PBMC or 全血，应该选哪个？

    究竟用全血还是PBMC做研究，实际上取决于你的研究目的是什么。如果检测红细胞或者血小板，当然要用全血。如果检测的是粒细胞，就直接裂解红细胞就可以。如果检测的是淋巴细胞或者单核细胞就要用PBMC。

    那么为什么要裂解红细胞或者用PBMC呢？因为全血中红细胞和血小板加起来要占99%以上，这些细胞的存在对于抗体标记和流式分析都会产生很大的影响，很可能因此得到错误的结果。如果你检测的是淋巴细胞或者单核细胞，直接用全血测，得到结果一般是不被认可的，无法在文章上发表这类数据。那么什么是PBMC呢？

    PBMC指外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)，是外周血中具有单个核的细胞，包括淋巴细胞和单核细胞。注意这里是 mononuclear cell 单个核细胞，而不是 Monocyte 单核细胞。

    单细胞研究中，我们也经常使用PBMC样本，第一步就是要裂解红细胞。怎么样判断红细胞有没有裂解完全呢？一般我们会检查每个细胞中血红蛋白的含量，来判断是否为红细胞。在哺乳动如中，一般血红蛋白会占到整个红细胞干重的96%。常见的血红蛋白基因包括下表中的10个基因，分别是"HBA1","HBA2","HBB","HBD","HBE1","HBG1","HBG2","HBM","HBQ1"和"HBZ"。

https://www.genenames.org/data/genegroup/#!/group/940

那么知道了这10个血红蛋白的基因名字之后，我们怎么通过单细胞测序的数据来评价红细胞有没有完全裂解呢？

library(Seurat)#定义血红蛋白基因列表HB.genes <- c("HBA1","HBA2","HBB","HBD","HBE1","HBG1","HBG2","HBM","HBQ1","HBZ")#scRNA为Seurat对象，计算每个细胞中血红蛋白的含量scRNA[["percent.HB"]] <- PercentageFeatureSet(scRNA, features = HB.genes)
#画出血红蛋白基因在每个细胞中的含量VlnPlot(scRNA, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.HB", "percent.MT"), ncol = 4)


会得到下面这张图，每一个点代表一个细胞。从图中可以看出绝大多数细胞中血红蛋白的含量都小于0.5%，甚至为0。证明红细胞裂解的比较完全。