辉瑞疫苗，逆向工程？
听起来有些不可思议，但一位程序员从计算机科学的角度深度剖析了 Biotech／辉瑞的 mRNA 新冠疫苗 BNT162b 设计，并撰写了这篇文章 —— Biotech／辉瑞 SARS-CoV-2 疫苗的源代码的反向工程（Reverse Engineering the source code of the BioNTech/Pfizer SARS-CoV-2 Vaccine）.（以下简称辉瑞疫苗）
读过后，你或许会开始会让你对生命和计算机世界产生奇妙的联系。
简单的生物学背景
让我们先来回顾一下生物学知识，这里，我们将透过程序员的眼睛看待生命编码。
DNA 和程序的种种相似的地方，但与计算机使用 0 和 1 不同，生命使用 A、C、G 和 U/T 来编码。
在自然界中，A、C、G 和 U/T 都是分子，以链的形式储存在 DNA (或 RNA) 中。
在计算机中，我们把 8 位编入一个字节，字节是处理数据的典型单位。
自然界将 3 个核苷酸组合成一个密码子，而这个密码子是典型的处理单元。
密码子包含 6 位信息 (每个 DNA 字符 2 位，3 字符 = 6 位，这意味着 2⁶ = 64 种不同密码子值)。
其次，疫苗是一种液体，我们该如何谈论源代码？
源代码！
让我们从疫苗的一小部分源代码开始，下图为世界卫生组织公布的 BNT162b 前 500 个字符。
mRNA 新冠疫苗 BNT162b 的核心就是这个数字代码。它有 4284 个字符长，在疫苗生产过程的最开始，将这段代码上传到 DNA 打印机，然后打印机将磁盘上的字节转换成实际的 DNA 分子。
从这样的机器中产生了少量的 DNA，在经过大量的生物和化学处理后，最终成为疫苗瓶中的 RNA。
RNA 就像计算机的 RAM 一样，但是，RNA 非常脆弱，所以，辉瑞的 mRNA 疫苗必须储存在最深处的深冷库里。
每个 RNA 字符的重量为 0.53・10⁻²¹ 克，一针疫苗里有 2 万亿段重复的代码，相当于 25 Pb 的数据量。
让我们来看世卫组织文件披露的一页：
首先，cap 是什么？就像你不能在计算机上的一个文件中输入操作码然后运行它一样，生物操作系统需要头文件、链接器和调用约定之类的东西。
疫苗的编码由以下两个核苷酸开始:
这可以与以 MZ 开头的 DOS 和 Windows 可执行文件，或以 #! 开头的 UNIX 脚本进行比较。在生活系统和操作系统中，这两个字符都不会以任何方式执行。但他们必须在那里，否则什么都不会发生。
mRNA 「帽」有许多功能，它让代码看起来合法，从而保护它不被我们身体里的免疫系统破坏。
未翻译区 5 'UTR
生命由蛋白质组成。当 RNA 转化为蛋白质时，这被称为翻译。
RNA 分子只能从一个方向读取。令人困惑的是，阅读开始的部分被称为 5'UTR。读数在 3 'UTR 停止。
UTR（Untranslated Regions) 即非翻译区，是 mRNA 分子两端的非编码片段：
在这里，我们遇到了第一个惊喜。正常的 RNA 特征是 A、C、G 和 U。U 在 DNA 中也被称为「T」。但在这里我们发现了一个 ψ。
怎么回事？
这是关于疫苗的一个特别聪明的地方。我们的身体运行着一个强大的反病毒系统，由于这个原因，细胞对外来 RNA 非常冷淡，并且在它做出任何反应之前就要破坏它。
这对我们的疫苗来说是个问题 —— 它需要偷偷通过我们的免疫系统。经过多年的实验，人们发现，如果 RNA 中的 U 被一种稍作修饰的分子所取代，我们的免疫系统就会失去兴趣。
所以在辉瑞疫苗中，每个 U 都被 1 - 甲基 - 3 ' - 伪尿酰 (ψ) 所取代，它能帮助我们的疫苗逃过免疫系统这一关。
在计算机安全领域，我们也知道这个诀窍：有时可能传输某样东西，虽然这会引起防火墙和安全解决方案的怀疑，但这仍然被后端服务器接受，然后可能被黑客攻击。
很多人问，病毒能否也用 ψ 技术来打败我们的免疫系统？
这是不太可能的。因为生命根本没有制造 1 - 甲基 - 3 ' - 伪尿酰核苷酸的机制，而病毒需要依靠生命的机制来繁殖自己。而 mRNA 疫苗在人体内迅速降解，而 ψ 修饰后的 RNA 不可能在那里复制。
回到 5 ' UTR。这 51 个字符是做什么的？如同自然界的一切事物一样，几乎没有任何事物有一个明确的功能。
当我们的细胞需要将 RNA 翻译成蛋白质时，这需要使用一种叫做核糖体的机器。核糖体就像蛋白质的 3D 打印机。它摄取一串 RNA，在此基础上释放出一串氨基酸，然后折叠成蛋白质。
这就是我们在上面看到的情况。底部的黑色丝带是 RNA。出现在绿色部分的缎带是正在形成的蛋白质。进出的东西是氨基酸和使它们适合 RNA 的适配器。
这个核糖体需要坐在 RNA 链上才能发挥作用。一旦就位，它就可以开始根据它摄入的 RNA 进一步形成蛋白质。从这一点上，你可以想象它还不能读出它首先降落的地方。
这只是 UTR 的功能之一：核糖体着陆区。UTR 提供「导入」。
S 糖蛋白信号肽
如前所述，疫苗的目标是让细胞产生大量刺突蛋白。到目前为止，我们在疫苗源代码中遇到的大多是元数据和调用约定。现在我们进入病毒蛋白质的领域。
然而，我们还有一层元数据需要处理。一旦核糖体制造出一个蛋白质，这个蛋白质仍然需要去某个地方。这是编码在「S 糖蛋白信号肽 (扩展先导序列)」。
了解这一点的方法是，在蛋白质的开头有一种地址标签，作为蛋白质本身编码的一部分。在这个特定的例子中，信号肽表明这种蛋白质应该通过「内质网」离开细胞。
「信号肽」不是很长，但是当我们看代码时，病毒和疫苗的 RNA 是有区别的:
怎么回事呢？我们知道，在生物学中，三个 RNA 字符组成一个密码子。每个密码子都对特定的氨基酸进行编码。而疫苗中的信号肽与病毒本身的氨基酸完全相同。
那么 RNA 是怎么不同的呢？
有 4³=64 个不同的密码子，因为有 4 个 RNA 字符，一个密码子中有 3 个。然而只有 20 种不同的氨基酸。这意味着多个密码子对同一种氨基酸进行编码。
下表映射了 RNA 密码子和氨基酸之间的编码关系:
在这个表中，我们可以看到疫苗 (UUU -> UUC) 的修改都是同义的。疫苗的 RNA 编码不同，但会产生相同的氨基酸和蛋白质。
如果我们仔细观察，我们会发现大部分的变化发生在密码子的第三个位置，上面有一个 ' 3 '。如果我们检查通用密码子表，我们会发现第三个位置通常与产生的氨基酸无关。
所以，这些变化是同义的，但为什么会有这些变化呢？仔细观察，我们发现除了一个变化之外，所有的变化都会导致更多的 C 和 G。
你为什么要这么做？如上所述，我们的免疫系统会对「外源性」RNA 进行攻击，为了逃避检测，RNA 中的「U」已经被 ψ 所取代了。
然而，事实证明，含有更多 G 和 C 的 RNA 也能更有效地转化为蛋白质，这已经在疫苗 RNA 中实现了只要有可能就用 G 和 C 替换许多字符。
真正的刺突蛋白
疫苗 RNA 的下 3777 个字符类似于「密码子优化」，可以添加大量的 C 和 G。
这里我们看到同义的 RNA 变化。例如，在第一个密码子中 CUU 变成了 CUG。这给疫苗增加了另一个「G」，我们知道这有助于提高蛋白质的生产。
当我们比较疫苗中的整个刺突蛋白时，所有的变化都是同义的。除了两个，这就是我们在这里看到的。
上面的第三和第四个密码子代表了实际的变化。那里的 K 和 V 氨基酸都被 P 或脯氨酸所取代。对于「K」，这需要改变三次 (「!!」)，而对于「V」，这只需要改变两次 (「!!」)。
事实证明，这两个变化极大地提高了疫苗的效率。
那么这里发生了什么？如果你看一个真正的冠状病毒粒子，你可以看到刺突蛋白：
这些刺钉被安装在病毒体内 (「核衣壳蛋白」)。但问题是，我们的疫苗只会产生刺突，我们不会把它们植入任何一种病毒体内。
结果是，未经修饰的，独立的刺突蛋白崩溃成不同的结构。如果作为疫苗注射，这确实会使我们的身体产生免疫力。但只针对崩溃的刺突蛋白。
真正的冠状病毒是带着尖刺的。在这种情况下，疫苗不会很有效。
那么该怎么办呢？
2017 年，有人描述了如何在正确的位置放置一个双脯氨酸替代，将使 SARS-CoV-1 和 MERS S 蛋白形成「预融合」结构，即使不是整个病毒的一部分。这是因为脯氨酸是一种非常坚硬的氨基酸。它就像一种夹板，在我们需要向免疫系统展示的状态下稳定蛋白质。
蛋白质的末端，下一步
如果我们浏览其余的源代码，我们会在刺突蛋白的末端遇到一些小的修改:
在蛋白质的末端，我们会发现一个「停止」密码子，在这里用小写的「s」表示。这是一种礼貌的说法，表示蛋白质应该到此为止。最初的病毒使用 UAA 终止密码子，疫苗使用两个 UGA 终止密码子，也许只是为了更好的措施。
3 'UTR
就像核糖体在 5 ' 端需要引入，我们发现了 ' 5UTR，在蛋白质的末端我们发现了一个类似的结构，称为 3 ' UTR。
关于 3 ' UTR 有很多说法，但这里引用维基百科的说法:「3 ' UTR 在基因表达中起着至关重要的作用，它影响 mRNA 的定位、稳定性、输出和翻译效率。尽管我们目前对 3 ' -UTRs 有了解，但它们仍然是相对神秘的。」
我们所知道的是，某些 3 ' UTR 在促进蛋白质表达方面非常成功。根据世卫组织的文件，辉瑞疫苗 3 ' UTR 是从「split (AES) mRNA 的氨基末端增强子和编码 12S 核糖体 RNA 的线粒体中提取的，以保证 RNA 的稳定性和高总蛋白表达」。
The AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA end of it all
mRNA 的最末端是聚腺苷化的。这是一种以「AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA」的奇特结尾。
似乎，就连 mRNA 似乎也受够了这个糟糕的 2020 年！
mRNA 可以重复使用很多次，但在这个过程中，它也会在末端失去一些 A。一旦 A 耗尽，mRNA 就不再起作用而被丢弃。这样，「多聚腺苷酸尾（Poly-A Tail）」就可以防止其退化。
有研究表明，对于 mRNA 疫苗来说，A 的最佳数量是多少。我在公开文献中读到，这个数字在 120 左右达到了顶峰。
BNT162b2 疫苗的是:
这是 30 个 A，然后是「10 个核苷酸连接体」(GCAUAUGACU)，再后面是 70 个 A。
太长不看版
如果上面的一切让你感到云里雾里，作者在这里为您准备了一份「太长不看版」：
帽子来确保 RNA 看起来像普通的 mRNA
已知的成功和优化的 5 ' UTR
密码子优化信号肽，将刺突蛋白送到正确的位置 (100% 从原始病毒复制)
原始刺的密码子优化版本，有两个「脯氨酸」替代，以确保蛋白质以正确的形式出现
一个已知的成功和优化的 3 ' UTR
一个有点神秘的多聚腺苷酸尾（Poly-A Tail），里面有一个无法解释的「连接器」
密码子优化在 mRNA 上增加了大量的 G 和 C。与此同时，用 ψ(1 - 甲基 - 3 ' - 伪尿酰 ψ) 而不是 U 来帮助逃避我们的免疫系统，因此 mRNA 会停留足够长的时间，所以我们实际上可以帮助训练免疫系统。
文章在 reddit 上引起了广泛讨论，学科间的边界似乎也越来越模糊。
一位网友看完后直言：我通过稍微修饰 U 核苷酸，可以使 RNA 越过我们的「安全系统」。我们的安全系真的糟透了！
你呢？你怎么看？
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