东晋末年司马氏形同空气，可以说没有任何威胁，但宋武帝刘裕还是处心积虑地对他们实行族灭。连根拔除司马氏的皇权并不是因为刘裕不自信，而是由于这是一项历史使命。
刘裕是汉高祖刘邦的弟弟刘交的后裔，经历新朝、东汉、三国时代、西晋、东晋等一系列历史，其血统已经不尊贵了。再加上家道中落，到他的父辈祖辈早就已经跌入寒门庶族。
而从东汉末年，尤其是魏文帝曹丕实行九品中正制以来，门阀世家把控上层权力，堵住了寒门庶族上升的渠道。另一方面一些文化门阀也逐渐形成，也是望族之间互相通婚，看不起寒门庶族。这两方面原因，使得寒门庶族在社会上的话语权缩小到极点，与普通百姓无异。久而久之寒门庶族对上层的门阀世家，尤其是政界的门阀世家尤其敌视。
刘裕出身于寒门庶族，从小便深知门阀政治的危害。所以在他逐渐获得权力之后，便会有意无意地去清除掉这些危害。尤其是他成为权臣之后，要进一步篡位登上权力的最高峰，就必须将一众“拦路虎”们踢出历史舞台。
当然了，清除门阀世家这个“拦路虎”并非一朝一夕能完成的，实际它是一项漫长的历史任务。
“八王之乱”之后，西晋衰弱，使得五胡乘机南侵，引发了分裂乱世。殊不知“八王之乱”发生的根源，是司马氏企图效仿汉高祖刘邦立同姓王巩固统治的做法。不同的是汉高祖刘邦这么做的初衷是压制异姓诸侯王，司马氏则是为了牵制门阀世家。前者是刘邦、吕后、汉惠帝、汉文帝、汉景帝、汉武帝等数代皇帝或者掌权者接力赛跑完成的，后者则因为设计者没学到削藩精髓，加上继任的几个皇帝不争气直接给搞砸了。
西晋灭亡后，北方南迁的士族拥立司马睿为新君建立东晋。之后逐渐东晋便被这些士族把控，司马氏的权力更是被他们架空了。其中权力中枢为首的四家分别是琅琊王氏、陈郡谢氏、颍川庾氏、谯国桓氏，不过他们也不是铁板一块。
最初掌握权力中枢的琅琊王氏，最鼎盛的时候可以做到“王与马共天下”，为首的王敦曾经一度有称帝野心。不过好在王敦的堂弟王导比较忠心，努力斡旋，最终化解了第一次门阀世家威胁皇权的危机。
仅次于琅琊王氏的是陈郡谢氏，以谢安、谢玄等为代表。谢安与王导类似，也是偏安派，维持现状。谢安也曾联合各大门阀世家挫败过桓温的称帝野心，算是第二次化解了门阀世家威胁皇权的危机。
颍川庾氏的外戚势力也不可小觑，以外戚庾亮为代表。不过与琅琊王氏陈郡谢氏不同的是，他是主战派，企图通过北伐收复失地来获得威望。但是后方不稳，北方前线的胡人政权又很强大，使得他们屡屡受挫，威胁皇权的危机被动解除了。
倒是最后一支谯国桓氏最为坚挺，前有不可一世的桓温，离称帝仅差一步；后有他的儿子桓玄，直接端了东晋篡位建立桓楚，迈出了最为实在的一步。
除了以上四家，其实还有第五家南方土著士族陶氏。手握重兵的陶侃（陶渊明的曾祖父）曾一度与庾亮争个有来有回，好在后来醒悟了，及时退出权力中枢的斗争，不然东晋的局势会更乱。
到了桓楚时期应该是东晋门阀世家的问题最为严重的时候，四大门阀仅剩桓氏一家独大。刘裕正是在这个节点崛起的，借助桓玄逐步掌握兵权，然后一口气端掉桓楚，建立刘宋。换言之，四大门阀此之前都相继覆灭了，做了一百余年傀儡的司马氏可以说是失去了所有依靠，确实是没有威胁的皇室。
虽然四大门阀相继覆灭，但门阀制度仍在，这是刘裕急需解决的问题。所以他篡位后一直致力于两件事，其一是压制门阀世家，包括新崛起的门阀世家；其二是扶持寒门庶族，企图打通寒门上升的途径。
但是积累了几百年的问题，岂是一朝一夕能解决的？
门阀世家之所以强大，表面上是因为他们掌握权力中枢的话语权，但实际上他们背后的经济实力才是权力的根源所在。门阀世家本身就控制着大量的土地与人口，再借着对权力中枢的干预，利用直接攫取财政利益、隐匿人口避税、兼并土地等方式不断扩大其财政基础，甚至有的还有私人武装，很多都很接近独立王国的状态。
如果从根本上解决土地问题，门阀世家的经济依然很强大。如果这种门阀世家的形成制度没有改变，也会出现新的门阀世家架空皇权，进行下一个轮回。
试问对于这时代的刘裕来说，怎么可能会想到土地改革这项问题呢？很显然他身上也是有很大的历史局限性的，他只能从其他途径去改善门阀世家的种种问题。
刘裕是被各大士族推举为盟主反对桓玄篡位为进入权力中枢的，虽然他的地位暂时稳固，篡位的阻力也很小，但是难保这些士族在将来与自己的子孙起冲突，然后开展复辟运动。这并不是危言耸听，因为四大门阀之间互相制衡，始终是围绕在保持傀儡司马氏名义上的统治权而展开的，只是到了桓玄这里因为其他三家衰弱而平衡被打破。
刘裕实在是没法预测，会不会重新形成门阀世家平衡局势，会不会有不轨的势力利用司马氏做文章。所以心狠手辣的他，直接连根拔除看似没有威胁的司马氏。
再说了司马氏的江山也是篡位来的，本身在人心这块就不稳固，再加上五胡十六国问题，汉人百姓私下都不喜欢他们，族灭他们所造成的负面社会影响力不仅很小，相反还可能很多人拍手叫好。
正是因为这些复杂的历史原因，刘裕没法从根本上解决门阀问题，就只能选择族灭司马氏重新洗牌，再考虑下一步限制门阀的策略。换言之，因为历史的局限性，导致给他的历史任务只能这么完成。
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