宋宁宗死于1224年，无嗣，史弥远拥立宗室赵昀继位，是为宋理宗。史弥远仍然专权，直至他于1233年病死。史弥远死后，理宗大杀其余党，南宋政治有所改善。此时蒙古与南宋联盟伐金，要瓜分其地盘，按规矩是得即有之。南宋的军力太弱，虽然面对垂亡的金国，还是不能摧枯拉朽。结果金亡时，河、淮间的土地尽为蒙古所占，南宋只得淮河北岸的少数州县。此时蒙古人的注意力还不在南方，所以灭金以后将主力移到黄河北岸避夏，河南的地盘则由降附的金将守备。
宋理宗现在面对着一个远比金国强大的外敌，自觉保守联盟坐以待毙是不明智的，于是决定趁着蒙军北撤之机夺取河南地，然后据守潼关到黄河一线与蒙古做长期对峙。这也就是金国最后的防御战略。宋廷于1234年6月间举兵，不满月即收复汴京。这时的河南地，遭到蒙军的破坏，残破不堪，无法供给入境的宋军。宋军主将赵葵在汴京，不等后方军粮运到，即进兵到洛阳。蒙军见宋军孤军深入，回师反攻，又把洛阳攻陷。在汴京的宋军知道蒙军将至，只好自动撤退。是役史称“端平入洛”，南宋无寸土之功，而与蒙古的联盟亦决裂。此时蒙古还致力于西方，未对南宋倾力报复。经此挫折，宋理宗丧失初年的兴复之志，对蒙古只能做消极的防御。
窝阔台死于1241年，此时蒙古对外扩张的战线很广，拥兵的宗王各自为战，向外扩张地盘。至1246年，窝阔台长子贵由始被忽里台大会推举为蒙古大汗。贵由死于1248年，到1251年，成吉思汗四子托雷之长子蒙哥始被忽里台大会推举继位。蒙哥即位后，先是压平了窝阔台一系贵族的反抗，然后始将注意力转向南方。1254年，蒙哥使其弟忽必烈攻灭大理，沿途且降服吐蕃诸部。蒙古对南宋遂成包围之势。至1258年，蒙哥举大兵攻南宋，自将兵入四川，使忽必烈将兵出湖北。蒙哥在四川，围攻合州数月不能克，他自己亦在阵前受伤，死于军中。忽必烈在湖北，领兵抵抗他的是南宋宰相贾似道。贾似道畏惧蒙古的兵威，不敢战，乃向忽必烈求和，许给蒙古长江以北的地盘。此时忽必烈得到蒙哥的死讯，急于返回草原争权，乃应允和议而去。贾似道返回朝廷，不提求和之事，声称自己击退蒙军获得大捷。蒙古派来讨要割地的使臣皆被贾似道秘密扣押。忽必烈北归，其弟阿里不哥抢先于和林被诸王拥立为蒙古大汗。忽必烈进到开平，也自立为蒙古大汗，时在1260年。蒙古由此陷入内战，至1266年，忽必烈始将阿里不哥的势力压平。这时除了由忽必烈控制的蒙古本部及中国外，成吉思汗所创建的蒙古帝国已分裂为窝阔台汗国、钦察汗国、察合台汗国和伊尔汗国四个部分。窝阔台汗国、钦察汗国、察合台汗国都不承认忽必烈的地位，伊尔汗国虽然表示拥护，实际上也不服从他的诏令。蒙古帝国就此分裂。蒙哥在位时，忽必烈专掌漠南的事务，他手下用西域人、契丹人和汉人颇多，他本人亦熟习中国文化。击败阿里不哥后，忽必烈迁都到燕京，从此他的注意力就集中于中国了。
宋理宗死于1264年，无嗣，其侄赵禥继位，是为宋度宗。宋度宗性格暗弱，又耽于酒色，朝政一委于贾似道。1268年，忽必烈稳定了后方，采纳降将刘整之谏，举大兵攻襄樊。襄樊是南宋长期经营的军事重镇，蒙军强攻不克，遂用围守打援之策。宋廷迭次派遣援军皆被蒙军击败，宋军精锐损失惨重，襄樊守军亦日趋困顿。至1273年，樊城因粮尽被攻克，襄阳守将吕文焕无可自持，遂举城投降。蒙军得襄樊，打开长江水道，顺流而下，江南再无屏障。宋度宗死于1274年，其次子赵㬎继位，是为宋恭帝。恭帝年幼，理宗谢皇后称制。1276年，蒙军沿江南下，克临安，谢太后及恭帝被俘。朝臣陈宜中、张世杰、陆秀夫等拥立恭帝庶兄赵昰于福州继位，是为宋端宗。蒙军进至福州，端宗逃亡海上，流徙不定，于1278年忧惧而死。群臣又拥立恭帝弟赵昺于冈州，是为宋末帝。末帝逃至广东崖山，为蒙军所围，陆秀夫负末帝蹈海而死。南宋遂亡，时在1279年。
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