发表杂志：iScience.
影响因子：5.458
请扫描下方二维码
研究背景
乏氧基因在泛癌组织中的基因组改变情况
①分析来自TCGA、CCLE、GDSC和GEO数据库中的泛癌转录组数据、CNV、甲基化和突变数据。
②选择临床适用的15乏氧基因特征（VEGF、PGAM1、ENO1、LDHA、TPI1、P4HA1、MRPS17、ADM、NDRG1、TUBB6、ALDOA，MIF、SLC2A1、CDKN3和ACOT7）进行后续研究。
结果：
下图A：在所有乏氧基因中均观察到CNV，其中NDRG1和MRPS17在33种癌症类型中扩增频率最高。
下图B：15基因的平均突变频率较低，范围从0到0.25，平均值为0.01。
下图C：在大多数乏氧基因中均存在甲基化。
下图D：TCGA和GEO数据均显示，与正常组织相比，乏氧基因在肺癌、肾癌和宫颈癌组织的表达更高。
下图E：乏氧基因表达和甲基化水平之间存在负相关关系。
下图F：与正常组织相比，14个乏氧基因在癌组织中的表达显著上调，p<0.001。
下图G：免疫组织化学(IHC)验证NDRG1在肾癌组织中表达显著升高。
15乏氧基因在泛癌细胞系中的基因组改变情况
①分析乏氧基因在CCLE和GDSC的癌细胞系中的情况。
②评估15乏氧基因在转移和原发癌细胞系中的表达模式。
结果：
下图A-B：乏氧基因在CCLE大多数细胞系中的CNV频率非常低，范围从0到0.65；而在GDSC细胞系中的CNV频率平均较高，范围从0到1。
下图C-D：乏氧基因在CCLE细胞系中的突变频率与GDSC相似，均在0到0.5之间。
下图E-F：在大多数癌症类型的转移细胞系中，乏氧基因的表达水平较高。
15乏氧基因和癌症通路
①研究15乏氧基因之间的表达相关性。
②分析单个乏氧基因表达与癌症标志相关通路活性之间的关系。
③分析15乏氧基因的代谢组学和转录组学之间的相关性。
结果：
下图A：乏氧基因中的大多数彼此呈正相关，TPI1和ENO1的相关性最为密切。
下图B：乏氧基因表达与多种致癌途径的激活和抑制相关。
下图C：激活的通路数量大大超过抑制通路的数量，表明乏氧基因具有促癌作用。
下图D：乏氧与BA生物合成、生物蝶呤代谢和赖氨酸代谢等代谢途径相关。
下图E：在大多数癌症类型中敲除ALDOA、LDHA、TPI1和PGAM1后，细胞适应性显著降低，而敲除TUBB6、ACOT7、NDRG1、CDKN3、VEGFA和MIF后，细胞适应性仅略有增加。
下图F：临床可操作基因与乏氧基因之间的相关性。
下图G：乏氧基因与多种癌症生物标志物相关。
15乏氧基因与预后
①采用Cox分析评估15乏氧基因对患者总生存期（OS）的影响。
结果：
下图A：乏氧基因中的大多数是多种癌症类型预后的危险因素，尤其是肝细胞癌(LIHC)和肺腺癌(LUAD)。
下图B：根据15乏氧基因的风险评分模式，确定了两个LIHC患者亚型。
下图C：根据风险评分的LIHC患者生存图。
下图D：风险评分预测模型的接收者操作特征（AUC）曲线下面积=0.69，表明该模型预测性能良好。
小结：
基因集泛癌分析文章列表
11.6分，最热复合物泛癌纯生信分析！想发高分纯生信不容错过
11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！
单基因泛癌分析文章列表
被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！
单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿
6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发）
6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信
非肿瘤生信文章列表
非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以
联系客服
