地址:https://imagej.nih.gov/ij/download.html
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单击下载完成的包内如图2.1所示图标
为方便接下来对图中细胞核进行提取并计数,需要对图像进行灰度变换,变换方式为:选择菜单栏中的Image->Type->8-bit,将要处理的图片转换为8位的灰度图像,并输出,输出图片如下:
根据图片的灰度值配置需要提取图中最大最小灰度值的阈值,主要原理是根据细胞内不同部位对染色剂的吸收能力不同,导致染色完成后呈现出来的颜色深浅来对细胞进行提取,其中细胞核对染色剂的吸收能力最强,使得其呈现出来的颜色最深,经过灰度变换后,他的灰度值越高,并且集中在一个稳定的范围,因此可以根据此特性来对细胞核进行提取从而得到细胞的个数;
配置方法是Image->Adjust->Threshold或者快捷键ctrl+shift+T:
可见图形中仍有很多噪点,例如图2.7中红色圆圈内部分为培养皿中的气孔:
此方式需要手动将图片内所有噪点画出并去除,较为繁琐,因此考虑此方法可以用来去除图像大范围内有噪点的部分,之后再用ImageJ提供的去除离群点,以及图像平滑与阈值设定配合等手段去除其他噪点,具体操作如下:
去除离群点:Process->Noise->Despekle;
使用此图作为细胞计数用图片,需首先进行比例尺设定,设定布置如下;选择直线绘图工具,在图上绘制直线,如图2.11红色圆圈内所示:
设置比例尺:Analyze->Set Scale;出现图2.13所示界面:
设定完成比例尺后即可进行细胞计数,选择Analyze->Analyze Particles,出现图2.14所示界面:
File->open,或者快捷键ctrl+o,打开所要编辑的图片
Image->Type->8-bit,灰度变换
Image->Adjust->Threshold,灰度阈值设定
Process->Noise->Despekle,去除离群点
Process->Smooth,图像平滑
Analyze->Measure,长度测量
Analyze->Set Scale,比例尺设定
Analyze->Analyze Particles,计数
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