清朝军队的问题大致可以归为以下的几类：装备、组织、军心、训练、指挥。
一，装备
在军事装备的各个方面，武器、炮台，特别是战船，清朝都落后于英国。
1，枪
清军使用的是火绳枪，其主要缺陷是：很难保证火绳在战斗中一直处于点燃状态。而且，火绳很容易暴露士兵的位置，火枪产生的硝烟会妨碍士兵对目标的瞄准。英军则装备了更为先进的火器：燧发枪，或是更好的后膛击发枪。
2，炮
清军的大炮不能转动，无法瞄准移动中的敌人。这些大炮的维护情况糟糕，很少及时更新，炮身锈迹斑斑。火药的质量也很差，杀伤力不足。
而且清军的炮台都没有顶，被击中后很容易造成重创，也很难防御来自陆地的攻击。
关天培在设计和建造炮台时，是预想消灭急匆匆驶向广州的英军舰队。实际上，英军没有直奔广州，而是有计划地逐个摧毁他们通过的每一座炮台。由于英军的炮火威力大，射程远，英军船只可以安全地停泊于清军海岸炮火的射程之外，从容消灭隔城相望的清军炮台。
3，战船
清军最大的弱点是它的战船。这些只是巡逻船，没有独立作战的能力，仅仅是作为炮台的辅助作战力量。英军则有世界上第一艘铁甲蒸汽战舰“复仇神”号（Nemesis），即便是只包了一层铜皮的旧式木甲战船也远胜于清朝水师的平底帆船。
二，组织
1，兵力不足
从理论上说，清朝有着当时世界上规模最大的常备军，80多万的清军远比7000多的英国远征军多。然而，这些军队中的大多数分散驻扎于全国各地，忙于维持国内稳定，无法抽调来应付与英国之间的纠纷。
2，行军缓慢
1840年8月，当英国军舰北上天津时，理论上在册的2400名士兵中，只能紧急征调其中的600名。在战争期间，全国大约向作战区域调动了5万名士兵。但是，这些军队的运动速度太慢，需要三十天以上才能到达，那些离战场比较远的军队则需要90天甚至更长时间。
3，通讯落后
璞鼎查的兵力有限，无法继续推进军事行动，只能盘踞在占领的几座城市里。璞鼎查向清军指挥官寄送了两封公文，希望可以进行结束战争的外交和谈。由于扬威将军的广州翻译只能听懂英语口语，却读不懂书面英语。这两封信都如泥牛入海，杳无消息。
清帝国的驿站传递信息极慢。从广州到北京的奏报需要30至35天才能送到，急报也要16至20天。皇帝根本无法及时掌握前线的战事和和谈的进展情况，更难以做出正确的判断。
这场战争已经打了两年半时间，花费了数千万两银子，牺牲了几千人的生命。皇帝仍然不清楚，英国到底在什么地方，发动这次战争的目的为何。
三，军心
1，八旗武力的退化
由于通货膨胀，清朝发放的薪水缩水，士兵们开始抗议、哗变、开小差，或者从事与军事无关的工作以养家糊口。
驻防在东部沿海地区的旗人很快就开始对战争失去兴趣。浙江的各个营地成为权贵阶层的疗养院。嘉庆和道光对恢复满洲的尚武风气已经不抱希望，他们只是恳切希望满洲同胞不要太明显地参与黑市、鸦片走私和敲诈勒索等活动。
就像乍浦或者三元里那样，镇江的清军对英国军队的有效抵抗不是为了爱国或者谋利，仅仅是为了保护自己的老婆和孩子。
2，满汉矛盾
八旗兵们在城里殉难的时候，他们可能还奇怪城西军营里的清军为何不来支援。原来这些来自中国西部和中部地区的汉人军队认为，这场战争“是满洲人的事，不是汉人的事”。所以，他们象征性地打了一仗，就撤退了。
汉人受满人的压迫和镇压，自然怀有报复心理。当满人被英军打死打伤，汉人表现出的是幸灾乐祸。在乍浦，满人曾经极其严重地伤害了汉人士兵，使得后者成为英国人的第五纵队：“驻防旗兵，平日凌辱汉人，至是又动斥为汉奸，由是福建水勇积愤，纵火内应，贼遂逾南城入。”英军攻占乍浦后，“汉人平民扑向无助的八旗兵人家，穷凶极恶地抢走每一件值得抢走又能够拿走的物件。”
3，外援与本地的矛盾
对英军的突袭失败，使清军彻底丧失了军纪。他们疯狂地抢劫、破坏外国商馆，发泄着失利的沮丧。七八千外省的援兵退到了城里后，才发现自己身处于一个陌生的城市里，听不懂当地的方言，又与自己原来的部队和长官失去联系，士气十分低迷。对当地人来说，他们是和英国人一样令人害怕的外来人。魏源记载说：“兵将皆不相习，溃走则互相推诿。所发盐菜口粮，厚薄不均……各择便利，掳取货物。”军官们也一样没有纪律，他们分散居住在被遗弃的民房里，他们的上级指挥官们都不知道他们在哪里。梁廷枏回忆说：“非领饷之期，无从见而问所驻地也。”
随着盗匪在全省的蔓延，内战在广州城一触即发，集中在城东门一带的湖南援军与广东本省军队之间的关系尤为紧张。
很多湖南兵显然和女麻风病人睡过觉，也感染了麻风病。民间相信，如果一个女人把这病传给一个男人，她就可以痊愈，就可以嫁人了。另一个民间偏方则认为，吃小孩子的肉可以治这种病，于是，一些湖南兵就把当地的小孩子偷进他们的营帐烹食了。当地士兵暴怒之下，疯狂地追杀吃小孩子的湖南兵。
四，训练
在鸦片战争中，清朝主战派和主和派只有在一点上是一致的，这就是他们都不对清军抱什么希望。成千的清军被几百名甚至几十名训练有素的英军打败，这样的情景在战争中反复上演。
清朝的财政赤字影响了军事设施、装备的预算和军队的士气。
到18世纪末，由于火药十分昂贵，很多军队已不再进行步枪和大炮的演习。1795年，东部沿海的一支军队请求兵部批准取消春季的炮术演习，理由是担心炮声会影响桑蚕的发育。很多牧场的土地被出售或出租，军马的数量急剧减少。在广州的驻防营，满洲旗人只能舞动生了锈的刀剑和老旧的弓箭，光着膀子进行训练。
五，指挥
1，奇袭
清朝水师无力对抗英国舰队，林则徐和关天培打算发动水上突袭战。
其中的一个计划是招募数以千计的当地人组成敢死队，乘小船接近英国军舰，向英国军舰投掷燃烧的油罐子或装满恶臭秽物的罐子，或者跳到英国军舰上与英国士兵肉搏，来消灭他们。另一个计划是建造由小船组成的船队，船上堆满干草和火药。不怕死的乡勇划着这些小船，冲向英国军舰，并与之固定链接起来，再点火烧船。
奕山也准备向停泊在广州城附近的英国舰队发动一场突然的水上袭击，具体计划是：组织几支突击队，在岸上清军大炮的掩护下，趁黑夜用快蟹船、火船和装载易燃物的木排冲向英国军舰。不过，奕山不信任广东的官兵，坚持使用福建和浙江的突击队。最后，临近突袭日期，突击队员人数不足，只得拉四川和广州的士兵凑数。这一绝密计划的最大缺点是，它根本就没什么秘密可言。
2，死守
由于清军总是一战击溃，士兵逃跑严重。横档岛的军官们把士兵们锁在炮台里面，自己却乘小船逃跑。被他们抛弃的士兵们就不瞄准英国人，反而轰击这些逃跑的长官们。在另一个炮台，广州当地的士兵率先逃跑，从湖南调来的援军紧跟着也逃跑了。
3，以马桶对付大炮
杨芳“传令甲保遍收所近妇女溺器为压胜具，载以木筏，出御乌涌”。很难确切地知道杨芳是如何断定妇女溺器的军事效力的，可能是考虑到妇女在儒家社会中地位低下。对杨芳来说，她们使用的马桶是他能想到的最有破坏力的武器。
除了上述技术层面上的困难外，清朝在战争准备上有一个更为严重的缺陷：它不愿承认中国与英国之间存在着严重的问题，更不要说会爆发战争了。
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