漠北外喀尔喀蒙古和漠南内喀尔喀五部联盟均出自达延汗时代分封的喀尔喀万户，因为分布于呼伦贝尔草原的喀尔喀河(今称哈拉哈河)一带而得名。
河东的部众由达延汗第五子阿尔楚博罗特统领，河西的部众由达延汗的幼子格埒森扎统领。达延汗去世后，阿尔楚博罗特所部逐渐南迁，脱离喀尔喀万户，形成了内喀尔喀联盟。
格埒森扎所部则留居故地，后西进到克鲁伦河流域。1524—1538年，当时的蒙古大汗阿剌克四次发兵攻打反叛汗庭的兀良哈万户，格埒森扎积极参与其中。
兀良哈万户败亡后，大部分部众被蒙古汗庭和右翼三万户瓜分，漠北留下大片无人占据的真空地带，格埒森扎遂趁机鸠占鹊巢，夺下了杭爱山的原兀良哈万户牧场。
格埒森扎死后，他的7个儿子将父亲的部众瓜分，形成了外喀尔喀七部。在很长的一段时间里，外喀尔喀七部一直替蒙古汗庭和卫拉特四部作战，并在这个过程中把自己的势力扩充到了整个漠北草原。
大清、准噶尔、喀尔喀形势
格埒森扎的孙子、外喀尔喀左翼长阿巴岱(出自格埒森扎第三子)更是从14岁起就领军和卫拉特人作战。1580年，阿巴岱因为战功卓著而被漠北各部公推为“赛音汗”，成为外喀尔喀第一位可汗。到阿巴岱的孙子衮布继位时，自号“土谢图汗”。
1588年阿巴岱死后，外喀尔喀因汗位继承人问题发生内部冲突，格埒森扎的曾孙、外喀尔喀右翼长素巴第(出自格埒森扎长子)趁机自立，被其支持者拥戴为“札萨克图汗”。
到17世纪初，由于漠南蒙古在后金的持续攻略下陷入乱局，不少部众逃到漠北克鲁伦河，使留守克鲁伦河故地的格埒森扎第四子阿敏都剌勒的后裔硕垒实力大增。1630年，硕垒被部下拥戴为“共戴马哈撒嘛谛车臣汗”简称“车臣汗”。
漠北外喀尔喀三部并立的局面就这样形成，因三部首领俱有汗号，故又有“漠北三汗”之称。其中以土谢图汗牧地最广，实力最强。
1639年，土谢图汗衮布5岁的儿子札那巴札尔被漠北诸汗王认定为长期在喀尔喀传教的高僧多罗那他转世，并被西藏教廷确认为第一世哲布尊丹巴活佛。这以后，连续几代哲布尊丹巴活佛都出自土谢图汗家族，更加突出了土谢图汗部在外喀尔喀三部的地位。
外喀尔喀三部形成之时，后金正把林丹汗打得节节败退。对于尊奉红教的蒙古大汗，皈依黄教的外喀尔喀三部不但没尽臣属的本分给予接纳，反而作壁上观。
林丹汗
只有一位绰克图台吉响应林丹汗。此公为了效忠林丹汗竟不惜背叛黄教信仰，并且身体力行地率部南下青海，协助林丹汗联络青海土默特部、康区白利土司及西藏的藏巴汗，组成反黄教联盟，但他最后被进入青海的和硕特部击斩。
不过，不支持林丹汗并不意味着外喀尔喀三部就会倒向清朝。相反，亲眼见证了内喀尔喀联盟同胞的命运之后，漠北蒙古对清廷更加警惕。
1640年，漠北喀尔喀三部选择和卫拉特人握手言和，其中一个很重要的原因就是想集中精力应付清朝可能发起的军事行动。
但意识到入关后的清朝正全力对付南方的明朝残余力量时，喀尔喀的王公们就不再满足于守株待兔了。1646年，外喀尔喀策动漠南蒙古苏尼特旗右翼旗首领——叟塞郡王滕吉思反清，并组织联军协助滕吉思作战。
1646年五月，清摄政王多尔衮以其弟豫亲王多铎为扬威大将军，率清军大举出击，于该年十月大破喀尔喀-苏尼特联军，使外喀尔喀不敢再轻摄兵锋。
顺治皇帝亲政后，对外喀尔喀采取军事威慑、政治分化和经济制裁等多管齐下的手段，迫使喀尔喀三部于1655年遣使北京向清朝称臣。
大清蒙古会盟
清廷以开放对漠北的贸易为条件，换取了喀尔喀三部每年向清朝进献“九白之贡”（八匹白马和一匹白骆驼）。清朝在外喀尔喀设立了左右两翼八札萨克，从此确立了和外喀尔喀的宗藩关系。
虽然清廷没有触动外喀尔喀内部的政治体制，也无力干涉外喀尔喀的内外事务，但至少在名义上，清朝皇帝也是漠北草原的主人了。
由于漠北三部向清朝称臣，和西边的卫拉特各部也已相安无事多年，没有了一致对外需求的外喀尔喀又开始因为牧地、人畜的归属等问题陷入内讧。外喀尔喀的内乱让强邻准噶尔看到了插手的机会。
1666年，札萨克图汗部贵族成衮在准噶尔部晖台吉僧格的支持下登上了汗位。这成为准噶尔正式介入外喀尔喀内部事务的开始。
成衮上台之后，仗着有准噶尔部撑腰，公然向土谢图汗部索要在本部战乱期间逃到土谢图汗部的属民，土谢图汗部不愿意放掉吃进嘴里的肥肉，所以成衮的要求遭到了拒绝。
加之土谢图汗一直不承认成衮的汗号，导致土谢图汗部和札萨克图汗部本就不睦的关系裂痕更加明显，连五世达赖出面都未能调解。
此时，外喀尔喀的宗主清朝正值鳌拜专权，内部权力斗争激烈，根本无暇顾及漠北屏藩内部的钩心斗角，这就给了准噶尔继续向外喀尔喀施加自身影响力的机会。
到了噶尔丹上台之后，札萨克图汗部在事实上已经全面倒向准噶尔。等到17世纪 80年代，清朝终于完成了对内部各种势力的整合、准备开始处理北方边境的各种事务时，主政的康熙皇帝才发现：作为漠北喀尔喀三部宗主国的清廷，地位几乎被边缘化。
康熙帝
1685年，清朝在东北对沙俄发起反击作战的同时，也开始积极介入漠北喀尔喀的内部事务。清廷要求西藏教廷派遣使节前往外喀尔喀，与清朝理藩院尚书阿喇尼一起参加会盟。
1686年八月，喀尔喀三部的各路王公贵族和调解方代表齐聚土谢图汗部境内的库伦伯勒齐尔举行会盟。
由于札萨克图汗成衮已经于1685年去世，札萨克图汗部的与会代表变成了成衮的儿子、新任札萨克图汗沙喇，跟随他来的还有准噶尔汗国的使者。
清朝代表阿喇尼、西藏代表噶尔賣席勒图、喀尔喀哲布尊丹巴活佛一世组成了调解团成员。
不过，土谢图汗察辉多尔济坚决不愿交出已经吞并的札萨克图汗部属民，而哲布尊丹巴一世也偏袒土谢图汗部；西藏代表噶尔亶席勒图则在准噶尔使者的暗示下，煽动札萨克图汗沙喇在会场上起哄。
最后，在阿喇尼的极力斡旋下，土谢图汗勉强答应和札萨克图汗签订和约。但事后土谢图汗没有完全履行承诺，只归还了向札萨克图汗承诺的一半人畜。于是，战争只有一步之遥。
1687年，札萨克图汗和噶尔丹在三赫格尔举行会盟，相约一同进攻土谢图汗部。土谢图汗察辉多尔济不顾康熙皇帝“勿复兴兵端”的警告，决定先发制人。
1688年正月二十五日，土谢图汗部1万骑兵突袭攻灭了札萨克图汗部，杀死了沙喇。更严重的是，派驻在札萨克图汗部的准噶尔代表、噶尔丹的亲弟弟多尔济扎布和400名准噶尔骑兵也尽数死在了乱军之中！
噶尔丹
噶尔丹闻讯大怒，立即调集大军于漠北西部的科布多河，做好了武装干涉外喀尔喀问题的准备。恰好收拾完札萨克图汗部的土谢图汗率军北上楚库柏兴，和沙俄争夺布里亚特属民，土谢图汗部的老营只有少量部队留守，这给了噶尔丹发动突然袭击的好机会。
1688年5月，噶尔丹以伯勒齐尔会盟期间土谢图汗和哲布尊丹巴一世对西藏教廷发布不敬言论为由，亲统3万人的准噶尔军团分兵两路东进，一路上摧枯拉朽一般地歼灭了土谢图汗的留守部队。
他随后又趁势杀入了克鲁伦河流域的车臣汗部，将车臣汗默多克击败。察辉多尔济闻讯亲率主力从楚库柏兴回击噶尔丹，双方会战于鄂罗多诺尔。
开始时胜负难分，后来噶尔丹改变战术，发起夜袭，击溃了土谢图汗军。大势已去的察辉多尔济，只好会合车臣汗默多克和在车臣汗部避难的哲布尊丹巴一世，收拢残余部众十余万退到漠南蒙古苏尼特旗边境，寻求清朝的保护。
这场突如其来的大乱导致原本定于色楞格河展开的中俄边境谈判被迫延迟。1688年9月，清朝政府开始收容外喀尔喀残余部众入境并给予物资赈济。
噶尔丹向清朝提出交出土谢图汗和哲布尊丹巴一世，遭到康熙皇帝的拒绝。噶尔丹本欲兴兵继续追剿喀尔喀人，但最后却停止了军事行动——准噶尔汗国大后方出现了内乱。
当时被羁押在伊犁的叶尔羌汗国贵族发动暴乱，噶尔丹不得不回师平叛。然而他刚回到科布多，伊犁方面就传来消息，叛乱已被喝尔丹的侄子策旺阿拉布坦平息。
不过这个捷报却使鸣尔丹开始猜忌这个表现果敢的侄子。原因在于策旺阿拉布坦是僧格的长子，如果按照正常的接班情况，僧格死后准噶尔部的首领应是策旺阿拉布坦。
然而僧格死时策旺阿拉布坦只是个7岁的孩子，这才使噶尔丹能够越俎代庖执掌权柄。如今策旺阿拉布坦已经24岁，难道他会甘心让叔叔占据本应属于自己的位置？
再加上身边的亲随不断传播谣言，终于使噶尔丹走了一步昏着：他遣人下毒，企图毒死策旺阿拉布坦，不料毒酒竟然错被策旺阿拉布坦的弟弟索诺木阿拉布坦饮下。之后，事情很快败露。
噶尔丹（中）戎装图
1689年春，策旺阿拉布坦联合父亲的旧部5000人出走，并且在乌兰乌苏地区(今新疆沙湾县境内)击败了噶尔丹的追兵，阿尔泰山以西的准噶尔地区都被策旺阿拉布坦控制。
准噶尔汗国刚刚达到鼎盛期，就在噶尔丹的错误决断下走向了分裂。噶尔丹只能与部众2.5万人滞留在科布多地区。准噶尔的内部变动使清朝有了足够的时间按部就班地采取行动。
中俄边境谈判以极快的速度完成，双方签订《尼布楚条约》，清廷稳住了沙俄，同时得到沙俄官方绝不支持噶尔丹军事物资的保证。
另外，康熙皇帝深知要维持漠北地区的稳定和秩序，噶尔丹的态度相当重要，此时正可以趁机向噶尔丹施加压力。1689年八月初七，理藩院尚书阿喇尼奉康熙旨意前往科布多的噶尔丹大帐，通告清朝的态度：
清朝方面承认土谢图汗和哲布尊丹巴一世历年来侵吞札萨克图汗部众的行为是导致喀尔喀内乱的原因，清朝会以宗主国的身份对外喀尔喀问题采取必要的处理措施，但在此之前，准噶尔人必须退出喀尔喀三部的土地，否则断绝每年进贡贸易。
这相当于是对噶尔丹下了最后通牒。然而，为了保住在外喀尔喀的既得利益，博硕克图汗噶尔丹不惜要和大清皇帝兵戎相见！
噶尔丹敢于叫板清朝的底气，来源于手头的枪杆子。他所率领的军队，不但其有轻骑兵骑射、重骑兵集群突击等游牧民族传统军事优势，更是草原上火器装备率最高的武装力量！
由于某些历史原因，一直以来主流史学界都认为准噶尔军队所装备的枪炮火药等全为俄国人提供，然而事实却并非如此。
准噶尔骆驼炮
以火绳枪为代表的近代火器传入卫拉特四部的时间大约是17世纪初。当时为了对付喀尔喀、哈萨克等众多外部敌对势力，卫拉特封建主们积极通过走私贸易等途径四处搜罗各式火药武器，但这些火器的主要来源并不是俄国，而是中亚地区。
16世纪初，奥斯曼帝国的火器部队加尼沙里军团(即土耳其新军)在恰尔迪兰会战中大败强悍的萨菲波斯“红头军”，在中亚掀起了一股“火器化”风潮。
来自奥斯曼帝国的枪炮制作者，将火器制作工艺传入中亚各地。撒马尔罕一带的昔班尼汗国为了对抗萨菲波斯也向奥斯曼帝国请求火器增援。1542年，奥斯曼苏莱曼大帝为牵制萨菲波斯，一次就派遣500名加尼沙里军团士兵，携带相当数量的火绳枪和轻型火炮前往昔班尼汗国。
到了17世纪初叶，撒马尔罕和布哈拉等城市的火器工匠已经能仿制火绳枪和轻型火炮，安集延、塔什干就是当时著名的火器走私贸易中心。这些情况不可能不被经常骚扰中亚各城的卫拉特人所知。
卫拉特四部中以准噶尔的巴图尔珲台吉最为重视火器部队的建设。1637年，和硕特部远征青海时，卫拉特各部都起兵相助，巴图尔珲台吉竟然一次就派遭了700名火绳枪兵支援和硕特部！
17世纪70、80年代，准噶尔汗国加剧版图扩张，这时的准噶尔占据了大部分中亚地区，拥有自产枪炮的能力。在噶尔丹历年进献给清朝的礼品里就有“厄鲁特鸟枪”。
准噶尔军所用的火器，最有特色的就是“赞巴拉克”轻型炮和“沙图纳尔”骑兵用火绳枪。
“赞巴拉克”轻型炮全长约2米，口径最大者可达20多厘米。炮身中段有炮耳，可以使用普通木质炮架和可转动射击的回旋式炮架搭载，该炮的有效射程可达200步左右(相当于约300米)。
“沙图纳尔”骑兵火绳枪全长介于80厘米一1米之间，口径在9—15毫米之间，长度适中，极为轻便。
准噶尔军装备不少火器
相比之下，准噶尔军中天山南路回部步兵用的火绳枪就相对长些。其枪身全长可达1.6-2米，形制上沿袭了中亚地区火绳枪的风格，有的在枪身下方还有木质或铁质的叉子状支架。
1643年，被哈萨克的扬吉尔汗以600名火绳枪兵击败之后，巴图尔珲台吉希望从枪炮犀利的俄国获得枪支等军需物资，毕竟俄国人的枪炮质量要优于中亚那些城邦的产品。
1644年巴图尔晖台吉给沙皇的信，其中就有“请赐优等枪炮”的内容，但是沙俄方面拒绝了这一请求。为了维护本国的利益，减少在西伯利亚地区扩张时的阻力，沙俄官方一直严禁向喀尔喀、卫拉特、哈萨克各部走私火器，沙皇甚至在1620年颁布了严禁向蒙古人输出火器的法令。
噶尔丹上任后，一改历代准噶尔领导人对俄国的强硬态度，其中一个原因就是希望能促使俄国放开关于火器贸易的禁令。
但熟知游牧集团首领习性的俄国人，根本不理会这一点，只是象征性地给了噶尔丹一些奢侈品和少量华而不实的火枪作为馈赠物品搪塞过去。
虽然部分俄国官员(比如戈洛文)依然希望通过武装噶尔丹来牵制清朝，但是俄国上层普遍认为噶尔丹的利用价值不大。
1689年《尼布楚条约》签订后，为了维护能从清朝获得的长远贸易利益，沙俄更是彻底断绝了对噶尔丹的走私通道。
尽管如此，噶尔丹在科布多的两万多军队中仍至少拥有一万名以上的火器兵，和同时代萨菲波斯的皇家禁卫火枪兵数字基本相当！
手里有这么一支装备精良、久经沙场的虎狼之师，即使兵力不多，在清朝边境上制造麻烦也算是足够了。
其时，噶尔丹的恩师五世达赖已经于1682年圆寂，这时西藏教廷的当家人是五世达赖的门生之一——第巴(藏语意为头人，此处特指和硕特汗国的行政官)桑杰嘉措。
第巴桑杰嘉措
这位精于权术、野心极大的西藏贵族为了保持自己的权位，向外界和西藏内部隐瞒了五世达赖去世的消息，只对外宣称佛爷闭关修炼。
就这样，桑杰嘉措一直以五世达赖的名义处理各种事务，包括噶尔丹在内的政要都不清楚这一内情。倘若五世达赖尚在，依他老辣的政治手段和稳重的做派，恐怕不会让噶尔丹这么轻易地开罪清朝这个庞然大物。
桑杰嘉措的眼光远不如五世达赖。1689年年底，康熙皇帝派遣总管北京城喇嘛庙的班第札萨克喇嘛——伊拉古克三活佛前往西藏，希望西藏教廷出面劝阻噶尔丹。
但伊拉古克三活佛和桑杰嘉措既是同学又是政见相同的密友，结果是两人一见面就商讨好要唆使噶尔丹武装扩大事态，康熙的旨意则被抛到了九霄云外。
12月，伊拉古克三活佛前往科布多传达“达赖喇嘛”的谕旨，要噶尔丹立即领兵东征，逼迫清朝交出土谢图汗和哲布尊丹巴一世。伊拉古克三活佛甚至还信誓旦旦地表示，自己在北京的一众弟子可以为噶尔丹充当间谍，刺探清廷军事情报。
清准战争示意图
对于噶尔丹而言，时局已经极其不利，但他却选择放着背叛的策旺阿拉布坦不管，忽视与富庶中亚地区联系的隔断所造成的赋税、兵员、军火物资等供应链断裂的严重性，孤注一掷地选择“先外后内”的方略。一场大战已不可避免。
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