五一劳动节,连续五天,在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧!见:生信必备技能——Cytoscape
基因富集分析是我们做生物信息学最常用方法。一般有很多可分析的工具,网页版DAVID,R包clusterProfiler,pathfindR等等。各种工具都有不同的优缺点,而cytoscape的BiNGO插件呢,除了给出富集分析结果外,还会以网络图的形式展现出来,非常美观!
Apps
→App Manager
Search
中输入所需要的插件:BiNGO
。之后点击右下角的install
,因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。Apps
载入BiNGO
就可以了Apps
载入BiNGO
,出现以下页面Cluster name: 需要新命名的文件名字
Paste genes from text: 黏贴需富集基因的ID
Select a multiple testing correction: 检测方法:一般是默认的多重校正方法,效果更好
Choose a significance level: 显著性阈值,默认是0.05,可根据课题调整为0.01或其他
Select ontology file: 选择想注释GO数据库哪个类型(CC,MF,BP,也可以全部都做Full)
关于【Paste genes from text: 黏贴需富集基因的ID】
一般推荐Entrez GeneID,更稳定
参考文献:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/16/3448/216306
如果不是的话,需要现在R语言进行转换,利用clusterProfiler包
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
df <- bitr(unique(deg$symbol), fromType = "SYMBOL",
toType = c( "ENTREZID"),
OrgDb = org.Hs.eg.db)
插件有个关键文件:organism/annotation(物种注释文件)
搜索不同物种间的注释信息
http://geneontology.org/docs/download-go-annotations/
由于选项没有你所要求的物种,就需要去GO官网下载对应信息。
点击Custom
载入对应文件
输出一个bgo格式文件,可以用Notepad++打开
x:搜索基因中属于此类GO功能基因的个数(与后面列出基因对应)
n:此GO功能基因的总个数
X:GO功能基因中含搜索基因个数
N:GO功能基因的总个数
黄色的圈是显著富集的GO功能。圈越大,代表富集到功能里面的基因越多。颜色越深,P值越小。
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