miRNA功能富集分析

    相信大家都做过基因的功能富集分析，小编前面也花了不少篇幅给大家介绍GO和KEGG富集分析

☞GO和KEGG富集分析视频讲解

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

也给大家介绍了零代码GO和KEGG富集分析以及可视化

1.基因富集工具DAVID介绍（一）-基因ID转换
2.基因富集工具DAVID介绍（二）-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介绍（三）-零代码展示KEGG富集结果
4.基因富集工具DAVID介绍（四）-GO富集分析及柱形图展示

5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG

6.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

    不知道大家有没有做过miRNA的功能富集分析。一般传统的做法是先预测miRNA的靶基因，然后把这些靶基因再拿去做GO和KEGG富集分析，把富集到的结果作为miRNA的功能注释。这个方法同时也适用于lncRNA和circRNA的功能注释。先找到lncRNA或者circRNA共表达的mRNA，然后去做功能富集分析，从而对lncRNA和circrRNA间接的做一个功能注释。

前面小编也开了一个专栏，专门给大家介绍过miRNA靶基因预测

☞miRNA靶基因预测

☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

今天小编给大家介绍一个工具，可以直接对miRNA进行功能注释。这个工具叫做miEAA（https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/）。其实前面小编也给大家介绍过这个工具的其中一个功能，MiRBase converter，用来对miRNA的名字进行转换

☞不同版本miRNA名字相互转换

1.首先打开miEAA这个工具，选择Run MiEAA

2.可以看到这个分析一共有五步，我们一步一步来看

step1. 选择miRNA成熟体还是前体，一般我们应该用miRNA来做分析。点击Next

step2. 选择分析的类型，这里支持两种。一种是富集分析，一种是类似于GSEA的分析。前面也大家介绍过☞基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)。这里我们选择ORA分析，点击Next。

step3. 选择物种，并把要做分析的miRNA列表贴进去。这里我们选人，然后将前面☞R代码TCGA差异表达分析得到的107个差异表达的miRNA贴进去，点击Next。

step 4. 上传参考数据集，这个是可选的，可以空着。这个跟基因做富集分析的background gene set是一个概念。如果不设置，默认会用所有的编码蛋白的基因作为background。同理，如果这里不做设定，会用人的所有miRNA作为背景。我们这里空着，直接点Next。

step 5. 选择要富集的类型，可以是KEGG，也可以是GO，或者是疾病等等。这里我们以KEGG为例。剩下的大家可以自己尝试。使用FDR对P值进行校正。只显示FDR<0.05的结果，并且每一个条目中至少包含2个条目。

点击提交之后会显示

稍等片刻就会得到结果，我们来看看都可以得到什么样的结果

1.富集分析表，可以直接下载为csv或者Excel

2.富集KEGG通路词云图，越显著的KEGG通路字体越大

3.富集热图，每一行是一条KEGG通路，每一列是一个miRNA，颜色深浅表示富集P值的显著性。

当然，如果大家觉得这个图不够美观，也可以自己用ggplot基于结果1中的富集分析表，自己来画图。

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