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作为一个公众号，如果超过两个月不更新，似乎不是太好。然后真的是太忙了....不知为何，现在做基因家族分析的人很多，师兄师姐，师弟师妹。只要是设计到基因家族分析，总是要出图的。有个关系较好的师兄，前段时间提起了TBtools画基因结构图片，不知道怎么处理。...
虽然TBtools我本来是写给自己和所在课题组使用的，但毕竟既然其他朋友也觉得有用，有些功能怎么使用，还是写一些比较好
以下，以拟南芥MYB基因家族的可视化为例，最终得到大概这么一张图片：
下载拟南芥的GFF3文件
ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_gff3下载转录因子序列信息
转录因子序列中存在一些不必要的信息，为了方便下游分析，对ID进行简化
使用TBtools简化这些ID信息
这样既可完成得到 ID 简化之后的序列文件
基于简化的序列文件，我们提取所有转录因子的序列ID，先做一个简单的基因结构图
最基本的功能，直接展示所有基因结构信息
这样就可以得到一个最基本的图片
最基本的图片就完成了，这样的信息就太low了
我们是要搞事情的，不能满足于此，
要把结构域展示进去，才好看
于是我们做一个CDD 或者 pfam
那就CDD吧，我发现CDD似乎比pfam还全
点击进入这个链接
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi
提交序列，进行保守结构域预测
整理CDD预测结果，整理成四列的格式
于是，一个基本草图已经生成
虽然有图片了，但是这个图片可能并不够好看，我们可以直接修改某类元件的高度，和颜色（支持取色器）
似乎看不出什么规律，因为我们没有排序
所以，TBtools支持指定序列顺序，或者基于newick树格式，
使用各种多序列比对工具 和 进化树构建工具，最后会大概得到这个文本
于是我们得到一个 可能有点信息量的图片
接下来，才是重点
手拼进化树
调整layout格式
在矢量图编辑工具，比如AI，
调整进化树方向，因为。。。各种原因，其实最好自己先不要删除文本，之后对一下
具体顺序
拼合进化树和基因结构图片（含结构域和phase信息）
可以发现，同一个分支的序列 基因结构（内含子，phase）
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