在强奸案件中，最容易留在现场，并能揭示案件性质的生物学检材就是精斑、阴毛和血迹。当事人或罪犯在仓皇之中很难将这些细微检材及其痕迹收拾干净，难免会留下蛛丝马迹，这就为提取物证侦察破案提供了有利条件。
但是，由于种种原因，有时检材会受到温度、细菌等环境因素，以及人为破坏而失去检测的价值。此外，检测的血型系统越多，排除被误控对象的机会就越大。然而，大多数情况下在现场提取的微量血迹常常只能做ABO血型分析，而ABO血型在人群中相同者太多了，常难以成为甄别犯罪分子的铁证。
曾有一案因为受害者身上留有与嫌疑人同样血型而被地方法院判罪，就是因为国家公安部刑事技术研究所法医物证室作出了结论：“现场提取的精斑，经‘DNA’鉴定，不是疑犯所留，故排除疑犯作案的可能。”因此沉冤得雪。
而另一案中，一强奸犯自恃一比一的口供和自认为已灭掉的证据，死口抵赖，企图蒙混过关。而在对受害者怀孕的坯胎作‘DNA’鉴定后，认定罪犯的强奸罪行而将其绳之于法。
那么，DNA指纹如何洞悉案情成为铁证的呢？
1984年英国莱斯特大学的遗传学家艾利克?杰弗里斯教授用肌红蛋白基因中的串联重复序列作探针，同经过限制性内切酶酶切的人体DNA作分子印迹杂交，可以得到长度不等的杂交带图纹，这种图纹极少有两个人完全相同，故称为“DNA指纹”，意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。
DNA指纹的图像在X光胶片中呈一系列条纹，很像商品上的条形码。 DNA指纹具有下述特点：
1．高度的特异性：研究表明，两个随机个体具有相同DNA图形的概率仅3×10－11（10的负11次幂）；如果同时用两种探针进行比较，两个个体完全相同的概率小于5×10－19（10的负19次幂）。全世界人口约50亿，即5×109（10的9次幂）。因此，除非是同卵双生子女，否则几乎不可能有两个人的DNA指纹的图形完全相同。
2．稳定的遗传性：DNA是人的遗传物质，其特征是由父母遗传的。分析发现，DNA指纹图谱中几乎每一条带纹都能在其双亲之一的图谱中找到，这种带纹符合经典的孟德尔遗传规律，即双方的特征平均传递50％给子代。
3．体细胞稳定性：即同一个人的不同组织如血液、肌肉、毛发、精液等产生的DNA指纹图形完全一致。
1985年杰弗里斯博士首先将基因指纹技术应用于法医鉴定。1989年该技术获美国国会批准作为正式法庭物证手段。我国警方利用DNA指纹技术已侦破了数千例疑难案件。DNA指纹技术具有许多传统法医检查方法不具备的优点，如它从四年前的精斑、血迹样品中，仍能提取出DNA来作分析；如果用线粒体DNA检查，时间还将延长。此外千年古尸的鉴定，在俄国革命时期被处决沙皇尼古拉的遗骸，以及最近在前南地区的一次意外事故中机毁人亡的已故美国商务部长布朗及其随行人员的遗骸鉴定，都采用了DNA指纹技术。
DNA指纹技术能准确无误地鉴定出混在阴道分泌物里面的精子是谁“提供”的。传统的各种亲子鉴定方法，仅能排除亲子关系，不能做到同一认定。而DNA指纹既可排除亲子关系，也能认定亲子关系。其实，DNA指纹技术更广阔的舞台是为人类的健康服务，它广泛的应用领域是疾病诊断、肿瘤研究、人类基因定位、器官移植等，甚至还可扩大到农业和畜牧业及军事领域。
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