在回顾历史之后，我们还要谈谈斯金纳研究中的另一个重要方面，那就是研究方法问题。关于如何做人们可接受的、科学的行为研究在心理学界并没有得到充分解决。因此在很大程度上这个问题最终导致了“行为分析”(behavior analysis)从心理学中分离出来。
当斯金纳进入心理学领域时，大部分研究都是分组实验，每组的治疗方式各不相同。比如，一项研究要有一个实验组接受一种治疗，一个控制组不接受治疗,然后通过一些统计学的检验，比如“T检验”或者费希尔“差异分析”来比较两组变量的统计均数，这些检验将会得到一个概率，这个概率反映了实得平均数之间的差异是一个偶然差异的可能性有多大，如果最后得出的判断是均数间的差异只是源于偶然，那么治疗就会被判无效，如果最后得出的判断是均数间的差异不是源于偶然，那么治疗就证明是有效的。这种“组间设计”(group de-sign)的研究方法运用到心理学上是在1920年左右，至今为止，在判断一个心理研究的质量时仍将其作为主要的方法。
斯金纳从来没有釆用过组间设计的研究策略，他使用的是“单一被试实验设计”(singlesubject design)的方法。使用这种方法，斯金纳可以得到一个单一动物行为的反复测量数据。一旦获得某行为相对稳定的发生率，就可以进行某项治疗或者引入某项变量。行为的结果或者保持相对稳定的行为的变化，都可以被用来评估治疗或干预变量的效果。这个过程可以被重复运用到其他动物身上，如果能获得相似的结果，就可以得出一般的结论。
总体而言,ABA基本还是保持了自然科学的研究方法。在应用行为分析中，客观的行为数据需要被测量和记录，客观的行为干预结果需要被评估，这与自然科学的实践是一致的，ABA意在通过科学的手段寻求客观行为与干预结果之间的关系。行为分析学家利用搜集到的数据，对为什么某个特定的行为会在特定的环境中发生，形成一个假设，然后通过干预去改变目标行为，最后对干预的结果进行评估,这就是ABA的基本研究思路。
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