黎元洪于1916年6月7日继任大总统，政府改组势所必然。而国会里的一些浙江籍议员鉴于浙江局势，便想请正在国外的蔡元培回国做浙江省省长，并打了电报与蔡商量。正在德国的蔡元培回电说，他回来是可以的，但不愿做官。
在这种情形下，正在北京的马叙伦便对汤尔和说，北京大学校长胡仁源有点做不下去，何妨把蔡请回来替他。
汤尔和说，这是很好的，但是蔡先生不是办事之才，你可以帮助他？
马叙伦便说自己现在不行，“但是我有办法，我们只需把北大内部布置好了，就不使蔡先生为难，以后更无问题了。我想找仲甫（陈独秀）来做文学院长，是很合适的，理学院长让夏元瑮担任，声望够的（他是夏曾佑先生的儿子，德国留学生，本是北大教授，研究相对论），法学院长仍旧不动吧，另外请沈尹默在实际上帮忙。”
汤尔和连声说好。
第二天，汤尔和就去和教育总长范源廉说了，范正找不到北大校长，开心得了不得。于是 9 月 1 日，范源廉便以北京黎元洪政府教育总长的名义致电尚在法国巴黎的蔡元培，请他回国担任北京大学校长。
蔡元培是中国文化所孕育出来的著名学者，但是又充满了西洋学人的精神，尤其是古希腊文化的自由研究精神。他的“为学问而学问”的信仰，植根于对古希腊文化的透彻了解，这种信仰与中国“学以致用”的思想传统适成强烈对照。蔡元培对学问的看法，据蒋梦麟说，基本上与孙中山的看法一致，不过孙中山的见解来自自然科学，而蔡元培的见解则导源于希腊哲学。
蔡元培认为，美的欣赏比宗教信仰更重要。这是与古希腊文化交融的一个耐人寻味的实例。蔡元培的思想中融合着中国学者对自然的传统爱好和希腊人对美的敏感，结果产生对西洋雕塑和中国雕刻的爱好，他喜爱中国的山水画，也喜爱西洋油画，对中西建筑和中西音乐都一样喜欢。
他对宗教的看法基本上是中国人的传统见解，认为宗教不过是道德的一部分。他希望以爱美的习惯来提高青年的道德观念，这也就是古语所谓“移风易俗莫大于乐”的传统信念。高尚的道德基于七情调和，要做到七情调和则必须透过艺术和音乐或与音乐有密切关系的诗歌。
蔡元培崇信自然科学。他不但相信科学可以产生发明、机器以及其他实益，并且相信科学可以培养有系统的思想和研究的心理习惯，有了系统的思想和研究，才有定理定则的发现。定理定则则是一切真知灼见的基础。
蔡元培年轻时锋芒毕露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存清室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：“我蔡元培可不这样，除非你推翻清廷，否则任何改革都不可能！”
蔡元培在早年写过许多才华横溢、见解精辟的文章，与当时四平八稳、言之无物的科举八股适成强烈的对照。有一位浙江省老举人曾经告诉蒋梦麟，蔡元培写过一篇怪文，一开头就引用《礼记》里的“饮食男女，人之大欲存焉”一句。交卷时间到时，他就把这篇文章交给考官。蔡元培就在这场乡试里中了举人。后来他又考取进士，当时他不过三十岁左右。以后就成为翰林。
△蔡元培与蒋梦麟（左一）、胡适（左三）、李大钊（左四）合影。
蔡元培晚年表现了中国文人的一切优点，同时虚怀若谷，乐于接受西洋观念。他那从眼镜上面望出来的两只眼睛，机警而沉着；他的语调虽然平板，但是从容、清晰、流利而恳挚。他从来不疾言厉色对人，但是在气愤时，他的话也会变得非常快捷、严厉、扼要，就像法官宣判一样的简单明了，也像绒布下面冒出来的匕首那样的尖锐。
蔡元培身材矮小，但是行动沉稳。他读书时，伸出纤细的手指迅速地翻着书页，似乎是一目十行地读，而且有过目不忘之称。他对自然和艺术的爱好使他的心境平静、思想崇高、趣味雅洁，态度恳切而平和，生活朴素而谦抑。他虚怀若谷，对于任何意见、批评或建议都欣然接纳。
1916年冬，蔡元培在法国接到教育部电促回国，任北大校长。至年底，蔡元培回国，初到上海，有人劝他不必就职，说北大腐败极了，进去若不能整顿，反于自己的声名有碍。
蔡元培承认这种看法当然是出于对他的爱护。但也有少数人就说，既然知道北大腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心。这也是“我不入地狱谁入地狱”的意思。当然，责任心促使蔡元培还是接受了后一种说法，所以他决定无论是否担任北京大学校长，都应该进京实地考察，看看能否着手进行整顿。
△1920年6月，蔡元培（前排右二）与到北京大学讲学的法国数学家班乐卫等合影。图片来源：北京参事室文史馆
12月26日，大总统黎元洪发布命令，任命蔡元培为北京大学校长。翌年1月4日，蔡元培到校视事。在蔡元培的主持下，北京大学开始一连串的重大改革。1月9日，蔡元培到校发表就职演说，提出以“抱定宗旨”“砥砺德行”“敬爱师友”作为治理整顿北京大学的基本要求。他对北大学生说：
“诸君来此求学，必有一定宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肄业专门学校，学成任事，此固势所必然，而在大学则不然。大学者，研究高深学问者也。”
现在外面的人每每指责北京大学腐败不堪，所有到北京大学来求学的人，似乎皆有做官发财的思想。所以毕业预科者多入法科，入文科做学问继续深造的越来越少，入理科从事创造献身科学的就更少之又少。这种情形之所以发生，主要是因为中国官本位的传统太过深厚，而以法学科目作为干禄之终南捷径。外面的这些指责是否有道理，我们姑且不论，然则弭谤莫如自修，人讥我腐败，而我不腐败，问心无愧，于我何损？果欲达其做官发财之目的，则北京不少专门学校，入法科者尽可肄业法律学堂，入商科者亦可投考商业学校，又何必来北京大学呢？
蔡元培在此次演讲中善意告诫北大学子：“诸君须抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨。”
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