真相，三叔不想让吴邪卷入整件事情中受到伤害，于是继续用谎言欺骗他。这时，从格尔木寄来两盘录像带，收件人吴邪，三叔在录像带中惊讶发现：“霍玲”也没老！
同时，阿宁也收到录影带，她到杭州找到吴邪给他看，带子里，“吴邪”在“爬”。之后，三叔也收到带子，吴邪拆开带子发现疗养院地址及钥匙，此时，三方都有了进一步消息，分头开始行动。
吴邪在疗养院内找到文锦笔记，笔记中刻意提到“塔木陀”，让吴邪去找，吴邪不走运遇到尸化成禁婆的霍玲，被看似是阿宁队伍实则与吴三省一伙儿的闷油瓶和黑眼睛救出，进入阿宁队伍，一起向蛇沼鬼城——塔木陀西王母国进发。
他们找到当年带文锦队伍进入塔木陀的向领定主卓玛，再走当年的路线。可是中途在魔鬼城阿宁队伍遭到变故，吴邪与阿宁只能在胖子、小哥、潘子的帮助下脱险进入西王母国范围的雨林与三叔队伍汇合，吴邪看到三叔的录像带里，传出青铜门打开之前的号角声……这期间生出许多变故，他们遇到长满头发的人头祭祀陶罐、红色鸡冠蛇，阿宁死了，鸡冠蛇学潘子说话叫“小三爷”将吴邪引入陷阱，三叔队伍受重创而且三叔渐渐放弃产业临时找来的这队人人心不稳，文锦与闷油瓶早就计谋好一切并在最后关键时候与三叔相聚，文锦害怕“它”混在这支队伍中，因为“它”把原应寄给裘德考的带子寄给了吴邪，而阿宁收到的带子实际上是闷油瓶和三叔设的一个局，把闷油瓶的转寄给阿宁。闷油瓶循着自己上一次进入的记号，带领一行人终于来到西王母的炼丹室，见到全是坑道的巨大陨石，以及坐化的西王母。坑道太窄且滑，只有文锦和闷油瓶能进得去，文锦临进前，脸色有些怪，笑了一下进去，再也没回来，闷油瓶（此时并未恢复全部记忆）急忙追进去，几天后独自出来，目光呆滞，只是一直重复：“没有时间了。”此时，陨洞中露出一张苍白的脸，那是在旁边椅子上坐化的西王母。
回到杭州，吴邪收到“三叔”的信，告诉吴邪全部事实（其实还是夹杂不能告诉的谎言），至此，一切全部迷海归巢。
闷油瓶再次失忆了。上一次失忆被陈皮阿四找到，历经这一切到西王母陨石洞，他找回一切记忆，却因震惊、惊恐再次失忆。吴邪和胖子并不了解其中延续几十年复杂的关系，他们俩决定帮闷油瓶找回记忆。
三人来到广西巴乃，找到了闷油瓶当初住的屋子，失去记忆的闷油瓶凭感觉拉出床底铁块并直觉很危险。此时村中与当年考古队有关的盘马等人暗中破坏不让他们继续接近真相。三人找到考古队当年踪迹，逼问盘马老爹得知考古队被盘马等人因一时贪欲全杀了扔到湖中，第二天这些人却奇迹复活，身上带有一种奇怪味道，跟这队人从湖底捞出的铁块味道一样，盘马很害怕，把这种味道称为“死人的味道”，闷油瓶身上也有这种味道，盘马告诉吴邪，总有一天他会被闷油瓶害死。
实际上，这只考古队就是当年要进张家古楼送葬的那一批人，文锦、闷油瓶幸免于难活下来，其他人被掉包。盘马身上有和闷油瓶一样的麒麟纹身，据说这是一种苗寨的纹身，且是一种植物汁液纹出，只有体温超过一定高度才会显现。
吴邪和闷油瓶从湖底打捞出很多东西，之后进入湖底，发现水下的张家楼——阴山古楼，三人相继莫名其妙昏迷进入一个密封的山洞。很快，他们发现周围的石壁是玉璧，里面竟有人影，并且一天天向他们靠近，终于人影破壁而出，闷油瓶和胖子拼死给吴邪开出一条生路，闷油瓶昏倒前让吴邪自己逃生，跟吴邪说，我们两个出不去了。幸好，我没害死你。（题外话：当初看到这句都要哭了！！！）吴邪最终拖着两个人走出大山，遇到裘德考队伍，胖子和闷油瓶获救。
邛笼石影。
胖子带失忆的小哥回北京,吴邪回到杭州继续调查小哥身世，方向转向研究所档案。吴邪通过朋友在一所大学考古研究所内存放50年前档案的档案室上发现一个封条，上面写着“一九九零年七月六日，XX大学考古研究所封”，吴邪惊讶那竟然是自己的笔记，（三叔曾说：对于我，一切都结束了，但对你来说，其实什么都没有开始。）吴邪设想当初进来的人确是自己，按自己的习惯复原当初在此翻档案的情形，真的找到重要资料，其中夹杂“样式雷”图纸。霍老太太见到这张图纸执意买下，两人相约新月饭店。接下来，吴邪、胖子、张起灵三人大闹新月饭店，小花出场。
霍老太太与吴邪交换信息，得知女儿早已死去，便想去张家古楼找出秘密，逼这些年在背后推动这股势力的领导者现身，霍老太太认出了张起灵，震惊而跪而吴邪等人也知道了张家古楼确实是张起灵家族墓群，于是加上小花，三方合作，分两队前往四川、广西合作解开进入古楼的机关。吴邪与小花一队前往四川，在石洞中逐步打开机关，把信息传往广西，可当广西张起灵霍老太太一行人进入最后一道机关，吴邪小花发现传过去的最后一道机关密码错误，广西陷入危险境地。吴邪决意召集人马去营救，不得已戴上三叔的面具。
此时，三叔的生意已经面临崩溃，吴邪假扮三叔十分艰难召集起一支新队伍，众人前往广西，潘子、小花、秀秀一起跟随。
救出胖子后，胖子叙述当时经过：小哥突然消失，霍老太太等人全部跟着去了，胖子一个人进入诡异境地，进入一个山洞，从湖底镜子里看到小哥一行人已进入张家古楼，胖子自己逃了出来，并感觉这里与当初在西沙时状况十分相似。
当年进入张家古楼幸运逃出的“张起灵”因强碱腐蚀身体变成一个“鬼影”，他告诉眼前这个吴邪假扮的吴三省进入古楼的通道，关于小哥的纹身其实是一副地图，这里就是古时候的瑶国古道。吴邪和胖子救出小哥，潘子为救吴邪牺牲。出来后胖子因云彩死去十分悲痛，留在了巴乃，小哥说想到处去走走，吴邪带着三叔的面具回到了杭州三叔家里。
在三叔家，吴邪从三叔家地底下发现神秘人，而这个人就是解连环，也知道了当年爷爷在三叔铺子地下埋棺材的真相，这么多年来出现在自己眼前的三叔其实是真三叔和解连环两个人，解连环告诉了吴邪当年考古队掉包的真相以及自己与解连环在西沙设的局，很快这股背后势力的最后一个领导者即真正知情者就要死了，这个秘密终于可以结束，这也是文锦她们一直说没有时间了的原因，明天附近这一片土地就要实行爆破，那具当初想要送进张家古楼的棺材就会被毁掉，没有人会再知道这个秘密。
事情终于结束了，吴邪恢复到正常的生活，胖子在巴乃精神状态也好多了，闷油瓶来到杭州跟吴邪告别，说自己已经恢复记忆，现在要去做一件必须做的事。吴邪想方设法追到长白山想拦住他，但事情是无法改变的，闷油瓶向吴邪讲述自己聚集老九门力量想守护张家时代守护的秘密的事，在这个约定中，老九门必须轮流进入长白山底下青铜门内守护十年，张家所想守护的秘密核心就在青铜门后，但是最后没人遵守，现在这个秘密到了重要的时间节点，这就是闷油瓶自己所说的“没有时间了”，闷油瓶是张家最后的张起灵，他必须进入那道门内履行自己的职责。
吴邪问：“按照约定，现在应该轮到谁？”张起灵：“你。”
张起灵把两只鬼玺一只给了吴邪，说，如果十年后你还记得我，就拿着它回来，我会在这道青铜门后等你……
（录像带中的“吴邪”到底是谁？吴邪的血是怎么回事？那个“终极”是长生不死？）
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