1641年笛卡尔发表了《第一哲学沉思录》，其中证明了上帝的存在和灵魂的不朽。
该作品以拉丁文写成，献给巴黎索邦大学的耶稣会教授，其中包括几位著名思想家的批评性回应——由梅森从詹森主义哲学家和神学家那里收集而来安托万·阿尔诺 ( Antoine Arnauld ) (1612–94)，英国哲学家托马斯·霍布斯(1588–1679) 以及笛卡尔的回答。
第二版（1642 年）包括耶稣会牧师皮埃尔·布尔丁（Pierre Bourdin，1595–1653 年）的回应，笛卡尔说他是个傻瓜。这些反对意见和答复构成了在教条主义盛行的时代哲学和科学合作讨论的里程碑。
沉思的特点是笛卡尔使用有条不紊的怀疑，一种系统的程序，将人们曾经被或可能被欺骗的所有类型的信念当作错误的信念来拒绝。
他的论点源自希腊哲学家Sextus Empiricus（繁荣于公元3 世纪）的怀疑主义，这反映在散文家米歇尔·德·蒙田（1533-92 年）和天主教神学家皮埃尔·查隆（1541-1603 年）的作品中。因此，笛卡尔基于权威的表面知识被搁置一旁，因为即使是专家有时也会犯错。
他的信仰来自感官经验被宣布为不可信的，因为这种经验有时会产生误导，例如从远处看方塔看起来是圆的。甚至他对紧邻物体的信念也可能是错误的，因为正如他所说，他经常梦见不存在的物体，而且他无法确定自己是在做梦还是醒着。
最后，他对推理的简单和普遍真理的表面知识不依赖感官经验的答案——例如“2 + 3 = 5”或“正方形有四个边”也是不可靠的，因为上帝本可以以这样的方式创造他。
作为总结他所陷入的普遍怀疑的一种方式，笛卡尔假设“一个极其强大和狡猾的邪恶天才为了欺骗我而使用了他所有的能量”。
虽然在这个阶段似乎没有他不能怀疑的信念，但笛卡尔在直觉中找到了确定性，即当他思考时即使他被欺骗了，他必须存在。
在话语中，笛卡尔用“我思故我在”的格言表达了这种直觉；但是因为“因此”表明直觉是一个论点，尽管它不是在《沉思录》中他只是说，“我想，我是”（“Cogito，sum”）。我思是一种逻辑上不证自明的真理，它也直观地给出了关于特定事物存在的某些知识——即一个人的自我。
然而，它证明只接受认为它的人的存在是确定的。如果一个人唯一确定的就是存在，并且如果一个人坚持笛卡尔怀疑所有不确定事物的方法，那么一个人将被简化为唯我论，认为除了自我和思想之外什么都不存在。
为了逃避唯我论，笛卡尔认为所有的想法都是“清晰和分明”，因为我思一定是真的，因为如果它们不是，那么我思作为清晰分明观念的一员，也会受到怀疑。既然“我思我在”是不容置疑的，那么所有清晰明了的想法都必须是真实的。
在清晰分明的基础上先天的想法, 笛卡尔然后确定每个心灵是一种精神物质，每个身体都是一种物质物质的一部分。思想或灵魂是不朽的，因为它没有扩展，不能像扩展的身体一样分解成多个部分。
笛卡尔还提出了至少两个最后的证明，在第五沉思中提出，开始于笛卡尔有一个与生俱来的上帝观念的命题，即上帝是一个完美的存在。它的结论是上帝必然存在，因为如果他不存在，他就不是完美的。
这由中世纪英国逻辑学家坎特伯雷的圣安瑟姆(1033/34–1109)引入的关于上帝存在的本体论论证是笛卡尔理性主义的核心，因为它仅根据先天的推理建立关于存在事物的某些知识想法，没有感官经验的帮助。
笛卡尔在别处论证说，因为上帝是完美的，他不会欺骗人类，因此，因为上帝引导人类相信物质世界存在，所以它确实存在。通过这种方式，笛卡尔声称为他自己的思想、上帝和物质世界的存在建立了形而上学的基础。
笛卡尔的总目标是帮助人类掌握和拥有自然。
他在《世界》、《屈光学》、《气象学》和《几何学》中提供了对知识之树树干的理解，并在《沉思录》中确立了它的形而上学根源。
然后，他的余生都在力学、医学和道德学的分支上工作。力学是他生理学和医学的基础，而生理学和医学又是他道德心理学的基础。
笛卡尔认为，包括人体在内的所有物质身体都是由机器操作的机器——机械原理。
在他的生理学研究中，他解剖了动物的身体来展示它们的部位是如何运动的。他认为，因为动物没有灵魂，所以它们不会思考或感觉；因此，允许进行笛卡尔实践的活体解剖。他还描述了血液循环，但得出错误的结论，即心脏中的热量会使血液膨胀，导致血液排入静脉。
笛卡尔的《人与胎儿形成论文》）于 1664 年出版。
1644 年笛卡尔发表了哲学原理，他的物理学和形而上学的汇编。他将这部作品献给了伊丽莎白（Elizabeth，1618–79 年），波希米亚名义上的女王伊丽莎白·斯图尔特的女儿，他与她一起发展了他的道德哲学。
根据笛卡尔的说法，一个人类是头脑和身体，两种截然不同的物质在松果体。
他推断松果体一定是联合点，因为它是大脑中唯一的非双重器官，而且来自两只眼睛的双重报告必须有一个地方可以合并。他争辩说，对一个人的感觉器官的每一个动作都会导致微妙的物质通过管状神经移动到松果体，导致它独特地振动。
这些振动会引起情绪和激情，也会导致身体行动。
因此，身体动作是从外部开始的反射弧的最终结果刺激。例如，当一名士兵看到敌人，感到恐惧并逃跑时，头脑不能直接改变身体的反应。
例如，它不能让身体去战斗但是通过改变精神态度，它可以改变松果体的振动，从引起恐惧和逃跑的振动转变为引起勇气和战斗的振动。
笛卡尔进一步指出，人类可以受经验的制约而产生特定的情绪反应。
例如，笛卡尔本人已经习惯于被斗鸡眼的女人吸引，因为他小时候喜欢一个斗鸡眼的玩伴。然而，当他想起这个事实时，他能够摆脱他的激情。
这种洞察力是笛卡尔为自由意志和思想控制身体的能力辩护的基础。尽管有这样的论点，在他的笛卡尔献给瑞典女王克里斯蒂娜（1644-54 年在位）的《灵魂的激情》（1649 年）中，笛卡尔认为大多数身体行为是由外部物质原因决定的。
笛卡尔的道德观是反詹森主义和反加尔文主义的，因为他认为恩典是必要的拯救是可以赢得的，人类是有美德的，当他们尽最大努力寻找真理并按照真理行事时，他们能够获得拯救。
他对人类理性和意志寻找真理并获得救赎的能力的乐观态度，与詹森主义辩护者和数学家布莱斯帕斯卡（1623-62 年）的悲观主义形成鲜明对比，后者认为救赎只是上帝恩典的礼物。
笛卡尔被正确地指责为持有反加尔文主义的荷兰神学家雅各布斯·阿米尼乌斯（1560-1609 年）的观点，即救赎取决于自由意志和善行而不是恩典。笛卡尔还认为，除非人们相信上帝和永生，否则他们将看不到道德的理由。
根据笛卡尔的说法，自由意志是人性中上帝的标志，人类可以根据对自由意志的使用而受到赞扬或指责。他认为，人是善的，只是在他们为了他人的利益而自由行动的范围内；这种慷慨是最高的美德。
笛卡尔是伊壁鸠鲁主义者，他断言人类的激情本身是好的。他是一个极端的道德乐观主义者，相信对善的理解会自然而然地产生行善的愿望。
此外，因为根据笛卡尔的说法，激情是“意愿”，所以想要某物与想要它是一样的。笛卡尔也是坚忍的，然而，在他的告诫中人类应该控制自己的激情，而不是改变世界。
尽管笛卡尔没有写政治哲学方面，他赞同塞内卡（约公元前 4年– 公元 65年）关于默许事物共同秩序的告诫。
他拒绝了尼科洛·马基雅维利对朋友撒谎的建议，因为友谊是神圣的，是人生最大的快乐。人不能单独存在，必须是国家、家庭等社会群体的一部分，为群体好，不如为自己好。
笛卡尔曾经是一个胸部虚弱的弱小孩子，预计不会活下来。因此，他仔细观察自己的健康状况，几乎成了一名素食主义者。1639 年，他吹嘘自己已经 19 年没有生病，预计可以活到 100 岁。
他告诉伊丽莎白公主，把生活想象成一出喜剧；不好的想法会导致噩梦和身体疾病。因为生活中善总比恶多，他说，无论事情看起来多么糟糕，人总能知足。伊丽莎白无法摆脱混乱的宫廷和家庭事务，并没有得到安慰。
晚年的笛卡尔曾说，他曾希望学会将寿命延长到一个世纪或更久，但后来他看到，要实现这一目标，需要几代人的努力；他自己甚至还没有学会预防发烧。
因此，他说，与其继续盼望长寿，他找到了一条更简单的方法，那就是热爱生活，不惧怕死亡。他声称，对于一个真正的哲学家来说，平静地死去是很容易的。
1644 年、1647 年和 1648 年，在荷兰生活了 16 年后，笛卡尔返回法国进行金融业务的短暂访问，并监督将《原则》、《沉思录》、《异议与答复》翻译成法语。
1647-48 年冬天，皮科与笛卡尔一起返回荷兰。1648 年笛卡尔在巴黎的最后一次逗留期间，法国贵族在一系列被称为投石党的战争中反抗王室。笛卡尔于 1648 年 8 月 17 日仓促离开，就在他的老朋友梅森去世前几天。
笛卡尔的论文落入了虔诚的天主教徒克劳德·克莱塞利尔通过删减、添加和有选择地发表他的信件，开始了将笛卡尔变成圣人的过程。
这项整容工作在 1691 年父亲的巨著传记中达到顶峰Adrien Baillet，他正在创作 17 卷的《圣徒传》。
即使在笛卡尔的一生中，也有人质疑他是天主教护教者，主要关心支持基督教教义，还是无神论者，只关心用虔诚的情感保护自己，同时建立确定论、机械论和唯物论的物理学。
笛卡尔自己说，当一个人对上帝想得太多时，良好的感觉就会被摧毁。他曾经告诉德国门生安娜·玛丽亚·范·舒尔曼（Anna Maria van Schurman，1607–78 年），她以画家和诗人而闻名，她正在浪费自己的智慧来学习希伯来语和神学。
他也完全意识到，尽管他试图掩饰他的唯物主义物理学和生理学的无神论潜力。
笛卡尔似乎对宗教的情感深度漠不关心。
当帕斯卡看到无限的宇宙并察觉到人类的微不足道和苦难时，他感到颤抖，而笛卡尔则为人类理性理解宇宙和促进幸福的力量而欣喜若狂，他拒绝了人类本质上是痛苦和有罪的观点。
他认为祈求上帝改变事物是不恰当的。相反，当我们无法改变世界时，我们必须改变自己。
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