一、按杀菌剂的使用方式分类
1、保护剂
这类药剂原理是抑制病原孢子萌发或杀死萌发的病原孢子，以保护植物免受其害。如硫酸铜、绿乳铜、代森锰锌、波尔多液、代森锌、百菌清等。
2、治疗剂
这类药物从植物表皮渗人植物组织内部，经过输导、扩散或产生代谢物来杀死或抑制病原，恢复植物健康。如苯醚甲环唑、四氟醚唑、甲基托布津、多菌灵、春雷霉素等。
3、铲除剂
这类药物能直接杀死已侵入植物的病原物。如五氯酚钠、福美砷、石硫合剂等。
二、按传导特性分类
1、内吸性杀菌剂
能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，具有治疗和保护作用。如多菌灵、甲基托布津、敌克松、粉锈宁、甲霜铜、杀毒矾、力克菌、多霉清、霜疫清、甲霜灵等。
2、非内吸性杀菌剂
药剂不能被植物内吸并传导、存留，不能防治深入植物体内的病害，只具有保护作用。如草木灰、波尔多液、代森锰锌、福美双、百菌清、硫酸锌、硫酸铜、多果定、绿乳铜、表面活性剂、增效剂、硫合剂等。
三、按杀菌剂的原料来源分
1. 矿物源杀菌剂：是指由天然矿物原料的无机化合物或矿物油经加工制成的杀菌剂。包括无机硫杀菌剂、无机铜杀菌剂和矿物油等。这类杀菌剂是植物病害化学防治中广泛使用的一类杀菌剂。无机硫杀菌剂主要防治多种作物的白粉病、小麦锈病、苹果黑星病和炭疽病等；无机铜杀菌剂用来防治多种作物的霜霉病、炭疽病等；矿物油主要防治花卉或蔬菜的白粉病。
2. 植物源杀菌剂：是指利用植物资源开发的杀菌剂。包括从植物中提取的活性成分、植物本身和按活性结构合成的化合物及衍生物。
3. 微生物杀菌剂：细菌、真菌、放线菌等微生物及其代谢产物和由它们加工而成的具有抑制植物病害的生物活性物质。微生物杀菌剂主要有农用抗生素(武夷菌素、井冈霉素、春雷霉素、中生菌素、链霉素和申嗪霉素等)、真菌杀菌剂(寡雄腐霉、木霉菌、淡紫拟青霉)、细菌杀菌剂(枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌）等类型。
4. 有机杀菌剂：指在一定剂量或浓度下，具有杀死植物病原菌或抑制其生长发育的有机化合物。20世纪60年代以后，有机杀菌剂得到蓬勃发展，是目前杀菌剂中数量最多的一类杀菌剂。如三唑类杀菌剂、甲氧基丙烯酸类杀菌剂、酰胺类杀菌剂、二甲酰亚胺类杀菌剂、咪唑类杀菌剂等。
在选择杀菌剂上可以结合田地及作物自身实际情况，多分类的进行选择，这样可以达到不同的杀菌效果。
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