瓦剌也先在土木堡俘获明英宗后，先是挟持到宣府（今河北宣化）城下，企图诱使宣府镇总兵杨洪开城出迎，大军趁机破城抢掠；然而，杨洪识破其阴谋，顶住了皇权之压，拒不开城。也先无奈，只得挟明英宗北去。
北京保卫战
明英宗被俘的消息传到北京，明廷惶惶不安，有大臣提出南迁都城，兵部侍郎于谦极力反对迁都，要求坚守京师。之后，于谦等主战大臣联合奏请皇太后立朱祁钰为皇帝。皇太后同意众议，但朱祁钰却推辞不就。文武大臣再三请求，朱祁钰才予应允，于九月初六登基，是为明景帝（也称明代宗），奉明英宗为太上皇。
明景帝委任于谦全权负责北京守战之事，并诏令各地兵马至京勤王。随后，明廷征调河南、山东等地军队进京防卫参战，于谦主持征调通州粮仓之粮入京，京师兵精粮足，人心稍安。
1449年十月，也先声称要奉明英宗还京，兵至大同城下，再次企图诱使大同总兵郭登开城。郭登同样识破其诡计，拒不开城。也先见无法得逞，遂掠过大同，夺下紫荆关后，兵分两路：一路由古北口、密云入境，另一路从宣府进攻，计划是两路最终会合于居庸关以西的白羊口，妄图直抵京师。
京师危急，于谦领兵“二十余万”，列阵于九门外，亲自披甲执锐，京师军民士气大振。明军迎敌于章仪门的土城之北，先败瓦剌先锋，首战告捷，军心大振。十月十三日，也先挥师进攻德胜门，明军提前在民间土房内埋伏，大败敌军，也先的弟弟战死。也先转而攻打西直门，再次遭遇大败；十四日再战章仪门，京师百姓投石相助，明军又一次大胜。与此同时，另一路围攻居庸关的瓦剌军与明军守军大战七天七夜，始终无法取胜。
十月十五日夜，也先担心被各地勤王之师包围，只得无奈拔营而走，明军辅以炮火追击，杀敌万人。十七日，也先大军退出紫荆关，明军直逼而至，又败敌于固安、霸州。京师保卫战至此方宣告基本结束。
明朝命运的转折点
“土木之变”对明朝的历史走向产生了深远影响。
首先是皇帝外臣矛盾激化，宦官集团权柄大增。对于中国古代每一个王朝来说，打天下凭借的都是武力，但当天下逐步稳定后，则不免要开始转入文治。因此，历朝历代武将集团衰落、文官集团崛起都是个不可逆的过程，这个过程通常持续时间较长，而明朝由于“土木之变”的爆发则加速了这一过程。
明初的武将功勋集团极为强大，虽然朱元璋在太子朱标薨逝之后来了一次“大清洗”，但之后由于朱棣靖难成功，靖难功臣集团却又补上了这个缺口，从明成祖朱棣驾崩到明英宗朱祁镇即位，这一时期的武将功勋集团仍然十分强大。然而，“土木之变”无疑让武将功勋集团损失极为惨重，随军出征的武将功勋多死于此战。而且，由于于谦等文臣在之后北京保卫战中的优秀表现，导致文官领兵现象开始出现。此消彼长之下，明朝武将功勋集团的衰弱速度和文官集团的崛起速度都被形势所逼加快了。
而文官集团的急速崛起，无疑对明朝中期以后的朝局和国策产生了极大影响，尤其是内阁权力的急速扩大，甚至对皇权形成了极大的压制，这导致明朝中期以后皇权与外臣之间矛盾开始加重，间接促使了宦官集团的崛起。
其次是间接导致倭患严重，为经略辽东埋下隐患。明初实行卫所制，卫所官兵主要驻扎于全国各地，并于京师设立京营，京营不仅是明初最为精锐的军队，而且是对外征战的主力。结果“土木之变”一战便让京营几乎损失殆尽。
虽然明朝最后取得了北京保卫战的胜利，但京营损失惨重、北京遭遇外敌威胁等客观事实仍然造成了极为恶劣的影响：一方面是明朝战略重心北移，但此举却在一定程度上加速了内陆和沿海卫所的崩坏，进而导致明朝中期以后江南倭患的日益严重；另一方面则是明朝战略决策的巨大改变，虽然明朝在此之前便开始由战略进攻转入了战略防御，但以当时明廷的军力来说，仍然具备对外打击能力，但“土木之变”后明朝的军事思想则开始变得更为保守，明朝开始彻底转入战略防御，而这对明朝之后经略辽东产生了极为恶劣的影响，最终间接导致了经营辽东的全面失败，并为明末后金的崛起埋下了祸根。
三是政局急剧动荡，明朝统治形势开始恶化。明朝初期，在朱元璋、朱棣的治理下，明朝国力可谓蒸蒸日上，加上之后的“仁宣之治”，一段时期明朝政局相对较为清明。然而“土木之变”后这一切都变了。
明英宗被俘一年后返回北京，但却被明景帝囚禁长达七年之久；而明景帝则在皇位稳固之后，通过改立太子之举，又意图将皇位巩固至自己一脉。结果导致：1457年明景帝病重之际，“夺门之变”爆发，朱祁镇重新夺回皇位；而朱祁镇重登帝位后，又诛杀了于谦等保卫北京的有功之臣，京师民心动荡；接连发生的变故，使得朝政基本上被荒废了十余年。中央朝廷的持续混乱，很快便自上而下影响到了全国各地，这对明朝的统治根基造成了极大的危害，土地兼并等情形日益严重，这无疑加速了明朝统治根基的动荡，也为之后的明末农民大起义留下了巨大隐患。
综上所述，“土木之变”可以说直接决定了明朝之后的命运走向，是明朝由盛转衰的转折点。
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