溶细胞活性评分（CYT,cytolytic activity score）已经成为现阶段癌症研究的焦点。在本研究中，作者利用多数据库分析了免疫细胞杀伤活性与乳腺癌患者的临床相关性。首先，作者假设CYT与免疫介导的抗肿瘤消除和肿瘤内遗传异质性改变有关。随后作者在多个乳腺癌队列中使用CYT评分来检验这一假设。结果发现，高CYT与组织学分级和三阴性乳腺癌(TNBC)相关。肿瘤中的高CYT与TNBC的高存活率明显相关，但在其他乳腺癌亚型中则不然。另外，富集分析显示高CYT TNBC包括对生存有利的免疫基因和不利的炎症基因，且与高同源重组缺陷、体细胞拷贝数改变、肿瘤异质性突变以及多种免疫检查点相关，但与肿瘤突变负荷(TMB)无关。
发表杂志：Am J Cancer Res.
影响因子：6.162
那么这个评分怎么算的呢？其实很简单，就是GZMA和PRF1表达的平均值。那么他们的均值得到一个新的分数，是不是相当于一个新的指标/基因，那么单基因单癌肿分析或者单基因泛癌分析是不是可以搞起？有意向的可以和小编联系喔。
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研究背景
肿瘤免疫微环境（TIME）在乳腺癌进展、治疗和预后中起着关键作用。肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)是TIME的主要成分之一，肿瘤TIL部分中淋巴细胞的密度和类型与乳腺癌的预后相关。最近研究也发现TIL对生物学侵袭性三阴性乳腺癌(TNBC)的治疗反应和患者预后有一定影响。其中，免疫细胞杀伤活性（immune cytolytic activity）可通过GZMA和PRF1基因表达的几何平均值反映细胞杀伤功能，并对多种肿瘤的免疫治疗具有抗性或反应性。
流程图：
分析解读：
数据收集
①通过cBioportal从癌症基因组图谱(TCGA)中获取乳腺癌转录组数据和临床数据。
②乳腺癌分子分类学国际联盟(METABRIC)数据集用于验证生存分析。
③基因表达综合数据库(GEO)中GSE20194、GSE25066和GSE33658作为验证数据集。
CYT与肿瘤侵袭性
①研究报道已知具有高突变负荷的乳腺癌与侵袭性表型和抗癌免疫细胞的浸润有关，为此，作者预计具有高CYT的乳腺癌与更具侵袭性的表型相关。
②使用中值将每个队列分为低和高CYT组对TCGA和METABRIC队列中的疾病特异性生存率（DSS），以及GSE96058中的总生存率（OS）进行了分析。
结果：
下图A：TCGA和METABRIC队列中DSS的Kaplan-Meier图，以及GSE96058队列中整个乳腺癌样本中CYT低（蓝线）和高（红线）的OS图。
下图B：TCGA和METABRIC队列中AJCC阶段的CYT箱线图，以及TCGA、METABRIC和GSE96058队列中的诺丁汉组织学分级。
CYT水平及其与乳腺癌亚型患者生存的关联
①在上述步骤基础上采用对数秩检验的Kaplan-Meier方法进行组间比较。
结果：
下图A：三种乳腺癌亚型（ER+/HER2-、HER2+、TNBC）的CYT箱线图。
下图B：TCGA和METABRIC队列中DSS的Kaplan-Meier图，以及GSE96058队列中每个乳腺癌亚型组内CYT低（蓝线）和高（红线）的OS图。
富集分析(GSEA)
①使用Broad Institute提供的软件进行富集分析(GSEA)。
②在分子特征数据库(MSigDB)中找到与GSEA软件一起使用的带注释基因集的集合。
③使用R软件进行统计分析。
结果：
下图显示了(A)有利的免疫相关和(B)不利的炎症相关基因集。
CYT与免疫浸润细胞
①利用xCell算法估计每个肿瘤组织中64种浸润性免疫细胞类型以及基质细胞的比例，以评估肿瘤内细胞组成。
结果：
下图A：抗肿瘤免疫细胞比例的箱线图；CD8+T细胞、CD4+记忆T细胞、Th1细胞、M1巨噬细胞、树突状细胞和B细胞按低CYT组和高CYT组进行比较。
下图B：TCGA队列中T细胞受体(TCR)克隆评分的CYT箱线图。
下图C：TCGA队列中低CYT组和高CYT组之间TCR丰富度和BCR丰富度评分比较的箱线图。
下图D：促肿瘤免疫细胞比例的箱线图；调节性T细胞、Th2细胞和M2巨噬细胞按低CYT组和高CYT组进行比较。
CYT与肿瘤内遗传异质性和肿瘤突变
①通过R/Bioconductor包“maftools”计算突变等位基因肿瘤异质性（MATH）评分。
②PyClone对来自TCGA中肿瘤样本的相似MAF变体推断肿瘤克隆性。
结果：
下图A-B：低和高CYT评分组同源重组缺陷(HRD)和体细胞拷贝数改变(SCNA)的箱线图。
下图B：突变等位基因肿瘤异质性(MATH)指数的箱线图。
下图C：根据Pyclone的克隆数计算的CYT得分的箱线图。
下图D：肿瘤内异质性和突变相关评分的箱线图。
CYT与免疫检查点
①验证新辅助化疗(NAC)后高CYT与病理完全缓解(pCR)是否具有相关性。
②验证CYT与ER阳性/HER2阴性和TNBC中免疫检查点基因的表达是否相关。
结果：
下图A：GSE20194、GSE25066和GSE33658队列中ER+/HER2-和TNBC中低和高CYT组的病理完全缓解(pCR)率比较的条形图。
下图B：TCGA和GSE96058队列中ER+/HER2-和TNBC中CYT与抑制性检查点分子(ICM)指数之间的相关图。
小结：
在本项研究中，作者发现高CYT与组织学分级和TNBC亚型显著相关；高CYT TNBC与较好的生存率显著相关。作者还通过GSEA富集分析发现高CYT TNBC中包含有利的免疫相关和不利的炎症相关基因集。另外，高CYT TNBC与抗癌免疫细胞（CD8+T细胞、CD4+T细胞、M1巨噬细胞、树突状细胞和B细胞）的高浸润有关，还与高水平的T细胞受体(TCR)克隆以及TCR和B细胞受体(BCR)丰富度相关。高CYT TNBC与高HRD和较少的肿瘤内异质性（SCNA和MATH）相关，但与突变负荷无关。此外，尽管CYT在ER阳性/HER2阴性和TNBC中均与NAC反应无关，但和抑制检查点分子(ICM)指数之间存在很强的相关性。
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