伏羲又叫“宓牺”、“庖牺”、“伏戏”、“包羲”、“包牺”、“伏牺”、“炮牺”、“虑戏”等，这些都是古史上对于伏羲的不同称呼。秦汉以前的古书中将伏羲尊为东方天帝，和女娲并没有什么关系，但是秦汉以后的传说中多有说伏羲和女娲本为兄妹和夫妇，其中汉代的石刻画像与砖画，以及西南地区苗瑶侗彝等少数民族民间流行的传说都认为伏羲女娲是兄妹和夫妻。
《路史·后记二》引《风俗通》云：“女娲，伏希（羲）之妹。”
卢仝《与马异结交诗》：“女娲本是伏羲妇。”
汉代的石刻画像与砖画中，常有人首蛇身的伏羲和女娲画像。这些画像里的伏羲和女娲，腰身以上通作人形，穿袍子，戴冠帽，腰身以下则是蛇躯（偶有作龙躯的），两条尾巴紧紧缠绕在一起。两人的脸面，或正向，或背向。伏羲手里拿曲尺，女娲手里拿圆规；亦或是伏羲手捧太阳，太阳里有一只金乌，女娲手捧月亮，月亮里有一只蟾蜍。有的画像还饰以云景，有生翅膀的人首蛇身之人在空中翱翔。有的画像则在当中画了一个小儿，双足卷走，手拉伏羲女娲两人的衣袖，俨然是一幅家庭行乐图。
在这些汉代画像中，伏羲与女娲都是以夫妇形象出现，人们相信自己由这对半人半兽的天神滋生繁衍下来，他们既是人类始祖神，又是人类保护神，因此古人祠墓多刻绘伏羲女娲画像，取其保护死者，安享地下快乐的意思。
伏羲女娲兄妹的说法来自于西南地区苗瑶等少数民族民间流行的传说，这些传说大同小异，现在仅仅将广西融县罗城瑶民中的一段传说记载如下：
……天快要下大雨了，雷声隆隆地吼过高空，小孩们都很害怕，可是一般劳动者却都还在外面工作，因为夏天常多雷雨，大家都是知道的。那时有一位男子，也正在屋外工作，他把平时积蓄在那里的晒干的溪沟里的青苔，铺在树皮盖的屋顶上，以防大雨把屋顶冲坏。
此时，这个男子的一对小儿女，年龄不过十多岁，正在屋子外面玩耍。男子把屋顶铺好后，就带着孩子们进屋避雨了。雨越下越大，风越吹越急，轰隆的雷声也越响越猛，好像是天上的雷公发了怒，威临人间，要降给人们以大灾祸似的。
屋中的男子仿佛预先知道大祸将要临头，便把早就做好的一只铁笼子抬了出来，放在屋檐下面，打开铁笼，自己手里拿着一把猎虎的叉子，勇敢得站在那里等待着。
天上的浓云墨黑，霹雳的暴雷一个接着一个，随着闪电和一声山崩似的巨响，青脸雷公果然手拿板斧，从屋顶上飞落下来，背上的肉翅扑扑扇动，眼睛里射出闪闪的凶光。屋檐下的勇士见到雷公，急忙用虎叉向他叉去，一叉正中雷公腰间，便把雷公叉进铁笼，连笼子一起抗进屋内。
“这下你可给我捉住了，看你还能做什么？”男子笑着向铁笼里的雷公说。
雷公垂头丧气，无话可说。
男子便叫他的孩子们前来看守雷公，孩子们最初看到青脸雷公十分惊恐，稍久一些也就习惯了。
第二天早晨，男子到市上去买香料，准备把雷公杀了，腌渍起来做下饭菜，临走时嘱咐孩子们说：“记着，千万不要给雷公喝水。”
男子走后，雷公在铁笼里假装呻吟，作出种种痛苦的模样，对孩子们说：“我口渴，请给我一碗水喝。”年龄较大的男孩说：“爹爹走的时候说过，不准给你水喝。”雷公又恳求：“一碗水不行，请给我一杯水吧，我实在口渴的厉害。”男孩依然拒绝了雷公：“不行，爹爹知道要骂的。”雷公仍旧哀求：“那么，请去把灶头上刷锅的刷把拿来，洒几滴水给我也好，我快要口渴死了。”说完，便闭上眼睛，张开嘴巴，在那里等待着。
年纪较小的女孩子，见了雷公这般模样，便动了恻隐之心，于是向她哥哥说：“哥哥，我们给他几滴水喝吧。”哥哥心想，几滴水量应该没有什么妨害，就同意了。
兄妹俩到厨房里拿了刷锅的刷把，蘸了几滴水洒到雷公口中。雷公得了水非常欢喜，向孩子们致谢道：“谢谢你们！请你们暂时离开这间房子，我要出来了！”孩子们仓皇中，刚刚跑出门外，只听得震天塌地的霹雳一声巨响，雷公已经冲破铁笼从屋子里面飞了出来。
雷公从他嘴里拔下一颗牙齿，交给两个孩子，说：“赶快拿去种在土里，如果遭了灾难，可以藏在所结的果实当中。”说完就随着轰雷，飞上天去。不久之后，买了香料、准备腌吃雷公的男子回到家中，发现雷公已逃，大吃一惊，他预料到大祸临头，也顾不上责备儿女，就紧赶着打造铁船，以备灾难。
两个孩子玩笑式地把雷公赠送的牙齿种在土中，牙齿刚种下去不久，就从泥土中冒出了嫩绿的新芽。这新芽眼看渐渐长大，一天当中，就开了花结了果子。第二天早上再看，这果子已经长成一个巨大无比的葫芦。兄妹俩回家拿了刀锯，锯开葫芦一看，之间葫芦里密密麻麻地生长了无数牙齿。孩子们也不害怕，直接把这些牙齿都挖出来丢掉，爬进葫芦里去试试，葫芦的大小恰好容得下两个小孩藏身，便把葫芦拖来放到僻静处放着。
第三天，爹爹的铁船刚刚打造好，天空变陡然发生了猛烈的变化：四野刮起黑暗的风，狂暴的雨从冥空中倾盆而下，地底下喷涌起洪水，像野马般地奔腾，淹没了丘陵，包围了高山，田园庐舍、林木村镇，都化作一片沧海。“孩子们”爹爹在风雨中喊道：“赶快躲避啊，雷公发洪水报仇来了！”两个孩子连忙躲进葫芦，爹爹则进了他自己打造的铁船，随着高涨的洪水，在浪涛之上，东西漂流。
洪水愈涨愈高，已经高到天空，铁船里的勇士，在风雨和狂涛中，沉毅地驾着他的船，一直到达天门。他站在船头用手拍门，“嘭嘭”的声音震响了九重天门。“快开门，让我进来！让我进来！”他不停地喊着，用拳头把天门捶得更响。门里的天神害怕了，急忙喝令水神：“赶快退水！”水神遵令行事，顷刻之间，雨止风停，洪水退去，一落千丈，大地上现出依然干燥的土壤。当洪水退落的时候，勇士随着他的铁船一同从高空中跌落，跌得粉身碎骨，就此死去了。
他两个躲在葫芦里的儿女存活了下来，因为葫芦是柔软的、有弹性的，跌落在地上也不过是跳了几跳，仍旧安然无恙。兄妹俩从葫芦里爬出来，没有受到任何损伤。
经过这场滔天的洪水，大地上所有人类都死光了，只留下这两个孩子，他们原本没有名字，由于是从葫芦里存活下来，所以起名叫“伏羲”。“伏羲”就是“匏瓠”，也是“葫芦”的意思，男孩叫“伏羲哥”，女孩叫“伏羲妹”。那时天空和地面相距不远，天门时常开着，哥哥和妹妹常常手牵着手，从天梯上攀登到天庭去游玩。
时光荏苒，大地上这对唯一存活的兄妹逐渐长大，哥哥想要与妹妹结为夫妻，妹妹不愿意，她说：“这怎么可以呢，我们是亲兄妹呀。”经不起哥哥再三恳求，妹妹不能推拒，便向哥哥说：“你试着追我，如果能够追到，我就答应和你结婚。”于是哥哥和妹妹，就绕着一棵大树追赶起来，妹妹机灵敏捷，哥哥追了好久都追不到。于是哥哥心生一计，忽然转身而走，这样一点防备都没有的妹妹就直接投入了哥哥的怀抱，于是他们就结为了夫妻。
兄妹二人成婚后，妹妹生下了一个肉球。夫妇俩觉得奇怪，就将这肉球切成细碎的小块，用一张纸把它包了起来。带着这包东西，夫妻攀登天梯到天庭游玩，哪知道刚刚升到半空，忽然一阵大风吹来，纸包破裂，细碎的肉球四散飞扬，落在大地上，都变成了人。从此以后，世界上又有了人类，伏羲夫妇便成为了人类的始祖。
小雯曰：
英国学者斯宾塞在其著作《神话学绪论》中把神话分为21种，其中洪水神话是一个世界性文化现象，广泛分布在除南极洲以外的世界各地各民族中。马克·艾萨克在其著作《世界洪水故事》中统计，全球共有181个国家和民族有洪水神话的流传，故事文本达500篇之多。在西方研究洪水神话的著作中，其学术用语是“世界毁灭和末世神话”。
中国本土的洪水神话也十分丰富，有四十多个少数民族文化中流传着洪水故事，其中最广为人知的是女娲补天、大禹治水和雷公姜央的故事（雷公姜央的故事同上文伏羲女娲的故事类似，女娲补天和大禹治水的故事后续会专门介绍）。
王宪昭先生曾对南、北方少数民族洪水神话中120篇数量相等的篇目进行比对分析，发现涉及到洪水后人类再生母题的神话在南方约占75%，而在北方只占29%。说明南方各民族的此类型神话在传承过程中，逐渐将洪水灾难与人类再生两大叙事单元复合在了一起，故事情节也更加丰富曲折。纵观中国南方各民族洪水再生型神话的内容，可以发现其叙述主要都包括以下几个基本情节单元：1、洪水滔天；2、逃生；3、逃生工具（葫芦、南瓜、木船等）；4、洪水遗民（多是兄妹）；5、探测天意；6、血亲婚配（多为兄妹婚配，妹妹初始并不愿意，会用种种难以实现的事来考验哥哥）；7、生怪胎；8、再造人类。这类洪水故事的“中心母题是大洪水来时只有兄妹二人得救，后结为夫妇，遂为人类始祖”，这对兄妹在传说中一般都附会为伏羲和女娲。
大量的民俗学资料表明，兄妹婚是人类婚姻史上的一个阶段，它存在于前氏族公社时期，人类禁止父母辈和子女辈性交，只允许同辈男女之间有性生活，这表明人类步入了血缘婚阶段。神话中的兄妹婚正是对人类血缘婚的一种再现。既然兄妹婚是一种原始婚配形式，那么为什么妹妹会有羞耻心理？
——兄妹婚透露着乱伦禁忌母题，人们对这种婚姻状态有所排斥的表现，说明当时人类已经从最原始的血缘婚姻状态，迈入或即将迈入对偶婚的阶段。我们不能用今天的道德规范来看待兄妹婚。当时的兄妹婚是必要的，如果兄妹不结合，那么人类可能就将灭绝，但是这种婚配形式具有矛盾性，所以兄妹婚的结局通常是妹妹生下怪胎，把怪胎剁碎撒向各地，才出现各个地方的人。陶阳在《中国创世神话》中说“洪水神话中有关兄妹婚的传说不会产生在实现兄妹婚的当时，而是产生在由族内血缘婚向族外婚过渡时期。只有在这种过渡阶段才有可能产生谴责兄妹婚的社会观念”。生怪胎这一情节的安排，反映了兄妹通婚的艰难，说明先祖在那时已经认识到血亲婚配的危害性，是先民遵从自然规则，人类进步的表现。
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