浅析测序过程中的污染源头及控制方法

一、样本污染：此类污染对实验影响极大，应极力避免。

如样本为纯菌，建议重新培养，挑单菌落，剔除杂菌。

如为宏基因组样本，建议采样时无菌操作，且采样时同批采取阴性对照样本。

二、实验污染：

实验过程中由于气溶胶、枪头污染等原因造成的同批次样本间的交叉污染。对于病原检测类实验影响较大，应极力避免。

此类污染较易发生于PCR区或自动化工作站区域。

三、环境污染

此类污染指由实验试剂或实验室空气引入的核酸污染。由于目前的测序试剂并非严格的无菌试剂，因此会引入微量的污染序列。此外，实验室环境 或者 操作人员也会引入污染序列，如人源序列、口腔菌群。由于各实验室环境和使用的试剂种类不同，各实验室环境污染菌群具有一定差异。此类污染目前难以完全避免，但应通过设置同批次阴性对照样本予以控制，避免造成假阳性结果。

四、测序污染

同批上机的样本间由于index hopping造成的交叉污染，即由于index错分，将原本应划分为A样本的序列错误的分到了B样本上。

不同测序仪index hopping的比例不同。

原则上，双index发生index hopping的比例远低于单index，因此测序过程应尽量采取双index的方式建库。

此外，对于微量比对序列，后续分析过程应再次予以确认，排除是否由于同批次index hopping原因造成的假阳性。

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