公元1750年，西藏郡王颇罗鼐病故，其次子珠尔墨特·那木札勒承袭郡王爵位，总管西藏事务。
珠尔墨特·那木札勒上台后，野心勃勃，暗中谋划，起兵反清。乾隆指示时任驻藏大臣傅清、拉布敦先发制人，立刻正法。
不久，那木札勒被诱杀于驻藏大臣住所，同时乾隆派副都统班第从青海率军入藏，斩杀其余叛军首领，仅仅两个月西藏叛乱遂告平定。
此后乾隆调整西藏政治体制，取消郡王设置，西藏最高权力由达赖喇嘛和驻藏大臣行使，从此，清朝不仅巩固西藏统治，也使其与中央政权形成密不可分的隶属关系，为西藏未来200年稳定奠定基础。
关于那木札勒叛乱，一切还要从三十年前说起。
1718年，准噶尔大汗策妄阿拉布坦率军从西域翻越阿里地区，长驱直入攻入拉萨，擒杀统治西藏的蒙古和硕特王公拉藏汗，将西藏据为己有。
那木札勒的父亲颇罗鼐作为拉藏汗的旧臣，为避灾祸趁乱逃跑。
1720年康熙派遣皇十四子胤禵为抚远大将军，岳钟琪为前锋，远征西藏，颇罗鼐率和硕特旧部势力响应，并配合清军击败准噶尔，夺回拉萨。
为了稳固对西藏的统治，康熙对西藏政治体制做出改革，在拉萨设置四大噶伦作为最高执政官，共同管理西藏政务，颇罗鼐因平叛有功，跻身噶伦之一。
同时清廷设驻藏大臣作为中央在西藏的代表，监督噶伦执政团，但只是临时性的，并无实际权力。
驻藏大臣历史影像
然而噶伦团并没有按清廷设计的框架运行，噶伦之一的阿尔布巴是达赖喇嘛的表哥，他凭借达赖的影响主导噶伦团，排挤其他噶伦，妄图独霸西藏政权，甚至把西藏划分片区，孤立不听从自己的颇罗鼐。
清廷得知西藏局势恶化，下旨对阿尔布巴严加呵斥，要求其必须遵守噶伦共同执政制度，阿尔布巴不仅不听从旨意，还起兵攻打听从清廷的其他噶伦。
颇罗鼐先发制人，抢先一步占领拉萨，平息阿尔布巴之乱。
此时的清朝皇帝是雍正，他在发现噶伦之间互不统属，互相掣肘后的弊病后，于公元1728年再次改革西藏制度，只设一人为最高执政官，即任命平叛有功的颇罗鼐总理西藏政务。
颇罗鼐深知自己的荣华富贵全是清廷给予，对清廷十分恭顺，每遇大事都自觉报备，清廷对其十分满意，乾隆称赞他:“凡事俱竭力奋勉，办理妥协”。
公元1739年，乾隆晋封他为郡王，高出其他噶伦四五级，成为名副其实的“西藏王”。
同时加封其次子珠尔墨特·那木札勒为“长子”，明确规定“长子系日后袭王爵、总理彼处事务之人”，这是清朝有史以来第一次在制度上确认西藏郡王的王位可以世袭，也是西藏历史上是破天荒头一次。
然而，正是这种不断为西藏王集权的政策，才为日后珠尔墨特·那木札勒叛清埋下祸根。
1747年颇罗鼐病故，珠尔墨特·那木札勒顺利承袭为第二任郡王。
不过与温和的颇罗鼐相比，那木札勒上台伊始便野心勃勃，他想成为名副其实的西藏王，而清廷是他独霸西藏的最大阻碍。
1749年，四川巡抚纪山被调为驻藏大臣，但纪山到达拉萨一个多月，那木札勒都不去拜见。
直到他了解到纪山对西藏事务不感兴趣，才亲自前往拜见，还称纪山为叔，对其行跪拜礼，并经常与其饮酒作乐，可见那木札勒野心已逐渐暴露。
1748年，那木札勒奏请撤走清廷驻藏军队，乾隆仅留100名士兵驻拉萨。
不久他又借口防御准噶尔部，亲自操练军队，调集重兵扼守西藏各个险要位置，同时部署火炮，准备炸药，为谋反做足物资准备。
对于那木札勒的种种动作，乾隆虽认为理由充分，但内心并不托底，于是将原驻藏大臣傅清重新调回，与纪山共同担任驻藏大臣。
而那木札勒继续扩大自己的势力，1749年，他杀死乾隆刚提拔的长兄珠尔玛特策布登，然后又杀害或罢黜支持清廷的老臣，同时派遣亲信前往西域联络准噶尔部寻求支持，以图共同抗清。
1750年，驻藏大臣傅清与拉布敦已敏锐察觉到那木札勒的反叛迹象，并暗中得知情报，那木札勒已聚集2000余人等待时机，随时兵变。
傅清立即向乾隆奏报那木札勒的谋反行为，乾隆对那木札勒虽然有所不满，但对其反叛行为仍不大相信，在给傅清的回复中说:
“身为藏主，操生杀而擅富贵，俸赐所颁，贸易所入，岁获重赀，而且倚借中朝声势，众蒙古皆与往来，可得厚利，伊更何所贪图希冀？”
乾隆画像
在乾隆看来，那木札勒俨然是西藏之主，反叛是得不偿失的事情，傻子才会做，还说傅清过于敏感。
1750年九月，傅清连续两次向乾隆上疏那木札勒意欲谋反，称:
“现在调兵防阻，有谋不轨之意”。
傅清接二连三的奏疏终于使乾隆有所警醒，并明确表示:
“此事看来势不容已，自应擒获，明正其罪。”
不过此时，那木礼勒已下令关闭所有出入藏通道，隔断西藏与内陆的联系，乾隆的谕旨被阻，未能送达。
此时傅清身边只有百名官兵，武力镇压断然行不通，情势万分紧急之下，傅清与拉布敦合议决定冒险用计擒杀那木札勒。
1750年十月，傅清以宣读圣旨为名，召那木札勒到驻藏大臣行署。那木札勒认为清军主力已调回内陆，驻藏官兵仅有百人，傅清势单力孤，不敢对他如何。
于是那木札勒仅带四五名随从进入行署，傅清早已安排部下埋伏左右，一见那木札勒上楼，傅清突然拔刀将其杀死，身边随从也被官兵干掉。
其同党卓尼罗卜藏札什得知那木札勒被刺后立刻围攻驻藏大臣衙署。
由于双方力量相差悬殊，行署很快被攻破，傅清受伤后自杀身亡，拉布敦也受重伤被杀，另有49名士兵战死，行署衙门一时间血流成河。
其实那木札勒执政以来十分不得人心，尤其是得罪达赖喇嘛，使西藏宗教势力与其分道扬镳。
所以当达赖喇嘛闻讯行署兵变，那木札勒被杀后，迅速调集手下僧众前往讨逆，并下令不得断绝驿路，不得惊扰汉民，不得收留叛兵。
由于那木札勒已死，叛军群龙无首之下，瞬间分崩离析，除了卓尼罗卜藏札什等13名叛军首领被逮捕，其余各自逃命。
十二月，清军副都统班第等率军进入西藏，又逮捕叛军首领14人，不久以聚众谋反、杀害大臣等罪，将卓尼罗卜藏札什等叛首全部处死，至此一场声势浩大的西藏叛乱被清廷迅速平息。
在这之后，乾隆接受了西藏无驻兵和藏王权势过大的教训，开始重新调整西藏的管理机构。
为了防止出现一家独大的局面，决定西藏不再设置郡王，恢复原来设置的四名噶伦执政制度，同时提高驻藏大臣的权力，噶伦团应听命于驻藏大臣，驻藏大臣也由临时改为定制。
另外，乾隆还利用宗教集团牵制噶伦，四名噶伦中必须有一名宗教僧人，重要问题噶伦团必须请示达赖喇嘛和驻藏大臣，最后由达赖和驻藏大臣共同做出决议。
除了政治体制改革，乾隆还派驻千余士兵驻扎西藏，在各个咽喉之地由重兵把守，保证西藏与清廷的联系，使行政权力牢牢掌握在驻藏大臣之手。
从此，清朝中央政权对西藏的统治大大加强，西藏在这之后的150年时间里未发生大的动乱。
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